Не один Зюзин подвергся допросам вместе с лицами, которые по его указаниям так или иначе будто бы участвовали с ним в приглашении Никона в Москву и соборную церковь; то же самое происходило и с лицами, которые пропустили Никона в Москву и принимали его в соборной церкви. Еще 18 декабря допрошены были стрельцы, стоявшие на часах у ворот, чрез которые проехал Никон, сам митрополит Ростовский Иона и соборные: протопоп, два ключаря, священник, дьякон, возглашавший ектению, иеродиакон митрополита, иподьякон и один певчий – и все показали, как было дело, а иные и повинились, в чем признавали себя виновными. Более всех оказался виноватым митрополит Иона, и именно в том, что принял благословение от патриарха Никона и своим примером увлек к тому же и других. Государь, как только услышал из уст Ионы сознание в этом, сказал ему: «Ты, митрополит, поставлен блюстителем соборной церкви и знал соборное изложение всех вас, под которым есть и твоя рука, что патриарх Никон самовольно оставил свой престол и обещался на него не возвращаться и что про его самовольное отречение по изложению всего освященного Собора писано нами ко Вселенским патриархам, а до рассуждения Вселенских патриархов и до большого Собора определено сообщения с Никоном не иметь». Иона пред государем оправдывался и говорил, что совершил то забвением, устрашась его, Никона, и его внезапного пришествия. Но государь, как сам выражается, за такое «презрение Ионою изложения всего освященного Собора и за неопасное блюстительство соборной церкви» не захотел принять от Ионы благословения и велел рассмотреть дело Собору. Архиереи, бывшие тогда в Москве, Павел Крутицкий, Паисий Газский, Нектарий, архиепископ Погонеанийский, и др., собравшись 22 декабря в патриаршей крестовой палате, признали митрополита Иону виновным в том, что он, забыв свое соборное рукоподписание и будучи наместником патриаршего престола, прежде всех принял благословение от бывшего патриарха Никона и тем подал худой пример прочим церковникам. Но, желая оказать снисхождение к немощи своего собрата, предложили ему, чтобы он по обычаю, какой существует в подобных сомнительных случаях на Востоке, возложив на себя епитрахиль и омофор, очистил себя от зазора следующею клятвою: «Свидетельствуюсь Богом, что я не имел никакого согласия и совета с бывшим патриархом Никоном о пришествии его на престол, что принял от него благословение без хитрости, будучи устрашен его внезапным пришествием и одержим ужасом, и что в то время мне не пришло на ум мое соборное рукоподписание, которое сотворил я, о непринятии Никона на патриаршеский престол». Если Иона согласится, продолжали заседавшие на Соборе, очистить себя таким образом, тогда он может быть свободным от всякого зазора и нет нужды для суда над ним созывать всех архиереев, а довольно только послать к ним грамоты и спросить их мнения: достоит ли теперь Ионе оставаться наместником патриаршего престола и держать начало между архиереями в соборной церкви? До получения же ответов Иона может совершать литургию с архимандритами и священниками, но не в соборной церкви и не с архиереями. На другой день, 23 декабря, тот же освященный Собор в патриаршей крестовой палате определил, что великому государю можно, без всякого сомнения, принимать благословение от митрополита Ионы, когда он очистит себя от зазора. И в тот же день государь разослал ко всем архипастырям свои грамоты, приказывая немедленно отписать: быть ли впредь митрополиту Ионе блюстителем соборной апостольской церкви и великому государю ходить ли к нему. Ионе, под благословение? В 27-й день генваря 1665 г., когда от архиереев получены были ответы, собрались в крестовую патриаршую палату митрополиты: Павел Крутицкий, Паисий Газский, Косьма Амасийский и Феодосий Сербский – и на основании тех ответов определили: Ростовского митрополита Иону, когда он очистится от зазора, как указано в соборном постановлении 22 декабря, от наместничества престола патриаршего отлучить вовсе, от начальствования же между архиереями воспятить впредь до рассмотрения и указа всего освященного Собора, а о принятии от Ионы благословения царем государем, когда он соизволит, не может быть никакого сомнения. И 10 февраля действительно состоялся в Москве Собор, на который успели прибыть почти все русские архиереи: митрополиты – Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Павел Сарский (Крутицкий) и епископы – Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Арсений Псковский – и были приглашены митрополиты: Паисий Газский и Феодосий Сербский. Этот Собор вновь допрашивал Иону, почему он принял благословение от Никона. И Иона оправдывался, просил прощения и, собственноручно переписав в соборной церкви то самое клятвенное свидетельство, или исповедание, какое было предложено ему на Соборе 22 декабря, представил теперь это свидетельство за своею подписью новому Собору. И Собор решил: «Митрополиту Ионе блюстителем соборной апостольской церкви впредь не быть, а в том его внезапном погрешении быть свободным и в соборной церкви в своей ему прежней степени сообщаться и служить невозбранно». Вспомнил Собор и принявших вслед за Ионою благословение от патриарха Никона протопопа и двух ключарей собора и отлучил их за эту вину от священнослужения, но 21 февраля протопоп Михаил и ключари Иов и Феодор били челом о помиловании, и те же архиереи ради торжественного дня рождения благоверной государыни царевны Евдокии Алексеевны разрешили им служить по-прежнему невозбранно в соборной церкви в своих степенях. Наконец, в двадцатых числах марта государь своими грамотами известил всех архиереев, что он, посоветовавшись с освященным Собором, указал: «Митрополиту Ионе быть на митрополии его в Ростове, а на Москве блюстителем соборной апостольской церкви быть Павлу митрополиту».
