7 сентября, вернувшись из охотничьих угодий в Стрельне, Петр II поселился у себя, в летнем дворце в Петербурге. Современники слышали, как он несколько раз говорил своим придворным: «Я покажу, кто император, я или Меншиков». На этот раз все: и великая княжна Наталья, и царевна Елизавета, и Остерман, и новые императорские фавориты Долгорукие — были против светлейшего князя. Он остался в одиночестве. В тот же день император отдал приказ гвардейским полкам не подчиняться никому, кроме него самого. Все распоряжения императора могли передаваться гвардии только через двух доверенных офицеров — Юсупова и Салтыкова. Таким образом, генералиссимус Меншиков полностью лишался своего влияния на гвардию. Семья светлейшего князя попыталась воспользоваться последним шансом. Вечером в летний дворец прибыли невеста императора Мария Меншикова с сестрой, чтобы поздравить Петра с возвращением в столицу. Но обе были приняты столь демонстративно холодно, что вынуждены были немедленно покинуть двор.
На следующее утро, в пятницу 8 сентября — праздничный день Рождества Богородицы — в дом Меншикова явился майор гвардии генерал-лейтенант Семен Салтыков и объявил, что отныне светлейший находится под домашним арестом и не может покидать пределов своей городской усадьбы. От этого известия Александр Данилович потерял сознание, и домашний лекарь вынужден был пустить ему кровь. Жена и сын Меншикова, а также его всеми уважаемая невестка Варвара Арсеньева немедленно отправились во дворец. Там они на коленях ждали императора, но Петр, возвращавшийся из церкви после праздничной обедни, сделал вид, что не видит их. Попытки заговорить с великой княгиней Натальей и царевной Елизаветой также закончились безуспешно. Обе девицы молчали и отворачивались от просителей. Меншиковы бросились к Остерману. Княгиня Меншикова около часа стояла на коленях перед врагом своего мужа, но тот отказался ей помочь. Судьба светлейшего князя была уже решена.
9 сентября Меншикова лишили всех чинов и наград и сослали с семьей в крепость Ранненбург под Воронежем. У него также конфисковали большую часть имущества и даже отобрали личный перстень с большим яхонтом. Он должен был покинуть Петербург в тот же день после обеда. Семейство бывшего «полудержавного властелина» выехало из столицы в четыре часа пополудни. Впереди огромного обоза двигались четыре кареты с членами семьи Меншиковых: самим светлейшим князем, его женой, свояченицей и деверем, сыном и двумя дочерьми. Все были одеты в простые черные наряды, подчеркивавшие скорбные обстоятельства отъезда. Имущество Меншиковых везли на 100 подводах. Ссыльных сопровождал отряд солдат из 120 человек во главе с гвардейским капитаном.
По дороге к месту ссылки светлейшего князя и его семью ждало еще одно унижение. Их поезд догнал курьер, которому было приказано вернуть Марии Меншиковой ее кольцо и забрать у нее кольцо императора. Так Петр II давал понять, что его помолвка с княжной расторгнута окончательно и бесповоротно. Священникам в храмах дано было распоряжение больше не поминать Марию Александровну как великую княжну и царскую невесту.
В ранненбургской ссылке у Меншикова еще оставалась надежда, пусть и весьма призрачная, на возможное возвращение милости императора. Но весной 1728 года последовал новый указ Петра II, в котором Александр Данилович обвинялся в государственных преступлениях, достойных смертной казни. По милости императора казнь заменялась новой ссылкой — в городок Березов Тюменской области, место по тем временам гиблое и безнадежное. Там Меншиков потерял любимую жену и дочь Марию, которую в мечтах видел русской императрицей. Там он и сам скончался 12 ноября 1729 года. «Полудержавный властелин», бывший генералиссимус и адмирал, ближайший друг и сподвижник Петра Великого и всесильный регент-фаворит его внука, несостоявшийся тесть императора был похоронен тихо, без всяких почестей возле скромной деревянной церкви, которую срубил своими руками в последние годы жизни. Возможно, орудуя топором на ее постройке, всеми забытый и покинутый герой Полтавы и Гангута вспоминал, как когда-то со своим царственным товарищем и покровителем учился плотницкому делу в Саардаме, а потом строил первые русские боевые корабли и походные крепости.
Падение всесильного Меншикова вызвало в столице всеобщую радость, по наблюдениям иностранцев, даже несколько неумеренную. Как остроумно заметил в свое время С. М. Соловьев, «многие, разумеется, радовались от души; другие же показывали радостный вид, чтобы угодить радующимся от души». Но эта радость быстро сменилась новым общим беспокойством. Император все еще был слишком молод и просто нуждался в сильных фаворитах, которые могли бы оказать ему поддержку в управлении страной.
В связи с опалой и ссылкой Меншикова оживились императорские родственники, которых ранее всесильный фаворит держал на расстоянии от трона. Наконец-то получила возможность приехать в Россию двоюродная тетка Петра II, курляндская герцогиня Анна Ивановна, она была приглашена в Москву на предстоящую церемонию коронации государя. Рвалась увидеть «любимого внука» и бабушка императора Евдокия Федоровна Лопухина, которая, несмотря на свое уже давнее пострижение в монастырь под именем инокини Елены, продолжала считать себя царицей и законной вдовой Петра I. Внук освободил ее из Шлиссельбургской крепости и поселил в московском монастыре. Но ей хотелось если не полного, то хотя бы частичного реванша, почестей, богатства, комфорта. Петр и Наталья, никогда не видевшие свою бабушку, не особенно стремились сближаться с почтенной старушкой, а тем более слушаться ее распоряжений. Но во время коронационной поездки в Москву избежать встречи было невозможно из соображений приличия. Брат и сестра посетили Евдокию Федоровну в монастыре. Но при этом демонстративно взяли с собой царевну Елизавету Петровну, чтобы бабушка не увлекалась политическими фантазиями. Тем не менее Петр II терпеливо выслушал наставления Евдокии, касавшиеся его поведения и необходимости жениться и жить в честном браке. Паче чаяния Лопухиной, ее не взяли ко двору, но она получила от внука весьма солидное годовое содержание в 60 тысяч рублей и 2 тысячи дворов с крепостными крестьянами. Не была забыта Петром и его вторая бабушка, с материнской стороны. Герцогиня бланкенбургская получила от внука пенсию в 15 тысяч рублей в год. Любопытно, что в письмах императору и его приближенным обе бабушки, и русская и немецкая, одинаково выражали обеспокоенность тем, что юный император совсем не бережет свое здоровье и порой ведет себя недостойно монарха великой державы.
После отъезда Меншикова в ссылку довольно быстро стали налаживаться отношения императора и с его старшей теткой, голштинской герцогиней Анной Петровной, недавней соперницей в борьбе за обладание троном. В феврале 1728 года у Анны родился сын Петр (ему будет суждено стать русским императором Петром III), и к Петру II обратились с просьбой стать его крестным. Голштинский посол, майор Дитмар, доставивший радостное известие, получил в награду от императора 300 червонных, при российском дворе был устроен роскошный бал. А придворный епископ Феофан Прокопович, словно предвидя императорское будущее новорожденного, писал его родителям:
