Как строгий блюститель шариата, Шахрух не мог не очистить мавзолея Тимура от языческого убранства; но очень вероятно, что в Самарканде его распоряжение вызвало некоторое неудовольствие, особенно среди военного сословия. Перенесение тела сейида из Андхоя, может быть, имело целью успокоить недовольных; было известно, что сейид пользовался при Тимуре большим уважением. Можно, однако, сомневаться в том, действительно ли Тимур желал быть похороненным рядом с сейидом или это желание было только приписано ему Шахрухом. Сейид умер зимой 1403/04 г. в Карабаге, и тогда же было приказано отправить его тело в Андхой, где находился его удел и где жили его родственники. Если бы это погребение считалось только временным, то для сейида, вероятно, строился бы мавзолей в Шахрисябзе; но об этом нет никаких сведений.
Известия о личности сейида Береке и о степени его влияния на Тимура довольно скудны. Противоречивы известия о его происхождении; по словам Ибн Арабшаха, он, по некоторым известиям, происходил из Египта, по другим - из Медины, по другим - из Мекки; Тимур по его просьбе подарил ему Андхой, причислявшийся к вакфам священных городов (Мекки и Медины), и эта местность еще при Ибн Арабшахе считалась собственностью потомков Береке. По словам Шереф ад-дина, сейид впервые выступил в 1370 г., незадолго до победы Тимура над Хусейном. Береке принадлежал к меккским шерифам и прибыл в Хорасан по делам вакфов священных городов; Хусейн не только ничего не дал ему, но даже не оказал ему должного уважения; тогда он обратился к Тимуру и принес ему барабан и знамя; Тимур исполнил все его желания и передал в его распоряжение все суммы вакфов; о том, что эти вакфы находились в Андхое, Шереф ад-дин не упоминает. В противоположность рассказу Шереф ад-дина, по которому Береке только при Тимуре прибыл в Хорасан из Мекки, автор Кандии причисляет «сейида эмира Береке» к «андхойским сейидам», будто бы происходившим «от брака ходжи Юсуфа андхойского и дочери имама Хасана, сына Али».
Шереф ад-дин уверяет, что сейид всюду сопровождал Тимура; впоследствии они были похоронены в одном мавзолее, причем лицо Тимура было обращено в сторону сейида. В рассказах об отдельных событиях царствования Тимура имя сейида, однако, встречается редко. В 1383 г. он вместе с другими представителями духовенства увещевал Тимура, когда тот слишком предавался горю после смерти сестры и не хотел заниматься государственными делами; в 1391 г. он произнес молитву перед битвой с Тохтамышем; в 1392 г. он неудачно выступал посредником между Тимуром и мазандеранскими сейидами. В конце 1403 г., незадолго до своей смерти, он прибыл к Тимуру в Карабаг; Тимур вышел из своего шатра, чтобы его встретить; оплакивая Мухуммед-Султана, сейид снял с головы чалму и начал рыдать; Тимур обнял его, и оба вместе долго плакали. Битву с Тохтамышем Ибн Арабшах переносит на берег Сыр-Дарьи (в действительности она произошла к западу от Урала) и приписывает сейиду в этой битве более яркую роль. Войско Тимура было уже близко к поражению, когда явился сейид, ободрил Тимура, сошел с коня, набрал горсть мелких камней, снова сел на коня и бросил камни в лицо врагам с громким криком: «Ягы качты» (по-турецки: враг бежал). Тимур и все его воины повторили тот же крик, бросились на врагов, и войско Тохтамыша было разбито. Ибн Арабшах приводит изречение Тимура, будто бы объясняющего все свои успехи молитвой шейха Шемс ад-дина Кулаля, заботой шейха Зейн ад-дина Хавафи и благословением, исходившим от сейида Береке.
Из слов Шереф ад-дина можно вывести заключение, что строившийся в 1404 г. мавзолей, «смежный с суфой ханаки», до прибытия в Самарканд тела сейида Береке стоял пустым; прежде всего там похоронили сейида, потом у ног его положили Тимура, наконец, перенесли в то же здание тело Мухаммед-Султана. Трудно согласить это со словами того же автора, что в 1404 г. строилось «куполообразное здание для погребения» Мухаммед-Султана и что тело Тимура еще в феврале 1405 г. было положено «в куполообразное здание для погребения»; трудно допустить, что речь идет о двух различных зданиях. Гораздо правдоподобнее, что тело Тимура при Халиле покоилось в мавзолее, построенном для Мухаммед-Султана, и что только перенесением в Самарканд тела сейида были созданы новые условия, не имевшиеся в виду при постройке 1404 г. Как ни велико было уважение Тимура к сейидам и шейхам, известия о мавзолеях в Шахрисябзе и сохранившиеся до сих пор мавзолеи тимуровской эпохи в Самарканде показывают, что считалось совершенно достаточным строить мавзолеи для членов царствующего рода рядом с могилами святых; этим похороненному в мавзолее было обеспечено покровительство святого и в то же время давался простор для той полуязыческой пышности, которой был окружен гроб Тимура до 1409 г. и которая едва ли была бы возможна непосредственно над гробом мусульманского святого. По мере укрепления в Средней Азии идеи шариата, старались установить более тесную связь между сейидами и представителями светской власти; в XIX в., как известно, бухарские эмиры и хивинские ханы даже насильно брали себе жен из потомков пророка, чтобы их потомки могли присоединить к своим титулам титул «сейид». В XV в. до этого еще не доходило; но уже в XV и XVI вв. государи находили нужным переносить в мавзолеи своих предков тела сейидов. Этим, вероятно, объясняется факт, что и в Шахрисябзе прах отца Тимура, как мы видели, лежит в одном мавзолее с прахом нескольких сейидов.
К числу таких ревностных сторонников шариата принадлежал и Шахрух. К сожалению, ни один автор, кроме Ибн Арабшаха, не упоминает о переменах, произведенных им в мавзолее Тимура; смутным отголоском этих перемен является, может быть, фантастический рассказ Абу Тахир-ходжи, будто Шахрух перенес тело своего отца в другое место «из страха перед врагами». Во всяком случае более чем вероятно, что соединение в одном мавзолее гробницы сейида и гробницы Тимура было вызвано благочестием Шахруха, а не желанием самого Тимура, тем более что в тот же мавзолей некоторое время спустя был перенесен прах еще другого сейида. В западной части мавзолея, на особом возвышении (суфе), находится гробница сейида Омара, четвертого сына сейида Кулаля. О жизни сейида или «эмира» Омара известно только, что он большей частью занимал должность мухтасиба (не сказано, в каком городе) и строго следил за точным соблюдением предписаний о дозволенном и запрещенном; умер в 803/1400-01 г. Источники ничего не сообщают ни об отношениях между ним и Тимуром, ни о причинах перенесения его праха в Гур-эмир. В.Л. Вяткин предполагает, что этот сейид «до постройки еще мавзолея был похоронен в данной местности, а потому когда произвели постройку, то не пожелали нарушать покоя этого сейида». Но в год смерти сейида Омара медресе Мухаммед-Султана, как мы видели, по всей вероятности уже существовало; погребение сейида в пределах этого медресе тоже требовало объяснения, которого источники нам не дают; об отношениях между ним и Мухаммед-Султаном известно столь же мало, как об отношениях между ним и Тимуром. Трудно объясним, но в то же время крайне любопытен самый факт погребения Тимура, пиры которого были сплошным нарушением правил шариата, в одном мавзолее со строгим мухтасибом.