Герметически запаянный гроб был вскрыт. Оказалось, что без доступа кислорода тело сохранилось почти идеально, тем более что оно к тому же было хоть и наспех, но забальзамировано. Зачем понадобились в грозные военные годы такие «излишества», что хотели скрыть? На этот вопрос сразу же был дан ответ. Судебно-медицинская экспертиза подтвердила то, о чем все эти годы глухо шептались щорсовцы. «Входным отверстием является отверстие в области затылка справа, а выходное — в области левой теменной кости. Следовательно, направление полета пули — сзади наперед и справа налево. Можно предположить, что пуля по своемудиаметру была револьверной. Выстрел был произведен с близкого расстояния, предположительно 5-10 метров». Конечно, эти материалы долгое время хранились под грифом «Секретно». Их обнаружил в архивах и обнародовал журналист Ю. Сафонов уже после распада СССР. А тогда прах Николая Щорса после тщательного исследования перезахоронили на другом кладбище и наконец-то поставили памятник.
То, что комдива убили свои, теперь уже ясно, но остался вопрос: кому он так помешал? Оказывается, Щорса хотя и приняли в партию, но скорее относили к так называемым попутчикам. У него была собственная позиция по любому вопросу. Мало он считался и с военным командованием, и, если штабное решение его не устраивало, Щорс упрямо отстаивал свою точку зрения. Начальство, подозревая Николая в непокорстве и склонности к партизанщине, очень не любило его, особенно коробил большевистских «стратегов» никогда не опускавшийся долу жгучий щорсовский взгляд. Но все же не это стало поводом для устранения умело руководившего войсками командира, в котором на тот момент очень нуждалась Советская власть.
Поначалу историки заподозрили матроса-балтийца Павла Ефимовича Дыбенко, занимавшего во время Октябрьской революции важнейший пост председателя Центробалта, а затем выдвигаемого на самые ответственные государственные и партийные посты, а также военные должности. Но «братишка» со своими умственными способностями неизменно проваливал все поручения. Упустил Краснова и других генералов, которые, уйдя на Дон, подняли казаков и создали Белую армию. Затем, командуя матросским отрядом, сдал немцам Нарву, за что его даже выгнали из партии, правда, на время. «Прославился» Дыбенко и на должности командующего Крымской армией, наркома по военным и морским делам и председателя Реввоенсовета Крымской республики — сдал полуостров белым. И он же, бездарно провалив оборону Киева, бежал вместе с 14-й армией, оставив Щорса и его бойцов на произвол судьбы. Все эти неудачи ему сходили с рук благодаря супруге, знаменитой Александре Коллонтай. К тому же Ленин всегда помнил роль, которую Дыбенко сыграл в октябре 1917 года. Но если бы Щорс сумел устранить его «оплошности», возможно, «братишка» не дожил бы до обвинения в покушении на Сталина и расстрела в 1938 году. Но, как оказалось, не он «помешал» комдиву успешно отстоять Киев.
У Н. Щорса были более амбициозные и хитрые противники. Как оказалось, своим несговорчивым характером он очень досаждал С. И. Аралову, занимающему на тот момент должности члена реввоенсовета 12-й и 14-й армий, а также начальника разведуправления Полевого штаба Реввоенсовета республики и временно должность командира 14-й армии. И если командование фронтом и армией считало дивизию Щорса одним из лучших и наиболее боеспособных соединений, то комиссар С. Аралов придерживался иной точки зрения. Он был убежден, что щорсовцами должен заняться военный трибунал. Отношения с комдивом у него сложились отвратительные. В своих письмах в ЦК Аралов разоблачал Щорса как антисоветчика, указывал на его неуправляемость, а руководимую им дивизию, и особенно Богунский полк, характеризовал почти как бандитскую вольницу, представлявшую опасность для Советской власти. По его мнению, в «разложившейся» дивизии срочно была необходима чистка «не заслуживающих доверия» командиров. И его сигналы, что «со здешними украинцами работать невозможно» и что в первую очередь необходим новый командир дивизии взамен Щорса, были услышаны. Являясь непосредственным ставленником наркомвоенмора Л. Троцкого, Аралов был облачен большими полномочиями. В ответ на его доносы пришла телеграмма Троцкого с требованием навести строжайший порядок и прочистить командный состав.
