Провождая жизнь в уединении, трудах, чтении и молитве, о. Серафим соединял с этим пост и строжайшее воздержание. По началу своего поселения в пустыне он питался хлебом, более всего чёрствым и сухим; хлеб, обыкновенно, он брал с собою по воскресеньям на целую неделю. Есть сказание, что из этой недельной порции хлеба часть уделял он пустынным животным и птицам, которые были приласканы старцем, очень любили его и посещали место его молитвословия. Также он употреблял овощи, добываемые трудами рук его в пустынном огороде. С тем и устроен был огород сей, чтобы ему не обременить «ничим же» обители и, по примеру великого подвижника Ап. Павла, питаться, «делающе своими руками» (1 Кор. 4, 12). Впоследствии времени он приучил своё тело к такому воздержанию, что не стал вкушать хлеба насущного, а, по благословению настоятеля Исаии, питался одними овощами своего огорода. Это были картофель, свёкла, лук и трава, называемая снить. В течение же первой недели Великого поста он вовсе не принимал пищи до причащения Святых Таин в субботу. Ещё через несколько времени воздержание и постничество о. Серафима дошли до неимоверной степени. Совсем переставши брать хлеб из обители, он жил без всякого содержания от неё в течение более двух лет с половиною. Братия, удивляясь, недоумевала, чем мог питаться старец во всё это время, не только летом, но и зимою. Он же тщательно укрывал свои подвиги от воззрения людей.
По будням, спасаясь в пустыне, о. Серафим накануне праздников и дней воскресных являлся в обитель, слушал вечерню, всенощное бдение и за раннею литургиею в больничной церкви святых Зосимы и Савватия причащался Святых Христовых Таин. Затем, до вечерни, он принимал в монастырской келии приходивших кнему, по нуждам духовным, из монастырской братии. Во время вечерни, когда братия оставляла его, он, взяв с собою хлеба на неделю, удалялся в свою пустыню. Всю первую неделю Великого поста он проводил в обители. В эти дни он говел, исповедывался и причащался Св. Таин. Духовником его с давнего времени был строитель — старец Исаия.
Так проводил старец дни свои в пустыне. Другие пустынножители имели при себе по одному ученику, которые и служили им. О. Серафим жил в совершенном одиночестве. Некоторые из Саровской братии пытались сожительствовать с о. Серафимом и были приняты им; но ни один из них не мог вынести трудностей пустыннического жития: ни в ком не нашлось столько нравственной крепости, чтобы явиться в качестве ученика подражателем подвигов о. Серафима. Благочестивые попытки их, принося пользу душе, не увенчались успехом; и те, которые поселялись было с о. Серафимом, возвращались опять в обитель. Посему, хотя после кончины о. Серафима нашлись некоторые люди, дерзновенно объявлявшие себя его учениками, но при его жизни они, в строгом смысле, учениками не были, и название «Серафимов ученик» в то время не существовало. «В пребывание его в пустыне,— говорили тогдашние Саровские старцы,— вся братия была его учениками».
Также многие из Саровской братии временно приходили к нему в пустыню. Одни просто посещали его, а другие являлись по нужде в советах и наставлениях. Старец хорошо различал людей. От некоторых он удалялся, желая сохранить молчание, а имеющим нужды до него не отказывал в духовной пище, с любовью руководствуя их к истине, добродетели и благоустроению жизни. Из постоянных посетителей о. Серафима известны: схимонах Марк и иеродиакон Александр, также спасавшиеся в пустыне. Первый бывал у него два раза в месяц, а последний — однажды. О. Серафим охотно беседовал с ними о разных душеспасительных предметах.
Видя столь искреннее, усердное и, поистине, высокое подвижничество старца о. Серафима, диавол, исконный враг всякого добра, вооружился против него разными искушениями. По своей хитрости, начиная с легчайших, он сперва наводил на подвижника разные «страхования». Так, по сказанию одного почтенного летами иеромонаха Саровской пустыни, однажды во время молитвы он услышал вдруг за стенами келии вой зверя; потом, точно скопище народа, начали ломать дверь келии, выбили у двери косяки и бросили к ногам молящегося старца претолстый кряж (отрубок) дерева, который восемью человеками с трудом был вынесен из келии. В другие разы и днём, особенно же ночью, во время стояния на молитве, ему видимо вдруг представлялось, что келия его разваливается на четыре стороны и что к нему со всех сторон рвутся страшные звери с диким и яростным рёвом и криком. Иногда вдруг являлся пред ним открытый гроб, из которого вставал мертвец.
