В 1859 году Ренан по поручению Академии надписей отправился с научной целью в Италию, где успел собрать значительные материалы по вопросу о влиянии греко-арабской философии на итальянских схоластиков и на систему философского преподавания в Падуанском университете до XVII века. По-видимому, молодой ученый до такой степени был увлечен своими специальными изысканиями, что не мог как следует наслаждаться новыми для него впечатлениями от этой прекрасной страны, ее роскошной природой, чудными памятниками средневековой архитектуры и великолепными картинными галереями. По крайней мере об этом нет ни слова в его юношеских воспоминаниях, тогда как о поездке его в 1875 году на конгресс в Палермо имеется довольно подробный отчет, напечатанный в сборнике под заглавием «Mélanges d'histoire et de voyages». В 1851 году, по возвращении в Париж, он был назначен управляющим Национальной библиотеки по отделу рукописей и, достигнув наконец некоторой материальной обеспеченности, поселился в скромной квартире на улице Val-de-Grâce со своей старшей сестрой Генриеттой. Кажется, можно вполне верить Ренану, что эта явившаяся для него светлым путеводным маяком в самые трудные и опасные минуты жизни женщина отличалась действительно необыкновенным умом. Она очень успешно подготовила когда-то своего маленького брата в духовный коллеж, затем, после того как он убедился в необходимости оставить духовную карьеру, она горячо поддержала его и добрым словом, и денежной помощью, хотя, занимая в то время скромное место гувернантки где-то в Польше, не могла сделать особенно крупных сбережений. Кстати здесь заметим, что и со старшим братом своим Алленом, человеком очень способным и энергичным, Ренан был связан до последних его дней сердечной братской дружбой. Значительный литературный успех, вскоре выпавший на долю Ренана, принес ему, кроме славы и некоторого достатка, еще возможность приютить под своей кровлей не только любимую сестру, но и престарелую больную мать, которая в конце концов примирилась с отказом сына от духовной карьеры, убедившись, что его нравственная личность при этом нисколько не пострадала и что он, сбросив рясу, остался, в сущности, служителем своего Бога. Конечно, она не могла вполне оценить воззрений своего сына, но тем не менее по-своему, как мать, прекрасно его понимала. В уединенной комнате, куда лишь изредка долетал глухой шум парижского движения и сквозь полузавешенное окно едва проникал мерцающий отблеск уличных фонарей, старушка рассказывала по вечерам великому писателю чудные бретонские предания и делилась с ним своими воспоминаниями о давно схороненных друзьях. Несмотря на тяжкие страдания, до последних дней она сохранила свою врожденную живость и веселость. За несколько часов до смерти она еще шутила.
В 1852 году вышло капитальное историческое исследование Ренана под заглавием «Аверроэс и аверроизм», имевшее крупный и вполне заслуженный успех. Оно посвящено малоисследованному и очень трудному вопросу о судьбах греко-арабской философии с момента возникновения ее в ХII веке. В этом случае Ренану пришлось потратить немало времени на розыски неизданных документов, хранящихся в итальянских и отчасти парижских архивах и библиотеках. Кроме работ Мунка и Горо, посвященных этому же предмету, у него не было почти никаких иных пособий. Но знание арабского языка и ценные указания таких известных ученых, как проф. Кузен и Виктор Леклер, в значительной степени способствовали успеху его труда, основанного почти сплошь на совершенно новых и самостоятельных изысканиях. В это время Ренан особенно увлекался историческим методом, которому он придавал вообще громадное значение в развитии науки. В предисловии к своему труду он говорит, что «история есть необходимая форма познания всего, что подчинено всеобщему закону наследственности и развития». А что же так или иначе этому закону не подчинено? С этой точки зрения философия сводится, в сущности, к истории господствовавших в различные эпохи философских учений. Средние века являются моментом наибольшего упадка науки и рационализма, а печальная участь греко-арабской философии в XII веке особенно заинтересовала Ренана уже потому, что это был один из самых ранних и крупных эпизодов вековой борьбы духа исследования со всеобщим суеверием и невежеством, – борьбы, которая еще не завершилась и в наши дни… Как известно, аверроизм явился, в сущности, смелой попыткой перенести в средневековый мир древнегреческую философию. Основатель этой школы, живший в XII веке арабский ученый Ибн Рошд, известный больше под именем Аверроэса (родился в 1126, умер в 1198 году), был приверженцем Галена и последователем Аристотеля, к учению которого он составил отличные комментарии. В своей полемике с Аль-Газали он старается примирить свое философское миросозерцание с Кораном. Напрасная надежда! XII век не мог осуществить великой мечты всех благороднейших умов и примирить разум и веру. Недаром следы застарелой вражды еще и поныне существуют. Вскоре под влиянием народного фанатизма греко-арабская философия бесследно исчезает из всех мусульманских школ. Ислам не мог ужиться даже с тенью науки, которая казалась столь чуждой и ненужной вообще мечтательным необузданным арабам.
Аверроэс являет нам тип мудреца, непонятого темной фанатической толпой и великого в своем ужасном, безысходном одиночестве.
А между тем арабская философия в XII веке стояла гораздо выше европейской. Греческая наука играла в Средние века такую же роль у арабов и персов-cасанидов, какую современная наука играет на Востоке; она могла бы повлиять на людей и учреждения того времени, если бы не встретила непреодолимого препятствия в исламе. По мнению Ренана, это бесследное исчезновение целой великой философской системы является чуть ли не единственным примером в истории. Средневековая католическая церковь тоже враждебно относилась к науке и ученым, беспощадно сжигая на кострах одних великих мыслителей, как, например, Джордано Бруно, и угрожая смертью другим, например, Галилею, но эта нетерпимость коренилась лишь в сердцах фанатиков, а не в духе христианства, и оттого среди европейских народов истинное просвещение, хотя и медленно и с большим трудом, все же шло вперед. Ренан подробно выясняет, каким образом аверроизм проник в средневековые школы, и указывает на выдающуюся роль в этом отношении ученого-талмудиста Моисея Маймонида, пользовавшегося громадным авторитетом в средневековой литературе. Особые отделы книги посвящены обстоятельному исследованию судеб аверроизма среди евреев, среди схоластиков в Парижском и Падуанском университетах, указаны первые переводы Аверроэса и значение для его учения падуанской философской школы, свято хранившей традиции Аристотеля и схоластические принципы до середины XVII века. Кроме того, не оставлено без внимания и влияние аверроизма на средневековое искусство и на медицину, в которой образовалась благодаря Аверроэсу даже самостоятельная школа с Пьетро д'Абано во главе. Наконец, очень подробно разобраны и возражения против авверроизма, сделанные школой платоников и гуманистами, особенно известным Пико делла Мирандола.