В сентябре 1916 года епископ Фаддей был переведен на Владикавказскую кафедру, управляющим епархией на время болезни епископа Владикавказского Антонина (Грановского). К месту нового служения владыка прибыл в Неделю по Воздвижении и сразу, никуда не заходя, отправился в кафедральный собор, где совершил литургию. Затем произнес слово: «Волею Божией должно было мне, братие, прибыть в здешний край по случаю болезни преосвященного Антонина. Долго ли придется мне пробыть здесь, ведомо Богу. Я же должен был оставить Волынь, сделавшуюся для меня как бы новым отечеством, и идти, куда указывает Господь. Строить планы и предположения относительно будущей деятельности при подобных обстоятельствах особенно неуместно, хотя, впрочем, и вообще пастырю следует делать то, что ему указывает Бог, исполнять волю Божию, правда, сознательно и свободно, но все же не предпринимая ничего по собственной лишь воле. И для пасомых главная мудрость жизни в том состоит, чтобы под руководством пастыря познавать, что ´ (есть) воля Божия, благая, угодная и совершенная » (Рим. 12: 2).
21 января 1917 года вышел указ о назначении на Владикавказскую кафедру епископа Макария (Павлова). Однако пребывание владыки на Владикавказской земле произвело неизгладимое впечатление на паству. Впоследствии народ просил, чтобы епископа Фаддея оставили на Владикавказской кафедре, потому что в нем они увидели образ смиренного христианского пастыря, который неустанно учил их значению христианского звания и тому, как спасти свою душу. Кроме русских, на этой российской окраине жили грузины, осетины, армяне, поляки, евреи — и для всех было поучительно и полезно слышать слово владыки.
В 1917 году Волынь оккупировали поочередно то немцы, то поляки, то петлюровцы. В 1919 году архиепископ Евлогий (Георгиевский), управляющий Волынской епархией, был вне епархии, и епископ Фаддей стал правящим архиереем этой епархии, ввергнутой тогда во все ужасы оккупации, междоусобицы и разрушения. В это трудное время он духовно окормлял и поддерживал свою многотысячную паству. Для населения города его пребывание на архиерейской кафедре в столь тяжелое время было большим утешением. В его лице жители получили бесстрашного защитника всех, кого несправедливо преследовали в то время власти. Самому епископу пришлось претерпеть тогда много скорбей, особенно при власти петлюровцев: те требовали, чтобы он вел всю служебную переписку с ними на украинском языке, от чего епископ категорически отказался, несмотря на угрозы быть изгнанным за пределы Украины.
Вскоре владыка Фаддей был арестован. Сразу же после его ареста православные жители города Житомира написали заявление в Волынскую ЧК с просьбой отпустить владыку. Они писали: «Епископ Фаддей много лет известен в городе Житомире, где нет храма, в котором бы он не служил и не проповедовал. Нам известна и его личная жизнь как молитвенника и пастыря. Никогда епископ Фаддей не вмешивался в политику, ничего не предпринимал против советской власти, ни к чему противозаконному никого и никогда не призывал.
Арест епископа Фаддея весьма тревожит все православное население города и его окрестностей, каковое волнуется тем, что лишено возможности молиться со своим любимым архипастырем и пользоваться его духовным руководством. Все мы ручаемся в том, что епископ Фаддей стоит вне политики, и просим освободить его из заключения под вашу ответственность».
Но власти не отпустили епископа, но перевели его в Харьковскую тюрьму.
Сопровождавший владыку начальник секретного отдела Волынской ЧК Шаров, понимая, насколько неубедительны обвинения против епископа, 19 февраля 1922 года подал свое особое мнение: «Епископ Фаддей, как высшее духовное лицо в Волыни… действовавший, безусловно, во вред советской власти, ни в коем случае не может быть возвращен на Волынь. Со своей стороны, считал бы его политически неблагонадежным; как находящегося на Волыни более пятнадцати лет и пользующегося большим авторитетом среди местного населения, выслать из пределов Украины в распоряжение высшего духовенства РСФСР под негласное наблюдение местных органов ЧК».
25 февраля ВУЧК, рассмотрев дело епископа Фаддея, постановила: «Гражданина Успенского И. В. «выслать в административном порядке с правом жительства только в одной из центральных северных губерний РСФСР и Западной Сибири с взятием подписки о регистрации в органах ЧК».
