Еще один смертный грех не могли простить Скобелеву — увлечение славянофильским движением. Выдающийся полководец был дружен с Иваном Сергеевичем Аксаковым — теоретиком этого движения. Вскоре у Михаила Дмитриевича появилось еще одно прозвище — Славянский Гарибальди.
После того как Александр II был убит, на трон взошел Александр III, который тоже был увлечен славянофильством. Во время одного из торжественных и многолюдных банкетов Скобелев выступил с речью, которая очень возмутила всех западников, преклоняющихся перед «прогрессивной Европой». После этого выступления появилось четверостишье: «И вот — один не раб из всех вверху стоящих, один наш Скобелев смел правду вслух сказать. О язвах, издавна жизнь русскую мертвящих! О том, где корень зла — ив чем лекарств искать».
Над Славянским Гарибальди сгущались тучи. Михаил Дмитриевич сам предвидел свою близкую смерть. В последние месяцы жизни он стал очень раздражительным. В его разговоре нередко слышались пессимистические нотки. Необычно часто Михаил Дмитриевич заводил разговоры о недолговечности жизни. И неожиданно для всех стал продавать ценные бумаги, золотые украшения и недвижимость. Тогда же им было составлено завещание, по которому родовое имение Спасское должно было перейти в распоряжение инвалидов войн. В это же время среди писем, что приходили прославленному генералу, все чаще и чаще стали попадаться анонимки с угрозами. Кто и почему их написал, неизвестно до сих пор. К несчастью, дома он тоже не находил поддержки. Его брак оказался на редкость несчастливым. Детей, о которых он так мечтал, у него не было. А девушка, которую он полюбил незадолго до смерти, не ответила ему взаимностью.
По окончании маневров 22 июня 1882 года Михаил Дмитриевич Скобелев выехал в Москву. О цели своей поездки он доложил начальнику штаба Духонину: «Собираюсь навестить могилы родителей и проверить ход строительства школы и больницы в своем имении». Разговор их закончился тревожно. «Все на свете — ложь! Даже слава.» — сказал Скобелев.
В последний день своей жизни Михаил Дмитриевич чувствовал себя очень одиноким. 24 июня он побывал в гостях у своего лучшего друга Аксакова, оставил у него целый ворох бумаг, сказав: «Последнее время я стал подозрительным». А уходя в 11 часов вечера, произнес с тоской: «Я всюду вижу грозу». Затем, остановившись в гостинице «Дюссо», написал приглашение на обед 26 июня В. И. Немировичу-Данченко.
В полдень 25 июня Михаил Дмитриевич находился в ресторане «Эрмитаж». Он одиноко сидел за столом в полной задумчивости, ни с кем не общался. К вечеру одиночество стало невыносимым. Поэтому Михаил Дмитриевич направился в Столешников переулок, где находилась ресторация «Англия». Он надеялся, что веселое застолье и хороший ужин в приятной компании развеселят его, отвлекут от мрачных мыслей. Пир был в самом разгаре, когда из соседнего кабинета вышел мужчина и предложил выпить бокал шампанского. Михаил Дмитриевич не отказался, потому что услышал, как из кабинета доносились здравицы в его честь. Хандра не проходила. Даже очарование известной всей Москве кокотки Ванды (настоящее имя Шарлотта Альтенроз) не смогло его развеселить. Эта женщина имела в своем распоряжении шикарный номер на нижнем этаже «Англии». Именно туда удалился Скобелев вечером. Через некоторое время из номера послышался страшный крик, а еще через несколько минут к дворнику прибежала испуганная и заплаканная Ванда. Она с трудом смогла выдавить из себя слова: «У меня в номере умер офицер». Дворник тотчас послал за полицией. Конечно же, известного всей России генерала сразу же опознали. Его тело было перевезено в гостиницу «Дюссо». Полиция опровергла версию об участии или соучастии Ванды в смерти Скобелева. Но за ней навсегда закрепилось прозвище Могила Скобелева.
