При нём в Академии были образованы Военно-научное общество, Восточное отделение, Опытная психологическая лаборатория. Последняя — уникальное образование: использовались, по сути, новые методы — генетический, психопатологический, экспериментально-психологический, исследовались проблемы воли, внушения и воздействия, такие неопределённые понятия, как моральное состояние, дух армии, настроение войск.
Начиная с весны 1918 года не уставали полыхать поля Гражданской войны. От Чёрного до Белого моря, от Каспия до Балтики, от Волги до Днепра, от Дальнего Востока до западных границ шли в атаки и контратаки солдатские цепи, наступали и отступали армии, гремели пушки, громыхали бронепоезда, мчались конные лавы.
Весной 1920 года устремились в широкое наступление поляки, вознамерясь захватить земли, которые им принадлежали до первого раздела Польши. Реввоенсовет образовал особую — под председательством Брусилова — комиссию, ей надлежало ни много ни мало продумать, проработать, предложить, каким образом возможно победить. В июне 1920 года Ленин подписал декрет об освобождении от ответственности всех бывших офицеров, которые находились в белогвардейских армиях, при условии их перехода в ряды Красной армии. Брусилов через журнал «Военное дело» обратился с воззванием ко всем бывшим офицерам забыть все обиды, вступить в Красную армию и не допустить расхищения России.
Здесь уместно вспомнить, что был приказ с другой стороны, подписанный менее года назад в Екатеринодаре командующим Добровольческой армией Деникиным: «К стыду и позору русского офицерства, много офицеров, даже в высоких чинах, служат в рядах красной армии. Объявляю, что никакие мотивы не будут служить оправданием этого поступка… Всех, кто не оставит безотлагательно ряды красной армии, ждёт проклятие народное и полевой суд Русской Армии — суровый и беспощадный».
Белые, красные — всё одно кровь. Человеческая кровь. Братская кровь Гражданской войны, начатой, конечно же, не в двадцатом веке, а тысячелетиями раньше. Тут невольно приходят на память слова поэта Волошина: «Гражданская война развивает в людях истинное братство — в древнейшем смысле этого слова: братство Каина и Авеля».
В начале 1920 года в Академии было создано восточное отделение, должное готовить работников Генштаба для дипломатической работы за границей, а также в республиках Средней Азии и на Дальнем Востоке; немалые часы отводились на изучение языков: персидского, арабского, турецкого, китайского, японского; изучались также история, экономика, статистика, история международных отношений.
При Всероссийском Главном штабе учреждена Комиссия для исследования и использования опыта Первой мировой войны, в разговорном обиходе именуемая Исторической комиссией; по пятницам в доме № 14 по Пречистенке (в годы советской власти — улица Кропоткина) собирались её члены — АА. Свечин, А.Е. Снесарев, И.И. Вацетис, А.А. Незнамов, С.Г. Лукирский, и при любой погоде оживлённо обсуждались вопросы военного дела. Среди существеннейших тогда: какою должна быть Красная армия — милиционной или регулярной? Снесарев и Свечин настаивали на регулярной, Троцкий — на милиционной. На страницах «Военного дела» метались полемические копья.
При Академии Генштаба под председательством её начальника утверждена Главная военно-научная редакция, без одобрения которой ни одна типография не могла печатать военных трудов — учебников, исследований, руководств, пособий, «ратной» беллетристики. По постановлению редакции было принято издание Военно-энциклопедического словаря (председатель редакционной коллегии — А.Е. Снесарев).
Под эгидой Академии — также Военно-историческая комиссия, журнал «Военное дело» и Временная комиссия по устройству военных библиотек: бои — боями, а книги — книгами, их надо сохранить для будущих поколений.
По приказу Реввоенсовета в 1920 году был создан Высший академический военно-педагогический совет: председатель С.С. Каменев, члены: А.Е. Снесарев, Е.К. Смысловский, В.Ф. Новицкий, Г.Ф. Гирс, С.Г. Лукирский, А.А. Незнамов, В.И. Моторный. На первом его заседании Снесарев развивал идею необходимого соразмерного взаимодействия сухопутных, воздушных и морских сил; также был рассмотрен вопрос о военном факультете Туркестанского государственного университета.
Ещё в ноябре 1918 года было принято решение о Туркестанском государственном университете. Весной 1920 года в Ташкент прибыл эшелон с преподавателями, оборудованием и литературой. Осенью начались занятия на семи факультетах. В это время Туркестану, который не обошла Гражданская война, позарез требовались командные кадры. Командирам были нужны знания военные, и особенно знания местных условий и условий сопредельных стран. Требовался ещё один факультет — военный. Идею поддержали Туркестанский и Московский университеты, Фрунзе, командующий туркестанскими войсками, и Снесарев, начальник Академии Генштаба, высказались положительно. Было создано организационное бюро под председательством Снесарева. Военный факультет просуществовал до середины 1922 года.
На базе Лазаревского института в двадцатом году создается Центральный институт живых восточных языков, задача которого — «дать по возможности лицам, готовящимся к практической деятельности на Востоке или в связи с Востоком в любой области… необходимые для них навыки, востоковедные знания и пройти систематическую школу востоковедения» на четырёх отделениях: Дальнего Востока, Ближнего Востока, Среднего Востока, языков и наречий Кавказа и Закавказья. Для тех, кто не имел образования и не владел свободно русской речью, тогда же учреждён Коммунистический университет трудящихся Востока (КУТВ).
Осенью 1921 года был издан новый декрет и новое положение об Институте востоковедения. Новое название института предполагало более широкий подход к изучению Востока: его стран, его народов и их языков; оно указывало, что основой учебной и учёной деятельности института должно стать изучение живого Востока, а не живых восточных языков самих по себе, разумеется, тоже необходимых при всестороннем познании восточных стран. Требовались выпускники, изучившие политический и экономический строй определённой восточной страны, теоретически и практически усвоившие восточный и один из западных языков с тем, чтобы выполнить серьёзные и трудные политические и экономические задачи, которые предстояло решать в странах Востока. Ближневосточный факультет — изучение Турции, Персии, арабских стран; Средневосточный — Индия и Афганистан; Дальневосточный — Япония и Китай. Институт размещался, как и Лазаревский, по Армянскому переулку, в доме, где при Временном правительстве шумно угнездилась «Дикая дивизия».