Так как старец не поддавался страхованиям, диавол воздвигал на него жесточайшие нападения. Так, он, по Божию попущению, поднимал тело его на воздух и оттуда с такою силою ударял об пол, что, если бы не Ангел-Хранитель, самые кости от таких ударов могли бы сокрушиться. Но и этим не одолел старца. Вероятно, при искушениях, он духовным оком своим, проникавшим в горний мир, видел самих злых духов. Может быть, духи злобы и сами видимо в телесных образах являлись ему, как и другим подвижникам.
Духовное начальство знало о. Серафима и понимало, как полезно было бы для многих сделать такого старца аввою, настоятелем где-нибудь в обители. Открылось место архимандрита в городе Алатыре. О. Серафима предназначили было туда настоятелем монастыря с возведением в сан архимандрита. В прошлом и в текущем столетиях Саровская пустынь не раз давала из своей братии хороших настоятелей в другие обители. Но старец Серафим убедительнейше просил тогдашнего Саровского настоятеля Исаию отклонить от него это назначение. Строителю Исаии и братии Саровской жаль было отпустить от себя старца Серафима, усердного молитвенника и мудрого наставника. Желания обеих сторон сошлись вместе: все стали просить другого иеромонаха из Сарова же, старца Авраамия, принять на себя звание архимандрита в Алатырский монастырь, и брат, единственно из повиновения, принял на себя это звание.
Во всех искушениях и нападениях на о. Серафима диавол имел целью удалить его из пустыни. Однако же все усилия врага остались безуспешны: он был побеждён, отступил со стыдом от своего победителя, но в покое его не оставил. Изыскивая новые меры к удалению старца из пустыни, злой дух начал воевать против него через злых людей. 12-го сентября 1804 года подошли к старцу три неизвестных ему человека, одетые по-крестьянски. Отец Серафим в это время рубил дрова в лесу. Крестьяне, нагло приступив к нему, требовали денег, говоря, что «к тебе ходят мирские люди и деньги носят». Старец сказал: «Я ни от кого ничего не беру». Но они не поверили. Тогда один из пришедших кинулся на него сзади, хотел свалить его на землю, но вместо того сам упал. От этой неловкости злодеи несколько оробели, однако же не хотели отступить от своего намерения. О. Серафим имел большую физическую силу и, вооружённый топором, мог бы не без надежды обороняться. Эта мысль и мелькнула было мгновенно в его уме. Но он вспомнил при сём слова спасителя: «Вси бо приемши нож ножем погибнут» (Мф. 26, 52), не захотел сопротивляться, спокойно опустил на землю топор и сказал, кротко сложивши крестообразно руки на груди: «Делайте, что вам надобно». Он решился претерпеть всё безвинно, Господа ради.
Тогда один из крестьян, поднявши с земли топор, обухом так крепко ударил о. Серафима в голову, что у него изо рта и ушей хлынула кровь. Старец упал на землю и пришёл в беспамятство. Злодеи тащили его к сеням келии, по дороге яростно продолжая бить, как звероловную добычу, кто обухом, кто деревом, кто своими руками и ногами, даже поговаривали о том, не бросить ли старца в реку?.. А как увидели, что он уже был точно мёртвый, то верёвками связали ему руки и ноги и, положив в сенях, сами бросились в келию, воображая найти в ней несметные богатства. В убогом жилище они очень скоро всё перебрали, пересмотрели, разломали печь, пол разобрали, искали-искали и ничего для себя не нашли; видели только у него св. икону, да попалось несколько картофеля. Тогда совесть сильно заговорила у злодеев, в сердце их пробудилось раскаяние, что напрасно, без всякой пользы даже для себя, избили благочестивого человека; какой-то страх напал на них, и они в ужасе убежали.
Между тем, о. Серафим от жестоких смертных ударов едва мог прийти в чувство, кое-как развязал себя, поблагодарил Господа, что сподобился ради Его понести раны безвинно, помолился, чтобы Бог простил убийц и, проведши ночь в келии в страданиях, на другой день с большим трудом, однако же сам, пришёл в обитель во время самой литургии. Вид его был ужасен! Волосы на бороде и голове были смочены кровью, смяты, спутаны, покрыты пылью и сором; лице и руки избиты; вышиблено несколько зубов; уши и уста запеклись кровью; одежда измятая, окровавленная, засохла и по местам пристала к ранам. Братия, увидев его в таком положении, ужаснулась и спрашивала: что с ним такое случилось? Ни слова не отвечая, о. Серафим просил пригласить к себе настоятеля о. Исаию и монастырского духовника, которым в подробности и рассказал всё случившееся. И настоятель, и братия глубоко опечалены были страданиями старца. Таким несчастием о. Серафим вынужден был остаться в монастыре для поправления здоровья. Диавол, воздвигший злодеев, по-видимому, торжествовал теперь победу над старцем, воображая, что навсегда изгнал его из пустыни.
