Его любопытство к космологическим вопросам усилилось благодаря одному странному явлению, которое он в ноябре 1680 года увидел в ночном небе. Объект возник перед самым восходом и затем, направляясь к Солнцу, постепенно исчез из вида. То была комета. В декабре, ранним вечером, появилась еще одна, и двигалась она не к Солнцу, а от него. Более того, у нее имелся светящийся «хвост», который зрительно был вчетверо шире Солнца. Королевский астроном Джон Флемстид писал другу: «Полагаю, едва ли когда-либо наблюдали более крупную».
Ньютон пустился по следу декабрьского феномена. Он начал собирать информацию о его перемещении, с особым интересом наблюдая за «хвостом». Вначале ему приходилось приставлять к глазу вогнутую линзу, чтобы скорректировать свою близорукость, но, когда комета, удаляясь, стала видна менее отчетливо, он переключился на телескоп. Он наблюдал за ней, пока 9 марта она не исчезла. Его настолько заинтересовал этот объект, что он принялся собирать отчеты астрономов со всей Европы и даже новости с берегов реки Патаксент, что в американском штате Мэриленд: там также видели это небесное тело. Один из его коллег по Грешему, эмигрировавший в эти места, писал ему, что комета «имеет форму меча, вздымающегося над горизонтом». Эта охота побудила Ньютона приступить к сооружению отражательного телескопа гораздо более впечатляющих размеров, чем прежний. Он не закончил работу, однако вся эта история с кометой предоставила ему массу нового материала для размышлений.
Большинство наблюдателей считали, что стали свидетелями прохождения двух комет, однако Джон Флемстид твердо верил, что это – два появления одного и того же небесного тела, движущегося вокруг Солнца. Он сообщил свою теорию Ньютону, который поначалу отверг эту идею – а точнее, отверг рассуждения Флемстида о магнитных полюсах Солнца. По всей видимости, в ту пору Ньютон еще не разработал собственную теорию всемирного тяготения, но начал вычерчивать возможные траектории, проверять гипотезу, согласно которой эта комета действительно перемещалась по эллиптической орбите, а не стала каким-то одиночным и случайным вторжением из космического пространства. Он стал размышлять над тем, какие выводы можно сделать из подобных фактов, и его размышления принесли плоды уже в течение ближайших нескольких лет. Тогда же он создал теорию о «цели» комет. В первом издании Principia Mathematica он высказал идею о том, что светящийся «хвост» комет содержит жизненно необходимые вещества для «пополнения» жизни на Земле. Более того, во втором издании своего трактата он предположил, что сами кометы, как мы теперь бы выразились, дозаправляют топливом Солнце и звезды. Вероятно, это можно воспринимать как проявление оккультных сторон Ньютоновой научной мысли. Его записные книжки свидетельствуют, что в то время он по-прежнему усердно занимался алхимическими опытами.
Между тем он лишился присутствия своего соратника и помощника Джона Уикинса, делившего с ним жилище еще со студенческих дней. Двадцать лет они оставались близкими товарищами, но в 1683 году Уикинс вышел из состава членов Тринити, чтобы принять священнический «бенефиций» (приход) в сельской местности. После его отъезда они лишь однажды обменялись краткими письмами, не выражавшими особой теплоты и дружелюбия. Вполне возможно, они просто стали несовместимы друг с другом или же между ними возникли какие-то разногласия. Судя по всему, Ньютон посылал Уикинсу бесчисленные экземпляры Библии для раздачи окрестным беднякам, так что, по крайней мере, религиозное чувство их по-прежнему объединяло.
Место Уикинса занял многообещающий молодой ученый из грантемской школы, которую Ньютон сам некогда посещал. Молодого человека звали Хамфри Ньютон, и можно предположить, что они были родственниками, однако доказательств этого так и не удалось найти, да и сам юный Ньютон никогда не выражал притязаний на родство. Фамилия Ньютон не так уж редко встречалась в Линкольншире, так что это, скорее всего, просто совпадение. Хамфри проработал ассистентом и секретарем Ньютона пять лет и в этом качестве имел огромные возможности для наблюдения за своим работодателем. Позже в мемуарах он описывал его как человека «весьма мягкого, сдержанного и скромного, никогда не выказывавшего гнева, глубокомысленного, с лицом кротким, приятным и радушным». На других Ньютон производил совсем иное впечатление: Хамфри наверняка старался, не без удовольствия, представить идеализированный портрет. Он добавлял, что его хозяин ел и пил весьма умеренно, отличался чрезвычайной рассеянностью, а во время ученых занятий не ложился в постель до двух, а то и до трех часов ночи. Похоже, он спал не раздеваясь и, если его не остановить, мог выйти на улицу непричесанным и со спущенными чулками. В лаборатории постоянно горел огонь, хотя Хамфри Ньютон признаёт, что «не мог понять, для каких целей», – проявление благоразумной сдержанности со стороны помощника. Он пишет и о том, что за пять лет Ньютон при нем засмеялся лишь однажды – когда кто-то спросил его, какая польза от изучения Евклида. Впрочем, смысл этого смеха понятен.
В ту пору, когда Ньютон приближался к сорока годам, волосы у него уже поседели. Он винил в этом продолжительный контакт с ртутью во время своих экспериментов, хотя другие могли бы приписать это крайней усталости от постоянных трудов.
Самым важным заданием Хамфри стало переписывание одной великой научной работы Ньютона. Позже он вспоминал: «Я скопировал этот значительнейший труд перед тем, как его отдали в печать». Несомненно, он имел в виду Principia Mathematica, «значительнейшую» работу, замысел которой зародился у Ньютона через год после того, как Хамфри получил место его секретаря. Летом 1684 года астроном и натурфилософ Эдмонд Галлей отправился в Кембридж, чтобы расспросить Ньютона по поводу одной задачи. Она оказалась проблемой колоссальной важности. Ее решение совершенно переменило жизнь Ньютона.
Вначале 1687 года на одном из собраний Королевского научного общества Галлей вступил в спор с Кристофером Реном и Робертом Гуком по поводу динамики планет. Вопрос, который поставил Галлей, считался в то время очень важным, и звучал он так: может ли сила, заставляющая планеты вращаться вокруг Солнца, убывать обратно пропорционально квадрату расстояния между планетой и светилом? Услышав этот вопрос, Рен и Гук расхохотались. Закон «обратных квадратов» им был уже давно знаком. Гук утверждал, что именно он лежит в основе движения небесных тел, а Рен признался, что какое-то время сам хотел доказать его, но не смог. Затем Гук пообещал в течение двух месяцев представить собственное доказательство, но и ему это не удалось.