Разнообразно представлена в библиотеке Брюса историческая литература. Имелись классики древности: Плутарх, Тит Ливий, Корнелий, Тацит, Иосиф Флавий (в основном в переводах на немецкий и английский языки), а также крупнейшие историки XVII века, например Самуэль Пуффендорф. Среди исторических книг Брюса мы встречаем «Курсы всеобщей истории», «Всеобщая история» Вильгельма на латинском языке, изданная в Берлине в 1682 году, «Полная история европейская», изданная в Лондоне в 1711 году, истории отдельных стран, монографии, посвященные различным историческим событиям: «Описание войны в Италии» (1702), «Историческое известие о смятениях в Польше» (1710), исторические лексиконы.
В библиотеке Брюса имелось много всевозможных хроник и летописцев: «Турецкая хроника» (1640), «Польская хроника» (1701), «Английская хронология» (1665), «Краткий китайский летописец» (1696), а также биографической литературы: жития (описания жизни) Карла XII (1702), Карла Густава (1697), Тамерлана (1723), Сципиона Африканского (1690), Марка Брута (1700), Александра Македонского (сочинение Квинта Курция), Петра Великого (Лейпциг, 1725). Две исторические книги были на русском языке: «Степенная книга» (рукопись) и «Синопсис…» (не указано, печатная книга или рукопись).
Среди книг по истории имелись и многотомные издания, например упомянутое «Житие шведского короля Карла XII» в девяти томах. Характер интересов Брюса отражает литература по нумизматике: «Книга о монетах» Патина (1675), «Руководство к познанию монет» (1718), «Известия о польских и прусских монетах» (1722).
Политическая литература в библиотеке Брюса была немногочисленной, однако среди этих книг имеется знаменитое сочинение Н. Макиавелли «Князь» (1699), а также «Правда воли монаршей…» Ф. Прокоповича (М., 1722). Другие книги были связаны с практической русской дипломатией: известное «Рассуждение…» П. Шафирова о причинах шведской войны на русском языке (не ясно, какое издание), «Трактат между Российскою империею и султаном Эшрефом» (СПб., 1729), «Ключ к Ништадтскому миру» (1722).
Несомненно, обширнее была литература по философии. Здесь встречаются труды и древних философов (Гераклита, Демокрита, Лукреция Кара), и крупнейших философов XVI–XVIII веков: Рене Декарта (в четырех томах), Фрэнсиса Бэкона (в трех томах), Джона Локка («Опыт о человеческом разуме», изданный в Лондоне в 1700 году), Роберта Бойля (в трех томах), Хр. Вольфа. Таким образом, Брюс был знаком с важнейшими философскими направлениями своего времени. В библиотеке его имелся ряд книг также по логике и психологии.
По филологии имелось в библиотеке два вида изданий: многочисленные словари на всех языках и грамматики (латинская, немецкая, голландская, французская, английская, русская). Таким образом, по филологии Брюса интересовала литература, необходимая для переводов и изучения языков.
В небольшом количестве были книги по искусству и художественным ремеслам. Например: трактат Леонардо да Винчи «О художественном письме», две монографии «О знатнейших живописцах» (1710 и 1718 годов), «Книга об искусном золотарном и серебряном художестве» (1708) и «Книга о лаковом и олифовом художестве» (1707).
Интересовала Брюса литература по генеалогии и геральдике. Перечислим некоторые из этих книг: «Сокращенный каталог о дворянах и лордах в Англии» (1697), «Краткие вопросы из генеалогии» И. Гюбнера (1719), «Руководство о геральдике» В. Триера (Лейпциг, 1714), «Духовные и светские королевские ордена» X. Грифия (Берлин и Лейпциг, 1709), пять томов «Новоисправленной книги немецких гербов» (Нюрнберг, 1657), «Куриозная геральдика» Рудольфа (Франкфурт и Лейпциг, 1718).
Художественная литература в библиотеке Брюса была немногочисленна, однако состав ее не лишен интереса: произведения древних классиков (Овидия, Теренция, Эзопа, Гомера, Горация) чередовались с литературой XVI–XVII веков. Известное произведение Овидия «Метаморфозы», популярное в России в первой половине XVII века, имелось в библиотеке Брюса на голландском языке. Очень интересно наличие в библиотеке комедий Мольера на французском и немецком языках. Из других художественных произведений имелись вирши на различных языках (включая и финский: № 1217 — «Финская стиховая книга»).
Представляет несомненный интерес и литература под условной рубрикой «Прочие книги»: сюда вошли книги по садоводству, пиротехнике и фейерверкам, описания различных церемоний, литература о музыке и танцах, верховой езде. Наиболее многочисленны книги по садоводству, к которому Брюс, подобно Петру, проявлял большой интерес. Немало было работ и по домоводству: поваренные книги, «Разумная хозяйка» Миллингсдорфа (Нюрнберг, 1712), об устройстве погребов. Закономерен интерес Брюса к литературе о музеях. В его библиотеке имелись, например, «Описание саксонской Кунсткамеры» Г. Бетеля, «Описание натуральных вещей Иоганна Шейхцера».
По музыке, танцам, педагогике, сельскому хозяйству, верховой езде, охоте у Брюса имелись лишь единичные книги.
Подбор книг в целом очень хорош. По физико-математическим наукам, архитектуре, медицине, военным наукам литература была подобрана с большим знанием дела, причем Брюс был хорошо знаком с новейшей научной литературой.
Гуманитарные науки не были областью особого внимания Брюса. По числу исторических и философских книг библиотека Брюса была значительно беднее библиотеки его современника Д. М. Голицына, который специально подбирал книги по этим областям знания. Но и тут Брюс обнаруживает и знание предмета, и хороший вкус: в его библиотеке имелись классические исторические и философские произведения. Что же касается политической литературы, то кроме «Князя» Макиавелли мы не находим у него других известных политических трактатов.
Особое внимание в библиотеке Брюса следует обратить на книги, связанные с оккультными и герметическими знаниями. Эта часть библиотеки Я. В. Брюса практически не освещена ни российскими, ни советскими исследователями, писавшими об истории науки и просвещения в России. Обычно исследователи ограничивались краткими упоминаниями о наличии таких книг в библиотеке Брюса либо вообще умалчивали о них. Остановиться на этой теме необходимо, поскольку одной из основных легенд о Якове Брюсе является легенда о Черной книге, которой якобы он владел. Это порождало суеверный страх при одном только упоминании его имени. Черную книгу, которая на самом деле не что иное, как очередная выдумка обывателей, искали в усадьбе, где Брюс жил последние восемь лет жизни, на Сухаревой башне, в доме на Разгуляе и в других местах. А в одной из легенд «Проклятый дом» повествуется о том, как князь Хилков овладел такой книгой Брюса и пытался раскрыть ее секрет. Естественно, подобные издания искали в библиотеке Я. В. Брюса. Так, побывавшая в 1992 году во время съемок телепередачи в музее Я. В. Брюса президент Лиги независимых астрологов К. А. Дилонян, познакомившись с частью списка, что называется, навскидку, заявила, что в нем около ста книг мистического характера или по герметическим и оккультным наукам.