Смерть Скобелева потрясла всю Москву. Даже Александр III направил его сестре Надежде Дмитриевне письмо со словами: «Страшно поражен и огорчен внезапной смертью вашего брата. Потеря для русской армии труднозаменимая и, конечно, всеми истинно военными сильно оплакиваемая. Грустно, очень грустно терять столь полезных и преданных своему делу деятелей».
Через некоторое время были оглашены результаты вскрытия тела Скобелева, которое производил прозектор Московского университета Нейдинг. Он констатировал смерть от паралича сердца и легких. В связи с этим Андрей Шолохов писал в своей статье: «Никогда раньше Скобелев не жаловался на сердце». Хотя его врач О. Ф. Гейфейдер во время туркестанского похода находил признаки сердечной недостаточности, отмечая в то же время совершенно необыкновенную выносливость и энергию генерала.
Причина смерти Скобелева так и осталась невыясненной. Позднее она обросла огромным количеством версий, легенд, домыслов и даже абсурдными идеями о самоубийстве.
Существуют две основные версии насильственной и ненасильственной смерти. Версий ненасильственной смерти ходило несколько, но наиболее правдоподобными из них являются две. Первая версия была официальная: смерть наступила от паралича легких и сердца. А вторая заключалась в том, что Скобелев скончался в результате кровотечения от разорвавшегося венозного расширения в паху, которым издавна страдал.
Версий о том, что Белый Генерал был убит, существовало множество. Три из них кажутся наиболее правдоподобными и наиболее известными. Первая версия свидетельствует о том, что Михаил Дмитриевич был убит из-за происков врагов России — немцев. Это предположение косвенно подтверждало то, что генерал умер в номере немки — Ванды. Многие представители официальных кругов не только поддерживали эту версию, но и считали ее единственно правильной. Князь Н. Мещерский в 1887 году писал Победоносцеву: «Со дня на день Германия могла наброситься на Францию, раздавить ее, но вдруг, благодаря смелому шагу Скобелева, сказалась впервые общность интересов Франции и России, неожиданно для всех и к ужасу для Бисмарка. Ни Россия, ни Франция не были уже изолированы, Скобелев пал жертвой своих убеждений, и русские люди в этом не сомневаются». По слухам, германским агентам удалось выкрасть план войны, который разработал Михаил Дмитриевич. Насколько это правда, в то время не знал никто. Немецкая пресса тогда ликовала: «Ну, и этот теперь нам не опасен — генерала Скобелева нет более в живых. что касается нас, немцев, то мы честно в этом сознаемся, мы довольны тем, что смерть похитила рьяного врага.»
По другой версии, Михаил Дмитриевич был отравлен бокалом шампанского, который ему прислали из соседнего номера от пирующей компании, где якобы выпивали за его здоровье. Говорили о том, что Александр III был уверен в желании Скобелева свергнуть династию Романовых и занять престол под именем Михаила III. Некий Ф. Бюбок, со слов председателя Первой Государственной думы С. А. Муромцева, рассказывал, что будто бы в связи с антиправительственной деятельностью Скобелева над ним, под председательством великого князя Владимира Александровича, был учрежден особый тайный суд. Этот суд большинством голосов (33 из 40) приговорил Белого Генерала к смертной казни. Привести приговор в исполнение было поручено одному из полицейских чиновников. Убийца блестяще справился с поставленной задачей. За это он получил не только большое денежное вознаграждение, но и следующий чин. «Тайная дружина», осуществившая убийство Скобелева, совмещала в себе черты Третьего отделения, масонских лож и подпольных организаций. В ее состав входил не только великий князь, но и сам император. С этой «тайной дружиной» у М. Д. Скобелева сложились весьма натянутые отношения. В свое время он наотрез отказался вступать в их ряды, презрительно отзывался о членах организации.