О внезапном пришествии Никона в соборную церковь, наделавшем столько тревог в Москве и для некоторых сопровождавшемся такими тяжкими последствиями, Алексей Михайлович поспешил известить Восточных патриархов. В грамотах патриархам, Цареградскому и Иерусалимскому, которые сохранились и писаны Паисием Лигаридом в 1665 г., без означения месяца, царь горько жаловался, что Никон в полночь, в неделю пред Рождеством Христовым без всякого стыда и с великим напыщением внезапно ворвался в соборную церковь, имея вокруг себя множество людей, и самовольно вступил на патриарший престол и начал распоряжаться; что он потом «втай и мучительски украде» посох святителя Петра и едва согласился отдать; что, отходя из соборной церкви и из Москвы, отрясал прах от ног своих и велел то же сделать своим спутникам и что от такого насильственного вторжения Никона «истинно град весь смятеся внутрь и вне», тем более что тогда явилась на небе комета, как бы предвозвещавшая свирепый приход его. Подробнее рассказать о всем этом патриархам царь обещался впоследствии, когда они или сами придут, или пришлют от себя уполномоченных на Собор в Москву. В грамоте к Иерусалимскому святителю Нектарию царь извещал также о получении его грамоты от 20 марта, написанной в защиту Никона, и высказывал, что сам же он, святитель, утвердил прежде своею рукою соборный свиток четырех патриархов, отлучающий Никона от престола, а теперь говорит иное, но голос всех четырех патриархов, без сомнения, важнее голоса одного из них, и притом младшего, и что отречение Никона было совершенное и принято всем освященным Собором, а в заключение, приглашая Нектария в Москву на Собор, просил: «Принеси достойный жребий, держа прямо вес, ниже мне, ниже ему (Никону) норовя, но прямо рассекая правды борозду».
Несомненно, что грамота Нектариева не понравилась в Москве. Это еще более видно из того, что человек, с которым Нектарий прислал свою грамоту, грек Севастос, или Севастиан Дмитриев, был взят под стражу, и у него отобрана боярами другая грамота, написанная тем же патриархом на имя Никона. В июне 1665 г. Севастиан несколько раз был призываем на суд для допросов и даже пред лицо самого государя и хотя содержался в заключении «вверху в палатах» царя, но находил возможность вести переписку с Никоном, к которому показывал величайшую преданность и уважение, за что, конечно, и страдал. Вообще видно, что греки, приходившие тогда к нам и проживавшие в Москве, как бы разделялись на две враждебные партии. Одни из них держались могущественного Паисия Лигарида и под его покровительством хотели служить царю, надеясь, конечно, получить от него богатое воздаяние в виде милостыни, таковы особенно были наперсник Паисиев иеродиакон Мелетий и грек Стефан, которые и отправлены были с грамотами по делу Никона к патриархам. Другие по зависти и ненависти к Лигариду и его сподручникам старались противодействовать им и служить Никону в чаянии для себя от него благ, когда он вновь сделается Московским патриархом. Таков был Севастиан Дмитриев, который в своих письмах к Никону прямо выражался, что благодарит Бога, сохраняющего Никона «ради прибытку и похвалы нашему роду (т. е. грекам)», или молит Бога, да сохранит Никона «в пользу многих и во хвалу нашему роду». А еще более таков был известный нам Иконийский митрополит Афанасий, который хотя сослан был в Симонов монастырь, но и оттуда вел переписку с Никоном, и выражал в своих письмах крайнюю ненависть к Лигариду и его сотрудникам и глубочайшее уважение к Никону, и говорил ему: «Опять блаженство твое будет патриарх Московский – не будет иначе». Да и те греки, которые, по-видимому, служили государю, не отличались честностью и, переводя для него письма, приносимые с Востока, иное в них опускали, иное прибавляли или искажали по своему хотению, на это жаловался государю сам патриарх Нектарий в грамоте от 20 марта, и огорченный государь по этому случаю тогда же повелел произвесть розыск . Были и такие греки, которые из одного лагеря переходили в другой, враждебный, что пришлось испытать на себе лично Лигариду. В Москве находился какой-то греческий иеродиакон Агафангел, сделавшийся известным государю с невыгодной стороны, но почему-то понравившийся Паисию. Последний неоднократно просил у государя позволения взять Агафангела к себе, и государь, хотя сначала не соглашался и предупреждал Паисия об испорченности этого иеродиакона, наконец уступил просьбе. Заняв при Лигариде должность толмача и вместе смотрителя нового дома, который царь построил для Лигарида, Мелетий определил к нему двух служителей, которых привез с собою из Селевкийского монастыря. Эти слуги чрез несколько времени обокрали Паисия и золотые, которыми наделил его царь за службу, отдали Агафангелу, а ящик с множеством денег, жемчуга и других драгоценностей захватили с собою и бежали. Немедленно царские люди с Агафангелом во главе отправлены были отыскивать беглецов и нашли их на ночлеге в Троице-Сергиевом монастыре. Агафангел велел сковать их, перевез в Москву и посадил у себя в доме под стражу, но ночью, взяв от них себе все похищенное ими, отпустил их. Тогда по приказу государя сам Агафангел был закован в цепи и доставлен в патриархию для заключения под стражу. Спустя несколько дней он успел вымолить себе позволение отправиться вновь для отыскания бежавших воров и представил за себя поручителей. Но, получив свободу, уехал тайно в Воскресенский монастырь к патриарху Никону и наговорил ему тысячу обвинений на Газского не только устно, но и письменно. Обрадованный Никон, снабдив Агафангела письмами и деньгами, спешно отправил его в Константинополь для противодействования там иеродиакону Мелетию и патрону его Лигариду. Попытка, однако ж, не удалась. Агафангел был схвачен в Киеве и, закованный, привезен в Москву.
