Потери русских составили 6–8 человек (в том числе 3 матроса с «Невы») и более двух десятков раненых, включая самого Баранова и лейтенанта Повалишина.
Вторичное завоевание крепости на Ситке имело для РАК большое значение. Основание Ново-Архангельска помогло закрепить за Россией район архипелага Александра и продолжить там промысловую деятельность байдарочных флотилий РАК Уже через несколько лет новая крепость превратилась в административный центр Русской Америки. Так что совсем неслучайно за взятие Ситки А. А. Баранов по ходатайству графа Н. П. Румянцева получил в 1806 г. награду от императора — орден Св. Анны 2-й степени.
Впоследствии в честь А. А. Баранова о. Ситка был переименован в о. Баранова В память А. А. Баранова названы также гора и мыс на побережье Сахалина в районе Татарского пролива, 10 ноября «Нева» покинула Ситку и 15 ноября стала на зимовку в Павловской гавани о. Кадьяк. 13 июня 1805 г., приняв на борт меха рыси, речных бобров и другую пушнину, «Нева» вышла из Павловской гавани и 22 июня снова подошла к Ново-Архангельску. Приняв там дополнительно пушнину, в основном меха каланов, Лисянский 2 сентября отплыл в китайский порт Кантон.
Во время нахождения в водах Русской Америки Ю. Ф. Лисянский при первой возможности производил опись островов и побережья. Во время зимовки на Кадьяке Лисянский вместе со своим штурманом Даниилом Калининым описал всю группу островов Кадьяк, составил подробный план Чиниатского залива на о. Кадьяк с гаванями Павловской и Трех Святителей.
Он описал растительный и животный мир острова, а также прибрежных вод. Вот как он, например, описывал рыбное семейство: «Кадьяк изобилует также белой и красной рыбой. К первому роду принадлежат палтус, треска, калага, терпуг, камбала, гольцы, окуни, вахня, сельди и уйки, а ко второму: чавыча, семга, кижуч, хайко, красная горбуша и красные гольцы. Речки с мая по октябрь наполнены красной рыбой, так что ее в короткое время можно наловить руками несколько сотен. Иногда случается, что она стоит кучами от самого дна до поверхности воды, как будто бы в чану, и тогда дикие звери, а особенно медведи, питаются одними только их головами. Они заходят в воду и ловят рыбу лапами с удивительным проворством Но всего забавнее видеть, когда эти животные, оторвав только мозговую часть головы, бросают остатки на берег. Близ кадьякских берегов водятся во множестве киты, касатки, нерпы и сивучи. Несколько лет назад попадались поблизости морские бобры, но теперь они отошли довольно далеко в море, а серые котики и совсем перевелись. Кроме этого весной повсюду ловятся круглые раки [речь, скорее всего, идет о крабах. — Авт.]; они имеют вид расплющенного паука и с моря в губы идут всегда, сцепившись попарно» [22, с 396].
Об взаимоотношениях кадьякцев с представителями РАК Ю. Ф. Лисянский писал правдиво и нелицеприятно: «Кадьяк и окружающие его острова управляются чиновниками Компании [РАК. — Авт.] Все природные жители находятся в ведении Кадьякской конторы…Все кадьякцы считаются теперь русскими подданными. Компания при их помощи не только запасает себе и своим служащим, которых насчитывается до тысячи человек, съестные припасы на целую зиму, но и употребляет их на другие работы. Из них составляются партии для ловли морских бобров, они промышляют лисиц, нерп, птиц и еврашек [суслики из семейства беличьих. — Авт.] одним словом, они такие работники, каких в других местах невозможно найти.
Кадъякцы исполняют приказания Компании с величайшим послушанием и бывают довольны тем, что она за их труды заблагорассудит положить. Кроме бисера, табака и других европейских мелочей им платится за промысел птичьими, еврашечьими и тарбаганьими парками. Этот торг самый выгодный для Компании, так как не стоит почти никаких издержек Материал, из которого женщины шьют разное платье, добывается самими обывателями по наряду и отдается в кладовые, откуда потом они сами же его и покупают. В награду за свои труды швеи получают только иголки, которые остаются у них от работы, а тойонши нередко по пачке табаку» [22, с. 405]. Ю. Ф. Лисянский порицает РАК за подобные действия и предлагает ряд мер для облегчения жизни кадьякцев.
В 1805 г. Лисянский описал Ситкинский залив с прилегающими берегами. Долготы при этом определялись по лунным расстояниям, время при этом «перевозилось» на трех хронометрах. Д. Калинин открыл в этом регионе два небольших острова, которым были даны имена адмиралов Василия Яковлевича Чичагова и Александра Ивановича Круза — видных российских флотоводцев второй половины XVIII в. Во время всех этих описей Лисянский проплавал на трехлючной байдаре (один гребец впереди, другой сзади и пассажир в середине) более 400 верст и уверял, что он никогда не знал лучшего гребного судна: «Здешние лодки делаются из легкого дерева, называемого чагой, которое растет южнее Ситки и иногда выбрасывается поблизости волнами. Хотя лодки эти однодеревки, однако же некоторые из них могут вмещать до 60 человек. Я видел несколько таких лодок, длиной около 45 футов [13,5 м], обыкновенные же имеют около 30 футов [9 м] Посредине их вставляются тонкие перекладины, служащие для распора Они удивительно ходкие, хотя весла у них невелики. Самые меньшие употребляются для промыслов, а большие — для перевоза семей или во время войны» [22, с 418].
Он описал природу и самих жителей островов Ситкинских, условия их жизни, нравы и обычаи, которые были во многом сходны с обычаями кадьякцев.
В сентябре 1805 г. «Надежда» была подготовлена для следования в Кантон и далее на родину. В первую очередь были проведены работы по ремонту и замене, где необходимо, корабельного такелажа, починены водяные бочки, добавлено 6000 пудов балласта, пополнены по возможности запасы продовольствия. Из провизии, заготовленной для экспедиции в Охотске и доставленной оттуда в Петропавловск, Крузенштерн принял весьма малую часть: на три месяца солонины, на четыре месяца сухарей и несколько пудов коровьего масла. Правда, качество этих продуктов было явно неудовлетворительно. Солонину сохраняли с трудом всего шесть недель. В Кантоне вынуждены были выбросить всю ее в море. И бочки были худы, и приготовляли ее в Охотске плохо. Охотские сухари также не могли сохраняться в течение длительного времени, так как упаковывались там в кожаные мешки, а не в бочки. Хорошо, что благодаря помощи брата губернатора поручика Кошелева шесть быков для дальнейшей погрузки на «Надежду» были пригнаны заблаговременно из Верхнекамчатска и они на тучных Петропавловских пастбищах поправились после тяжелого перегона Было приготовлено достаточно соленой и сушеной рыбы и несколько бочек черемши или дикого чеснока. Сухари, приготовленные в Петропавловске, оказались весьма кстати, т. к. они заменили некачественные охотские. «Надежду» обильно снабдили картофелем и другими огородными овощами.