Англию и пообещал сотрудничество католической северной Англии. Филипп скептически отнесся к такой помощи, и Алва предупредил его, что Елизавета может приказать убить Марию при первых признаках вторжения или восстания.
Восстание пришло. 14 ноября 1569 года графы Нортумберленд и Уэстморленд во главе повстанческой армии из 5700 человек вошли в Дарем, свергли совет англиканского причастия, сожгли Книгу общей молитвы, восстановили католический алтарь и отслужили мессу. Они планировали броситься в Татбери, чтобы освободить Марию, но Елизавета помешала им, переведя Марию в Ковентри (23 ноября 1569 года). Граф Сассекс с армией, состоящей в основном из католиков, быстро подавил восстание. Елизавета приказала повесить всех захваченных мятежников и их попустительских слуг, причем "тела нельзя было снимать, они должны были оставаться, пока не развалятся на куски там, где их повесили".53 Так было казнено около шестисот человек, а их имущество было конфисковано короной. Нортумберленд и Уэстморленд бежали в Шотландию. В феврале 1570 года Леонард Дакрес возглавил еще одно восстание католиков; он тоже потерпел поражение и бежал через границу.
В январе 1570 года Нокс написал Сесилу письмо, в котором советовал ему немедленно отдать приказ о смерти Марии, поскольку "если вы не ударите по корню, то ветви, которые кажутся сломанными, распустятся снова".54 К этому времени он закончил свою "Историю реформации религии в Шотландии" - книгу, не претендующую на беспристрастность, повествование неточное, но яркое и жизненное, стиль причудливый и идиоматичный, острый на язык проповедника, называвшего шлюху шлюхой. Горький человек, но великий человек, построивший свою мечту о власти более полно, чем Кальвин, ненавидящий всей душой, сражающийся мужественно, до последней капли расходующий невероятную энергию упорной воли. К 1572 году он выбился из сил. Он больше не мог ходить без поддержки, но каждое воскресенье ему помогали добраться до кафедры в церкви Святого Джайлса. 9 ноября 1572 года он проповедовал в последний раз, и все прихожане проводили его до дома. Он умер 24 ноября в возрасте шестидесяти семи лет, почти таким же бедным, как и родился; он "не делал купли-продажи из Слова Божьего". Он оставил потомкам право судить его. "Чем я был для своей страны, пусть этот неблагодарный век и не узнает, но грядущие века будут вынуждены свидетельствовать об истине".55 Немногие люди оказывали столь решающее влияние на убеждения народа; немногие из его времени сравнялись с ним в поощрении образования, фанатизма и самоуправления. Он и Мария разделили между собой душу Шотландии: он - Реформацию, она - Ренессанс. Она проиграла, потому что не знала, подобно Елизавете, как их поженить.
Мария, словно неугомонная тигрица в клетке, перепробовала все углы и возможности для побега. В марте 1571 года Роберто ди Ридольфи, флорентийский банкир, работавший в Лондоне, стал посредником между Марией, испанским послом, епископом Росса, Алвой, Филиппом и папой Пием V. Он предложил Алве послать испанские войска в Англию из Нидерландов, чтобы католические войска одновременно вторглись в Англию из Шотландии, чтобы Елизавета была свергнута, чтобы Мария стала королевой Англии и Шотландии, и чтобы Норфолк женился на ней. Норфолку рассказали об этом плане, он его не одобрил и не раскрыл. Мария дала предварительное согласие.56 Папа дал Ридольфи деньги на это предприятие и обещал рекомендовать его Филиппу;57 Филипп поставил свое одобрение в зависимость от одобрения Алвы; Алва высмеял проект как провидческий, и из него не вышло ничего, кроме трагедии для друзей Марии. Письма Ридольфи и Норфолка были найдены у арестованных слуг Марии и герцога; Норфолк, Росс и несколько католических дворян были заключены в тюрьму; Норфолка судили за измену и осудили. Елизавета не решалась подписать смертный приговор столь выдающемуся дворянину, но Сесил, английский парламент и англиканская иерархия призвали казнить и Норфолка, и Марию. Елизавета пошла на компромисс, отправив Норфолка на каторгу (2 июня 1572 года). Когда до Англии дошли новости о резне святого Варфоломея (22 августа), вновь раздались крики о смерти Марии,58 но Елизавета по-прежнему отказывалась.
Только помня о том, что плен Марии длился почти девятнадцать лет, мы можем понять ее отчаяние и чувство горькой несправедливости. Место ее заключения неоднократно менялось, чтобы сочувствие к ней в округе и среди ее опекунов не породило новых заговоров. Условия ее заключения были гуманными. Ей разрешили получать французскую пенсию в размере 1200 фунтов стерлингов в год; английское правительство выделило ей значительную сумму на питание, лечение, прислугу и развлечения; ей разрешили посещать мессу и другие католические службы. Долгие часы она пыталась скоротать за вышиванием, чтением, садоводством и игрой со своими домашними спаниелями. По мере того как надежда на свободу угасала, она теряла интерес к уходу за собой; она стала меньше заниматься спортом, дряблой и толстой. Она страдала от ревматизма; иногда ее ноги так распухали, что она не могла ходить. К 1577 году, когда ей было всего тридцать пять лет, ее волосы поседели, и впоследствии она покрыла их париком.
В июне 1583 года она предложила в случае освобождения отказаться от всех претензий на английскую корону, никогда больше не общаться с заговорщиками, жить в любом месте Англии по выбору Елизаветы, никогда не удаляться от места жительства более чем на десять миль и подчиняться наблюдению соседних джентльменов. Елизавете посоветовали не доверять ей.
Мария возобновила свои планы по спасению. С помощью различных отчаянных приемов ей удавалось тайно переписываться с французскими и испанскими послами и правительствами, со своими приверженцами в Шотландии и с представителями Папы Римского. Письма тайно ввозились и вывозились, в стирке, в книгах, в палках, в париках, в подкладках туфель. Но шпионы Сесила и Уолсингема вовремя раскрыли все заговоры. Даже среди студентов и священников иезуитского колледжа в Реймсе у Уолсингема был свой агент, который держал его в курсе событий.
Романтический ореол плененной королевы вызывал симпатии многих молодых англичан и возбуждал пыл католической молодежи. В 1583 году Фрэнсис Трокмортон, католический племянник покойного посла Елизаветы во Франции, организовал очередной заговор с целью ее освобождения. Вскоре его раскрыли; под пытками он признался: "Я разгласил тайну той, кто была мне дороже всех на свете".59 Он умер под топором палача в возрасте тридцати лет.
Год спустя Уильям Парри, шпион на службе у Сесила, убедил папского нунция в Париже направить Григорию XIII просьбу о пленарном снисхождении, мотивируя это опасной попыткой освободить Марию Стюарт и вернуть Англию в лоно католической церкви. Папский государственный секретарь ответил (30 января 1584 года), что Папа видел прошение Парри, радуется его решимости, посылает ему желанную индульгенцию и вознаградит его усилия.60 Парри отнес этот