Предстояло еще взятие Мальты, но тут на исходе 1799 года адмирал Феодор Ушаков получил приказ Императора Павла I о возвращении вверенной ему эскадры на родину, в Севастополь…
Он еще несколько времени провел на Корфу, готовя эскадру к длительному пути, занимаясь делами местного управления, прощаясь с Островами. Он полюбил греков, и они сторицею платили ему тем же; они видели в нем друга и освободителя. «Безпрестанно слышу я просьбы и жалобы народные, и большей частью от бедных людей, не имеющих пропитания…» — и адмирал, будучи печальником народных нужд, старался с помощью Божией, насколько мог, способствовать улучшению их жизни. Жители Республики Семи Соединенных Островов прощались с адмиралом Феодором Ушаковым и его моряками не скрывая слез, благодаря их и благословляя. Сенат острова Корфу назвал адмирала «освободителем и отцом своим». «Адмирал Ушаков, освободя сии острова геройственною своею рукою, учредив отеческими своими благорасположениями соединение их, образовав нынешнее временное правление, обратил яко знаменитый освободитель все свое попечение на пользу и благоденствие искупленных им народов». На золотом, осыпанном алмазами мече, поднесенном ему, была надпись: «Остров Корфу — адмиралу Ушакову». На золотой медали от жителей острова Итака — «Феодору Ушакову, российских морских сил главному начальнику, мужественному освободителю Итаки». Столь же памятные и дорогие награды были и от других островов. Но адмирал, слишком хорошо уже узнавший превратности высшей политической жизни, покидал Ионические острова с чувством тревоги за их дальнейшую судьбу. На душе его было скорбно…
26 октября 1800 года эскадра адмирала Феодора Ушакова вошла в Севастопольскую бухту.
В ночь на 11 марта 1801 года заговорщиками был убит Император Павел I. На Российский престол взошел его сын Александр I. Политика России менялась. Вскоре адмирал Феодор Ушаков был переведен в Санкт–Петербург. При Дворе возобладало мнение о ненужности большого флота для «сухопутной» России. Тогдашний морской министр высказывался о флоте, что «он есть обременительная роскошь», а другой деятель морского ведомства писал: «России нельзя быть в числе первенствующих морских держав, да в том и не представляется ни пользы, ни надобности». В 1804 году Феодор Феодорович составил подробнейшую записку о своем служении Российскому флоту, в которой подытоживал свою деятельность: «Благодарение Богу, при всех означенных боях с неприятелем и во всю бытность онаго флота под моим начальством на море, сохранением Всевысочайшей Благости ни одно судно из онаго не потеряно и пленными ни один человек из наших служителей неприятелю не достался».
Обострялись болезни, усиливались душевные скорби. Но не забывал адмирал заботиться о ближних своих: в его дом в Петербурге часто приходили за помощью. Одних он снабжал деньгами, одеждой, за других, особо нуждающихся, ходатайствовал перед более имущими господами. Например, переписываясь с известным благотворителем графом Н. П. Шереметевым, построившим в Москве в память своей умершей жены Странноприимный дом, Феодор Феодорович не однажды обращался к нему с просьбами подобного характера: «Зная доброе расположение Ваше к спасительным делам и благодеянию, посылаю к Вашему Сиятельству двух странниц, пришедших из отдаленного края просить позволения о построении храма Божиего и устроении жилищ в пользу увечных и больных. По их бедности я содержу их в своем доме и одел их». Кроме того, он взял на себя покровительство и заботу об осиротевших племянниках.
Продолжая нести службу в должности главного командира Балтийского гребного флота, а кроме того еще и начальника Петербургских флотских команд и председателя квалификационной комиссии «по производству в классные чины шкиперов, подшкиперов, унтер–офицеров и клерков Балтийских и Черноморских портов», образованной при Морском кадетском корпусе, Феодор Ушаков старался и эти обязанности исполнять с ревностью и усердием, как это вообще было ему свойственно в любом деле. С болью следил он за происходившим в Европе: близился к завершению один из этапов франко–русской войны, готовился мир в Тильзите; Император Александр I сделается союзником Наполеона Бонапарта, а Ионические острова будут переданы «зловредным» французам. Феодору Феодоровичу предстояло пережить и это.
19 декабря 1806 года он подал Императору прошение об отставке: «Душевные чувства и скорбь моя, истощившие крепость сил и здоровья, Богу известны — да будет воля Его святая. Все случившееся со мною приемлю с глубочайшим благоговением…» Эти слова, венчающие ратный подвиг, славное и многотрудное служение родному Отечеству, свидетельствуют, что непобедимый адмирал исполнен был смирения и покорности воле Божией, и благодарения Богу за все, — это были чувства истинно христианские.
