Одна из главных причин падения Меншикова проста до банальности. Его подвело здоровье. На пике политических успехов и завоевания всей полноты власти «полудержавный властелин» заболел: открывшееся кровохарканье и лихорадка приковали его к постели. Силы быстро пошли на убыль, и всегда энергичный и волевой светлейший князь, привыкший противостоять ударам судьбы и не обращать внимания на всяческие трудности, был вынужден признать, что, скорее всего, в ближайшее время умрет. Он даже пишет и рассылает несколько писем-завещаний. Императора он просит заботиться о России, слушаться Остермана и министров, быть справедливым и «правосудным» к своим подданным, а членам Верховного тайного совета поручает свою семью, остающуюся после его смерти без руководства и защиты. Многие при дворе и в правительстве радуются болезни Меншикова, предвкушая близкую свободу от его тирании, даже если его кончина приведет к ослаблению государства. Все устали и хотят перемен.
Могучий организм Меншикова справился с тяжелым недугом. Светлейший князь выздоровел и попытался вернуть себе прежнее место, но это оказалось уже невозможным. За время его болезни Петр II успел почувствовать всю прелесть императорской власти и не желал вновь оказаться в положении нелюбимого пасынка у своего потенциального тестя. Еще до болезни Меншикова двенадцатилетний император попытался показать, кто есть кто в государстве. Петербургские цеховые мастера каменных дел преподнесли Петру 9 тысяч рублей золотыми монетами. Царь захотел порадовать свою сестру Наталью и отослал «червонные» ей в подарок. По дороге слугу с монетами перехватил Ментиков и заставил отнести деньги в свой кабинет. Слуга доложил о произошедшем императору и передал сказанные при этом светлейшим князем слова: «Император еще очень молод и потому не умеет распоряжаться деньгами как следует». Разразился скандал. Петр впервые разговаривал с Меншиковым на повышенных тонах. Александр Данилович сначала даже лишился дара речи, а потом вынужден был оправдываться, что хотел в тот же вечер представить проект употребления этих денег для нужд государства, так как казна совершенно пуста. Все это не убедило Петра. Он напомнил Меншикову, что является императором и требует повиновения от всех своих подданных, повернулся спиной к своему собеседнику и вышел из комнаты. С большим трудом в тот раз Меншикову удалось все уладить и успокоить государя, который, кажется, сам был обескуражен своим решительным поступком. Светлейший князь постарался все забыть, списывая поведение царя на неуравновешенность характера, свойственную подросткам. Но император учел полученный опыт и воспользовался им в своих дальнейших отношениях с «полудержавным властелином».
Уже после выздоровления Меншикова ситуация повторилась. Александр Данилович узнал, что личный камердинер Петра выдал своему императору небольшую сумму из тех денег, что полагались ему из казны на бытовые нужды. За это слуга был немедленно уволен. Царь, в свою очередь, устроил Меншикову по этому поводу сильный разнос и взял камердинера обратно. Через некоторое время Петр стребовал со светлейшего князя 5 тысяч «червонных» и опять попытался подарить их сестре. А Меншиков снова отнял их у великой княжны Натальи. Но на сей раз император на компромисс не пошел и с этого момента уже не захотел видеть своего опекуна и общаться с ним.
Ситуация накалилась до предела, но Меншиков не представлял, насколько в действительности плохи его дела. Умный и хитрый Остерман усыпил его бдительность дружескими письмами, в которых передавал светлейшему поклоны от императора и его сестры, при которых неотлучно находился во время загородных прогулок, пикников и охотничьих забав.
Гром над головой Меншикова грянул 26 августа 1727 года. В этот день в загородной императорской резиденции Петергофе праздновали именины великой княжны Натальи Алексеевны. Раньше Меншикову не требовалось особого приглашения на домашние праздники царской семьи, и он, как обычно, сам явился в петергофский дворец. Но тут светлейший сделал неожиданное и неприятное для себя открытие: отношение к нему юного императора изменилось кардинально. Петр даже не ответил на его приветствие. Когда Меншиков пытался заговаривать с царем, тот демонстративно поворачивался к нему спиной. Так же он вел себя и с невестой — дочерью светлейшего. Когда Петр увидел, что Меншиков пытается возмущаться его отношением к княжне Марии Александровне, то сказал своим приближенным достаточно громко, чтобы светлейший и его дочь услышали эти слова: «Разве не довольно, что я люблю ее в сердце; ласки излишни; что касается до свадьбы, то Меншиков знает, что я не намерен жениться ранее 25 лет».
Но и после этого конфуза Меншиков еще сохранял свое прежнее влияние в политических делах и, как раньше, наравне с императором распоряжался казенными финансами. Уже через неделю, 3 сентября, он попытался восстановить отношения. Поводом послужило намеченное на этот день освящение новой церкви в его загородном имении Ораниенбауме. Меншиков униженно просил императора присутствовать на этом торжестве. И Петр сначала согласился. Но, как предполагал С. М. Соловьев, светлейший то ли забыл, то ли не захотел пригласить царевну Елизавету Петровну, без которой Петр не хотел нигде бывать. Этот опрометчивый поступок дорого обошелся Меншикову. В самый день торжества император известил Александра Даниловича, что не сможет приехать в Ораниенбаум.
На другой день после незадавшегося праздника Меншиков бросился в Петергоф, где готовились к именинам царевны Елизаветы. Ему удалось поздно вечером увидеться с императором, но объясниться с ним не получилось. Петр не хотел мириться с опекуном; чтобы не встречаться с ним, он даже пренебрег именинами своей любимой тетки Елизаветы. 5 сентября рано утром император уехал на охоту. Меншиков пытался перехватить хотя бы великую княжну Наталью и дежурил у дверей ее покоев, но Наталья Алексеевна вылезла из окна своей спальни и ускакала вслед за братом на охотничьи угодья. Меншикову ничего не оставалось, как плакаться царевне Елизавете, которую он так неосторожно обидел накануне. Елизавета крайне холодно отнеслась к жалобам светлейшего и его угрозам уехать на Украину и принять там командование войсками. Видя, что ничего в Петергофе не добьется, Меншиков забрал свое семейство и уехал в Петербург. Но и туда он опоздал. В его отсутствие Верховный тайный совет передал царскому интенданту Мошкову приказ императора подготовить в течение трех дней Зимний и летний дворцы и забрать из дома Меншикова все принадлежащее царю и его сестре имущество. Петр решительно освобождался от контроля своего теперь уже бывшего опекуна.
