Поэтому первоначальная опись проводилась не квалифицированно, по-дилетантски, лишь грамотная помощь нотариуса Христофора Тайдемана дала возможность судить о подлинном богатстве библиотеки. Вот как об этом пишет канадский ученый Валентин Босс: «Трудности возникали и по той причине, что книги были на многих иностранных языках — на 12 языках (если не считать и одну неопознанную книгу). Транскрибировались названия книг кириллицей, хотя русских книг было всего 34. Иногда транскрипция названий давалась фонетическая, а иногда делалась попытка перевести название книги. Каждый из четырех составителей каталога вносил свою долю профанации при работе над ним. Неспециалисты Богдан Аладин и капитан-лейтенант Гурьев начали работу первыми, и поэтому в списке шестисот томов библиотеки отсутствуют даты изданий. Христофор Тайдеман подошел к делу более добросовестно, и поэтому немецкие книги во второй половине описи обработаны наиболее полно». Можно добавить, что Академия наук получила не только книги из библиотеки Брюса, но и коллекцию редкостей и ценных вещей, которые Брюс собирал всю жизнь (картины, монеты, приборы, атрибуты восточных культов и многое другое).
Нотариус Христофор Тайдеман и писарь Иван Пухорт прибыли для составления каталога 31 июля. Окончательный вариант каталога насчитывал 98 листов машинописного текста, включал 1579 наименований книг и редких рукописей, географические курьезности, карты, образцы минералов и ботаники, а также астрономические и математические приборы. Этот каталог был действительно единственным документом такого рода в первой половине XVIII века. Каталог наглядно показывает не только широкий диапазон интересов Брюса во всей его полноте, но и пути, по которым учение Ньютона проникало в Россию и становилось научным достоянием.
Этот каталог оставался долгое время нерасшифрованным, частично по вине И. Е. Забелина, который описал только часть книжного собрания, а также по причине языковых несообразностей каталога. Но если бы такие ученые, как С. Е. Фель, Ю. X. Копелевич, В. Л. Ченакал, С. Л. Соболь, B. А. Воронцов-Вельяминов и другие, писавшие о Брюсе, даже знали, что каталог Забелина в 789 наименований является лишь частью значительно большего списка, то все равно они не смогли бы понять этот каталог, так как (отмечает C. Е. Фель) «названия книг не даются как текст, а в сильно сокращенном виде, дата издания не указывается, фамилия автора сообщается редко». Например, труды Ньютона, имевшиеся в собрании Брюса, упоминаются без имени автора и без года издания. Более бережно отнеслось академическое начальство к книгам на английском языке. Научные связи с Англией и в 1730-е годы были редки, да и английским языком в то время владело ограниченное число ученых Петербургской академии наук, поэтому английские книги были большой редкостью и сразу же попали в иностранный фонд библиотеки, где и находились в течение двух столетий. Собрание Якова Вилимовича хронологически охватывает конец XVII — первую четверть XVIII века. Сохраняя связи с Англией и после отставки, Брюс получал литературу до последних дней жизни. Он был единственным в России обладателем полного комплекта научного журнала «Философские труды», печатавшегося в Лондоне с 1666 года. Последний том этого журнала, имеющийся в собрании Брюса, датируется 1730 годом. Из книг, опубликованных в Англии в конце 20-х — начале 30-х годов XVIII века, в библиотеке были переводная книга Г. Бургаве «Элементы химии», «Искусство миниатюры» и «Школа рисунка», издания 1732–1733 годов, и многие другие. Даже художественную литературу Я. В. Брюс, по мнению Е. А. Савельевой, предпочитал иметь в своей библиотеке на английском языке. Примером служат «Басни» Эзопа и «Дон Кихот» Сервантеса.
Многие книги, независимо от языка, на котором они написаны, носят на себе следы работы над ними Я. В. Брюса. На изданиях по математике, физике, астрономии, точным наукам — это алгебраические выкладки, решения задач, расчеты, сделанные им для работы над инструментом, вроде подзорной трубы или оптических стекол, зеркал. На рецептурных справочниках он часто выписывал на форзац рецепты, которыми, по-видимому, пользовался сам. В ряде случаев попадается просто редакторская правка.
Если с книгами на иностранных языках в сохранившейся части библиотеки дело обстоит более или менее благополучно, то судьба книг на русском языке оказалась просто печальной. По описям в составе библиотеки числилось 38 единиц русских изданий. В настоящее время удалось обнаружить лишь пять, которые с уверенностью можно отнести к этому собранию. Три из них — «Земноводного круга краткое описание» И. Гюбнера, «Новейшее основание и практика артиллерии» Э. Брауна (М., 1709) и «Сокращение математическое» Я. Германа и Ж. Н. Делиля (СПб., 1728) — напечатаны гражданским шрифтом. Три издания напечатаны кириллицей: «Таблицы логарифмов» (М., 1703), «Торжественные врата» (М., 1703) и Новый Завет на голландском и русском языках. Голландский текст был напечатан в Гааге, русский в Санкт-Петербурге в 1717 году. Интересно, что и в последней книге, в русской части текста, имеется правка Брюса.
Анализ библиотеки основан на двух самых авторитетных исследованиях — С. П. Луппова и Е. А. Савельевой. Именно их трудами установлено, что книги в собрании изданы на четырнадцати языках.
Библиотека Брюса носит универсальный характер. Пожалуй, нет ни одной научной дисциплины, по которой у Брюса не было бы книг. Явно преобладает научная литература. Обращает внимание большое количество книг по физико-математическим наукам (233), медицине (116), геологии и географии (71). Несомненный интерес Брюс проявлял и к военным наукам (91), особенно к артиллерии и фортификации.
Но Брюс был не только естествоиспытателем и военным. Гуманитарные науки, особенно история, философия, занимают немалое место в его библиотеке. В этой области Брюс, очевидно, был силен. Немало книг имелось у него по архитектуре, искусству и филологии (включая лексиконы).
Подавляющее большинство книг в библиотеке Брюса было на немецком, английском, голландском и латинском языках. На французском языке всего 25 книг. Брюс приобретал для себя книги, как правило, лишь на тех языках, которые были ему хорошо известны.
Какие же именно книги находились в библиотеке Брюса? Прежде всего книги по всем разделам математики: арифметике, алгебре, геометрии (в том числе и стереометрии), тригонометрии. Среди них есть учебные курсы (например, «Математика для отроков» Штурма на латыни) и литература о практическом применении математики, тригонометрические таблицы (например, Хр. Вольфа, издания 1711 года), переводы самого Брюса.
Довольно разнообразна и астрономическая литература. Здесь и «Космография» С. Мюнстера (Базель, 1550), «Каталог звездам восточным» Эдмунда Галлея и его же «Описание прохождения лунной тени через Англию во время солнечных затмений 1724 и 1725 годов», «Известия о кометах» К. Нотингеля (1665), целый ряд изданных в Гданьске на латинском языке произведений польского астронома XVII века Яна Гевелия (например, «Космогеография», 1668), «Защищенный Коперник» Иоганна Вилкина (Лейпциг, 1703).