Отойдя от служебных дел, он некоторое время жил в Санкт–Петербурге, продолжая покровительствовать племянникам, и готовился к переезду на постоянное и уже последнее место своей земной жизни. У него было несколько небольших деревень на родине в Ярославской губернии, был участок земли вблизи Севастополя… Душа адмирала, от младенчества взыскавшая Господа, просила покоя, уединения, молитвы. Он принял решение, исполненное глубокого смысла: он избрал для жительства тихую деревню Алексеевку, в Темниковском уезде, вблизи Санаксарского Рождество–Богородичного монастыря, где в годы его ратных подвигов молился о нем его родной дядя — преподобный Феодор. Несомненно, что молитвенное их общение никогда не прерывалось. Потому и устремилась сюда, к святой обители душа адмирала, что здесь подвизался о Господе и упокоился самый духовно близкий ему человек на земле. Монах и моряк — они оба были воинами Христовыми, оба делали одно дело: ревностно служили Господу — на том поприще, на которое Он их призвал.
Перед тем, как окончательно в 1810 году покинуть столицу, Феодор Феодорович, «памятуя час смертный с каковою незапностью оный приключается», написал завещание. Никогда не имевший своей семьи и своих детей, он все небогатые владения передал в собственность племянникам, «которых почитаю я вместо детей моих и о благе их стараюсь как собственный их отец».
Сохранилось свидетельство тогдашнего настоятеля монастыря иеромонаха Нафанаила о завершающем периоде земной жизни Феодора Феодоровича: «Адмирал Ушаков, сосед и знаменитый благотворитель Санаксарской обители, по прибытии своем из Санкт–Петербурга, вел жизнь уединенную в собственном своем доме, в деревне Алексеевке, расстоянием от монастыря через лес версты три, который по воскресным и праздничным дням приезжал для богомолья в монастырь к службам Божиим во всякое время. В Великий пост живал в монастыре, в келий, для своего пощения и приготовления к Св.Тайнам по целой седмице и всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал неопустительно и слушал благоговейно; по временам жертвовал от усердия своего обители значительные благотворения; так же бедным и нищим творил всегдашние милостивые подаяния и вспоможения».
Началась Отечественная война 1812 года. На борьбу с французами поднялся весь народ. В Тамбовской губернии, как и по всей России, создавались ополчения для защиты Отечества. На губернском собрании дворянства, в котором Феодор Феодорович не смог принять участия по болезни, он был избран большинством голосов начальником внутреннего тамбовского ополчения. Предводитель дворянства писал ему: «Долговременная опытность службы Вашей и отличное усердие перед Престолом Российской державы, Вами доказанные, да подадут дворянству твердые способы к ревностным подвигам на пользу общую, да подвигнут всех к благодетельным пожертвованиям и да вдохнут готовность в сердце каждого принять участие к спасению Отечества…» «За благосклонное, доброе обо мне мнение и за честь сделанную приношу всепокорнейшую мою благодарность, — отвечал адмирал. — С отличным усердием и ревностию желал бы я принять на себя сию должность и служить Отечеству, но с крайним сожалением за болезнью и великой слабостью здоровья принять ее на себя и исполнить никак не в состоянии и не могу». Но, между тем, вместе с темниковским соборным протоиереем Асинкритом Ивановым он устроил госпиталь для раненых, дав деньги на его содержание. Две тысячи рублей им было внесено на формирование 1–го Тамбовского пехотного полка. Все, что имел, отдавал он «на воспомоше–ствование ближним, страждущим от разорения злобствующего врага…» Еще в 1803 году им были внесены двадцать тысяч рублей в Опекунский совет Санкт–Петербургского воспитательного дома; теперь он всю сумму с причитающимися на нее процентами передал в пользу разоренных войной: «Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедствующим и странствующим, не имеющим жилищ, одежды и пропитания». Не только крестьяне окрестных деревень и жители города Темникова, но и из отдаленных мест приезжали к нему многие. С страдальцами, лишившимися имуществ, делился он тем, что имел; обремененных скорбию и унынием утешал непоколебимою надеждой на благость Небесного Промысла. «Не отчаивайтесь! — говорил он. — Сии грозные бури обратятся к славе России. Вера, любовь к Отечеству и приверженность к Престолу восторжествуют. Мне немного остается жить; не страшусь смерти, желаю только увидеть новую славу любезного Отечества!»