Сам Аралов уже дважды пытался отстранить Щорса от командования дивизией, но это ему не удалось, ведь авторитет и популярность комдива среди подчиненных были несказанно велики, и это могло вызвать скандал с самыми непредсказуемыми последствиями. И поэтому Аралов сумел найти «достойных» исполнителей. 19 августа 1919 года приказом командующего 12-й армии произошло слияние 1-й Украинской дивизии Щорса и 44-й стрелковой дивизии Дубового. Причем командиром 44-й дивизии стал Щорс, а его заместителем — Дубовой, и это при том, что еще до недавнего времени он был начальником штаба армии, командармом. Но чтобы отвести малейшие подозрения от Дубового, в дивизию по распоряжению С. И. Аралова прибыл молодой человек с повадками уголовника со стажем. Его появление не прошло незамеченным, потому что уполномоченный реввоенсовета 12-й армии Павел Танхиль-Танхилевич абсолютно не был похож на военного. Он приехал в дивизию одетый с иголочки и напомаженный как франт, а после гибели Щорса — исчез, как и не было. А сам Иван Дубовой в своих воспоминаниях ничего не сообщил об этой загадочной личности. Но зато когда историки и журналисты стали «рыть» эту версию, они в мемуарной литературе наткнулись на некоторые факты, явно пропущенные цензурой.
Оказалось, что еще в марте 1935 года в украинской газете «Коммунист» проскочил небольшой материал за подписью бывшего командира Богунского полка К. Квятека, который сообщал, что «30 августа на рассвете. прибыл начдив тов. Щорс, его заместитель тов. Дубовой и уполномоченный реввоенсовета 12-й армии тов. Танхиль-Танхилевич. Через некоторое время тов. Щорс и сопровождавшие его подъехали к нам на передовую. Мы залегли. Тов. Щорс поднял голову, взял бинокль, чтобы посмотреть. В этот момент в него попала вражеская пуля». Но в этой версии нет ни слова о «лихом» пулеметчике. А в книге бывшего бойца щорсовской дивизии Дмитрия Петровского «Повесть о полках Богунском и Таращанском», изданной в 1947 году, автор утверждал, что пуля сразила Щорса, когда. пулемет уже заглох. Эту же версию подтвердил и бывший командир отдельной кавбригады 44-й дивизии, впоследствии генерал-майор С. Петриковский (Петренко) в своих воспоминаниях, написанных в 1962 году, но частично опубликованных только более чем через четверть века. Он же показал, что политинспектор был вооружен браунингом, и рассказал, что провел свое расследование по свежим следам. Оказывается, возле Щорса с одной стороны залег Дубовой, а с другой — Танхиль-Танхилевич. Генерал приводит слова Дубового, что во время перестрелки политинспектор вопреки здравому смыслу стрелял в находящегося далеко противника из браунинга. И вот тут-то генерал делает совершенно неожиданный вывод о причине гибели Щорса. «Я все-таки думаю, что стрелял политинспектор, а не Дубовой. Но без содействия Дубового убийства не могло быть. Только опираясь на содействие власти в лице заместителя Щорса — Дубового, на поддержку РВС 12-й армии, уголовник совершил этот террористический акт. Я знал Дубового не только по Гражданской войне. Он мне казался человеком честным. Но он мне казался и слабовольным, без особых талантов. Его выдвигали, и он хотел выдвигаемым быть. Вот почему я думаю, что его сделали соучастником. А у него не хватило мужества не допустить убийства». А сам С. И. Аралов в рукописи своих мемуаров о Гражданской войне «На Украине 40 лет назад (1919)» вроде бы невзначай обмолвился весьма примечательной фразой: «К сожалению, упорство в личном поведении привело его [Щорса] к преждевременной гибели».