Отношения между ними накалились еще более, после того как один из приверженцев Ляпунова, тушинский боярин Матвей Плещеев, учинил самосуд над 28 казаками, уличенными в грабеже, приказав утопить их. К тому же в руках у казаков оказалась грамота, умело подброшенная лазутчиками Гонсевского и якобы подписанная Ляпуновым, в которой они объявлялись разбойниками, врагами Русского государства.
«Приговором» и последующими действиями Ляпунов бросил открытый вызов казакам. Он не хотел считаться с тем, что люди, вкусившие свободу и взявшие в руки оружие, послушно не сложат его, что они не откажутся от воли, не будут слепо подчиняться дворянину-диктатору. 22 июля 1611 года казаки вызвали рязанского воеводу в свои «табор» для объяснений и «разнесли на саблях».
После гибели Ляпунова первое земское ополченке распалось. Большинство служилых дворян, вдоволь натерпевшись от казаков и боясь новых притеснений с их стороны, покинули его. Разошлись также земские рати северных и поволжских городов, в том числе и нижегородская.
С того времени Кузьма Минин, горячо боровшийся за единство рядов народных защитников, требовал сурового наказания для тех, кто вносил разлад в общее дело. В далеком Мугреево с болью в сердце воспринимал залечивающий раны Дмитрий Пожарский вести о распаде ополчения, для организации которого он так много сделал и с которым связывал надежды на скорейшее освобождение Русского государства от иноземных захватчиков.
Наряду с классовыми разногласиями на распад ополчения повлияло намерение Ляпунова, который после смерти князя Михаила Скопина-Шуйского не видел в боярской среде достойного кандидата в цари, просить на русский престол шведского королевича. Заруцкий же, как и Трубецкой, хотел видеть на нем «Маринкина сына», «воренка». Они присягнули сыну Марины Мнишек, в котором, как они считали, текла царская кровь. С распадом ополчений руководящая роль под Москвой перешла к предводителям казачьих «таборов».
Вскоре верховодить единолично стал донской атаман Иван Заруцкий, слабовольный Дмитрий Трубецкой подпал под его влияние. Оставшиеся под Москвой ополченцы были бессильны очистить столицу от интервентов. Они рассылали грамоты по городам, призывая на помощь ратных людей, требовали присылки в казну «пороха и шуб». Но казаки Заруцкого доверия не внушали и объединить народные силы не могли.
После неудачного штурма Китай-города в июне 1611 года Заруцкого и Трубецкого не покидала мысль выбить поляков из Москвы. В июле 1611 года подмосковные казачьи полки вместе с подошедшими из Казани и Свияжска отрядами дворян, стрельцов и поволжских народов — татар, мордвин, чувашей и черемисов (марийцев) — штурмуют Новодевичий монастырь и, неся незначительные потери, занимают его. Казачье войско теперь удерживало в своих руках весь Белый город, не пуская туда поляков. Для перекрытия дорог были поставлены острожки (деревянные укрепленные городки), рогатки и сооружены шанцы.
Казачество в своей массе было «черным людом», все помыслы которого направлялись на освобождение страны от иностранных захватчиков. Не случайно летописец писал о казачьих отрядах, оставшихся под столицей: «Стояли под Москвою таборы очищения ради града Москвы от королевских людей». А Дмитрий Пожарский уже после изгнания поляков из Москвы признавал, что казаки «над польскими людьми… промышляли всяким промыслом и тесноту им чинили, и на многих боях с ними бились, не щадя голов своих».
Развал ополчения улучшил положение осажденного гарнизона. Отряды Яна Сапеги, Лисовского и Ходкевича стали легко пробиваться к осажденным и доставлять им провиант. Гонсевский таким путем стал получать и подкрепления. Особую активность проявлял Сапега, захвативший в июле — августе Переяславль, Александровскую слободу и вернувшийся с награбленным добром в Москву.
Тяжелое положение Российского государства усугублялось шведской интервенцией. Воспользовавшись поражением царского войска под Клушино, шведы стали прибирать к рукам новгородские земли. После упорных боев им удалось захватить 2 марта 1611 года Корелу, которая защищалась всю зиму и была занята интервентами лишь тогда, когда от защитников в городе осталась в живых только сотня. Но под Ладогой и дважды под Орешком шведы потерпели поражение. Сорвались и планы захвата Северной Карелии. Ни Кола, ни Соловецкий монастырь не сдались неприятелю. Население северных земель развернуло партизанскую войну против шведов, уходило в леса, прятало продовольствие. Народные мстители переносили боевые действия даже на территорию противника.
Однако летом 1611 года интервенты достигли большого успеха, захватив Новгород Великий. Шведские правящие круги давно вынашивали планы оторвать от Руси богатую Новгородскую землю и превратить ее в зависимое от Швеции вассальное государство. Еще в марте 1611 года наемные отряды Якова Делагарди, предавшие в бою под Клушино русских союзников, расположились у Хутынского монастыря в семи километрах от города. Хотя новгородцы и отказались сдаться, они проявили большую беспечность, не приняв энергичных мер для организации обороны. В городе не было согласия между воеводами, между ратниками и посадскими людьми.
Шведский король обратился в Великий Новгород с универсалом, предлагая свою защиту от поляков. Весной 1611 года в город прибыли посланцы Прокопия Ляпунова, который решил вновь заключить союзнический договор со шведами против Речи Посполитой. Во время переговоров шведы предложили своего королевича на русский престол. Такие переговоры вдобавок ко всему дезориентировали новгородцев.
8 июля Делагарди послал свои войска на штурм города. Новгородцы штурм отбили, но через неделю были захвачены врасплох. 16 июля изменник Иван Шваль, холоп одного из новгородских помещиков ввел врага в город через Чудинцовские ворота. Воевода В. Бутурлин, не принимая боя, со своим отрядом поспешно бежал на города. Сопротивление оказали лишь отдельные отряды стрельцов и казаков. Они отклонили все предложения о сдаче и предпочли плену смерть в бою. Погиб и известный казачий атаман Тимофей Шаров — участник восстания Болотникова и похода Скопина-Шуйского. Упорно сражался с интервентами протопоп Софийского собора Аммос. Он затворился на своем дворе вместе с другими новгородцами и стойко отражал натиск шведов. Тогда наемники подожгли двор протопопа. Аммос и его товарищи погибли в огне, но не сдались.
Одна из самых мощных крепостей Руси — Новгородский кремль был сдан Делагарди митрополитом Исидором и князем И. Одоевским. Вскоре новгородские власти были вынуждены подписать договор, фактически отторгавший северные земли от Русского государства: территория, которая именовалась теперь княжеством Новгородским, отдавалась под покровительство шведского короля, и с ним заключался союз против Польши. Шведский король объявлялся «покровителем».
