Генерал-прокурор в первые годы после реорганизации оставался в 1-м департаменте, где сосредотачивались важнейшие дела государственного управления: о ревизиях душ податного населения, о финансах, о доходах и расходах, дела по герольдии, Синоду и важнейшим коллегиям, магистратам, по банковским конторам для дворянства и купечества; иностранные пограничные дела; по Канцелярии конфискации; Секретной и Тайной экспедициям; берг-заводам и т. д.
Разделение на департаменты Сената усилило власть генерал-прокурора. Теперь он стал руководить целой коллегией обер-прокуроров, состоявших при каждом департаменте. Генерал-прокурор становился основным докладчиком от Сената перед императрицей. Он объявлял в Общем собрании Сената все высочайшие повеления и каждую неделю представлял Екатерине.
Екатерина II, вступив на престол, не проявила открытой враждебности к Петру III. Причина в том, что многие начинания бывшего супруга вошли в число приоритетов самой Екатерины. Кроме одного – ликвидация Петром III Канцелярии тайных и розыскных дел, с 1731 г. ставшей преемницей наводившей ужас Тайной канцелярии, учрежденной в 1718 г. и имевшей те же задачи, что и петровский Преображенский приказ во главе с князем И. Ф. Ромодановским, но подчинявшейся непосредственно царю, который нередко присутствовал при допросах и пытках политических преступников. Располагалась Тайная канцелярия в Петропавловской крепости в Петербурге и в Константино-Еленинской башне Московского Кремля (рядом со Спасской башней на Васильевском спуске). В ее ведении находилось в том числе и дело царевича Алексея Петровича. После роспуска Тайной канцелярии в 1726 году она возобновила работу уже как Канцелярия тайных и розыскных дел в 1731 г. под руководством А. И. Ушакова. К компетенции канцелярии отнесено следствие по преступлению «первых двух пунктов» государственных преступлений (они означали «Слово и дело государево». 1-й пункт определял, «ежели кто каким измышлениям учнет мыслить на императорское здоровье злое дело или персону и честь злыми и вредительными словами поносить», а 2-й говорил «о бунте и измене»). Главным орудием следствия были пытки и допросы с пристрастием. Упразднена манифестом императора Петра III 1762 г., одновременно запрещен «Слово и дело государево».
Став царицей, Екатерина тихо, без указа, восстановила систему политического сыска. Преемником Тайной канцелярии стала Тайная экспедиция при Сенате – центральное государственное учреждение в Российской империи и высший орган политического надзора и розыска (1762–1801). Формально учреждение возглавлял генерал-прокурор Сената, однако фактически всеми делами ведал обер-секретарь С. И. Шешковский. Тайная экспедиция занималась расследованием заговора В. Мировича, осуществляла уголовное преследование А. Н. Радищева, курировала суд над Е. И. Пугачёвым. Пытки, запрещенные при Петре III, вновь вошли в широкое употребление. После воцарения Александра I функции Тайной экспедиции были перераспределены между первым и пятым сенатскими департаментами.
Шешковский явился весьма нужным человеком в первые годы царствования императрицы Екатерины II, когда возникло множество дел, требовавших услуг именно таких людей. Все это дало ему возможность вскоре сделаться известным самой императрице, которая и стала поручать ему производить розыски по важнейшим делам. Так, в 1763 г. он находился при допросе Арсения Мацеевича, производившемся в присутствии самой Екатерины, графа Орлова и генерал-прокурора Глебова. В следующем году он производил розыски по делу Мировича, и за выказанные им в этом деле заслуги был произведен в надворные советники. Продолжая числиться в 1-м департаменте правительствующего Сената, Шешковский, кажется, с самого возникновения Тайной экспедиции состоял при ней. Произведенный в 1767 г. в коллежские советники, Шешковский в то время уже занимал должность обер-секретаря правительствующего Сената и был вообще на виду, причем императрица Екатерина II настолько хорошо была осведомлена о его способностях и деятельности, что отзывалась о нем как о чиновнике, имеющем «особливый дар производить следственные дела», почему после поимки Пугачёва писала генерал-майору П. C. Потёмкину, что отправляет к нему в Москву Шешковского, «который особливый дар имеет с простыми людьми и всегда весьма удачно разбирал и до точности доводил труднейшие разбирательства». Отправившись в начале октября 1774 г. в Москву, Шешковский явился там князю Михаилу Никитичу Волконскому, тогдашнему губеранатору Москвы и одному из руководителей следствия над Е. И. Пугачёвым. Последний передал ему собственноручное письмо императрицы, заключавшее наставления к ведению предстоящего следствия. Как только привезли Пугачёва (5 ноября того же года) в Москву, Шешковский тотчас же приступил к делу. Работа осложнялась особенно тем, что императрица Екатерина II непременно требовала, чтобы Пугачёв был расспрошен «от дня рождения его» и чтобы было произведено в ясность и «досконально узнаны все кроющиеся плутни, от кого родились и кем производимы и вымышлены были». По свидетельству князя Волконского Шешковский «писал день и ночь злодеев историю», и в средине декабря следствие было окончено. Императрица осталась вполне довольна произведенным следствием, и главный следователь Шешковский за свои труды в награду был произведен 8 декабря 1775 г. в статские советники. По свидетельству современников Шешковский вместе со священником сопровождал Пугачёва к месту казни. Не успев отдохнуть от работы во время следствия по пугачевскому делу, Шешковский вскоре вынужден был снова приняться за следствие. На этот раз порученное ему для расследования дело хотя и не имело никакого политического интереса, но зато лично касалось Екатерины, а потому и считалось весьма важным. Оно заключалось в том, что в Петербурге стали появляться на императрицу карикатуры и пасквили. Шешковскому поручено было во что бы то ни стало разыскать их автора. В это время у Шешковского в руках перебывало несколько придворных дам, причем некоторые из них, как, например, фрейлина графиня А. А. Эльмпт и графиня Е. П. Бутурлина, были допрашиваемы с пристрастием. Затем Шешковскому было поручено «слегка телесно наказать» генерал-майоршу M. Д. Кожину и произвести розыски еще по некоторым делам, что еще более приблизило его к Екатерине II, и 1 января 1781 г. она пожаловала его в действительные статские советники и сделала почти независимым от генерал-прокурора. Из других известных дел конца царствования Екатерины II, которые поручались Шешковскому, была его командировка в 1784 г. в Москву для допроса Натальи Пассек, просившей императрицу выслушать от нее очень важное дело. Затем в 1788 г. он производил следствие по доносу на иркутского наместника Якобия. В этом деле Шешковский почему-то старался обвинить Якобия, и последний был оправдан лишь благодаря энергичному заступничеству Державина. Наконец, в 1789 г. он допрашивал А. Н. Радищева, в следующем году производил следствие по делу секретаря государственной Коллегии иностранных дел надворного советника Вальца, обвинявшегося в сношениях с иностранными министрами, а еще через год производил следствие по делу Новикова и студентов Невзорова и Колокольникова. Все эти дела давали возможность Шешковскому отличиться перед Екатериной II, и последняя щедро награждала его труды по Тайной экспедиции и пожаловала ему орден Св. Владимира 2-й степени, а в 1791 г. произвела в тайные советники. Последней для него наградой императрицы была пожалованная ему пенсия в 2000 рублей в год. Вообще положение Шешковского при дворе было настолько влиятельное, что многие высшие государственные сановники нередко заискивали перед ним, добивались его дружбы. Зато люди независимые или смелые относились к нему с нескрываемым презрением.