9 марта 1922 года епископ Фаддей был освобожден из Харьковской тюрьмы и на следующий день выехал в Москву. По прибытии в Москву он сразу пошел к Патриарху Тихону. Рассказав об обстоятельствах своего «дела» и о том, что его выслали из Украины и вряд ли допустят обратно, он просил Патриарха определить его на кафедру в один из волжских городов, поскольку сам он родился в Нижнем Новгороде. Находясь в Москве, архиепископ Фаддей принимал деятельное участие в работе Священного Синода при Патриархии. Служил владыка большей частью на Валаамском подворье. 13 марта состоялось назначение владыки на Астраханскую кафедру, с возведением его в сан архиепископа. Но выехать в Астрахань и приступить к своим архипастырским обязанностям на этой кафедре владыке удалось лишь в декабре 1923 года.
Архиепископу Фаддею, явившемуся в отделение Московского ГПУ на Большой Лубянке, чтобы получить разрешение на выезд в Астрахань, приказали не покидать Москвы, объяснив это тем, что из Харькова должно прибыть его следственное дело и только после рассмотрения этого дела Московским ГПУ владыке могут разрешить выезд. А вскоре архиепископ Фаддей был снова арестован. Предлог для ареста был найден следующим образом.
В марте 1922 года большевики приступили к изъятию церковных ценностей. Началось новое гонение на Православную Церковь. Большевиками были расстреляны астраханские архиереи — правящий святой Митрофан (Краснопольский) и викарный Леонтий. С того времени Астраханская кафедра вдовствовала. Тогда святой Патриарх Тихон возвел епископа Фаддея в сан архиепископа и назначил на Астраханскую кафедру. После ареста святителя Тихона управление Пра во славной Церковью было передано митрополиту Ярославскому, святому Агафангелу (Преображенскому; †1928). Лишенный властями возможности переехать для управления Церковью в Москву, митрополит составил воззвание к российской пастве, в котором раскрывал всю ложь обновленческих лидеров и объявлял созданное ими ВЦУ неканоническим сборищем. Два экземпляра этого воззвания он передал им через ехавшего в Москву человека архиепископу Фаддею и протопресвитеру Дмитрию Любимову. Вскоре после того как архиепископ Фаддей получил это воззвание, оно было отпечатано в типографии и расклеено на стенах некоторых московских храмов. ГПУ не удалось отыскать типографию, где было отпечатано воззвание, но архиепископ Фаддей и протопресвитер Дмитрий Любимов были арестованы. В сентябре 1922 года владыку выслали в пределы Зырянской области сроком на 1 год.
Архиепископ Фаддей был обвинен в том, что он способствовал печатанию воззвания. Владыка все обвинения категорически отверг. В сентябре 1922 года по «делу» архиепископа было составлено обвинительное заключение: «…распространением нелегально изданных посланий митрополита Агафангела проявил враждебное отношение к советской власти и, принимая во внимание его административную высылку из пределов УССР за контрреволюционную деятельность… Успенского, как политически вредный элемент, подвергнуть административной высылке сроком на один год в пределы Зырянской области».
Из Москвы архиепископа Фаддея перевезли вместе с митрополитом Кириллом (Смирновым) во Владимирскую тюрьму. Митрополит Кирилл так вспоминал об этом: «Поместили в большую камеру вместе с ворами. Свободных коек нет, нужно располагаться на полу, и мы поместились в углу. Страшная тюремная обстановка среди воров и убийц подействовала на меня удручающе… Владыка Фаддей, напротив, был спокоен и, сидя в своем углу на полу, все время о чем-то думал, а по ночам молился. Как-то ночью, когда все спали, а я сидел в тоске и отчаянии, владыка взял меня за руку и сказал: «Для нас настало настоящее христианское время. Не печаль, а радость должна наполнять наши души. Сейчас наши души должны открыться для подвига и жертв. Не унывайте. Христос ведь с нами».
Моя рука была в его руке, и я почувствовал, как будто по моей руке бежит какой-то огненный поток. В какую-то минуту во мне изменилось все, я забыл о своей участи, на душе стало спокойно и радостно. Я дважды поцеловал его руку, благодаря Бога за дар утешения, которым владел этот праведник. Передачи в тюрьму для владыки Фаддея собирала Вера Васильевна Трукс. Архиепископ целиком отдавал их старосте камеры, и тот делил на всех».
Митрополит Кирилл вспоминал о случае прозорливости владыки Фаддея: «Однажды, когда поступила обычная передача, владыка отделил от нее небольшую часть и положил под подушку, а остальное передал старосте. Я увидел это и осторожно намекнул владыке, что, дескать, он сделал для себя запас.
