В этот период он был награжден орденом «Знак Почета» (апрель 1940 г. вместе с группой чекистов «за выполнение заданий правительства по охране госбезопасности») и медалью «XX лет РККА» (1938 — первой из 6 медалей, полученных им за службу).
26 сентября 1940 г., оставаясь начальником 2-го отдела, комиссар ГБ 3 ранга (с марта 1940 г.) Федотов возглавил контрразведку — 3-й отдел ГУГБ НКВД СССР. С этого началось объединение контрразведки общей и секретно-политической, которое затем проводилось еще раз в 1943 году.
Федотов после реорганизации с 25 февраля 1941 г. становится начальником 2-го Управления НКГБ СССР (КРУ), одновременно, с апреля того же года, входит в Центральную наградную комиссию НКГБ СССР.
Его заместителями были назначены Т.Н. Корниенко, Л.И. Новобратский, Л.Е. Влодзимирский, Н.Д. Горлинский, Т.М. Борщев. После объединения НКГБ и НКВД 31 июля 1941 г. контрразведка стала именоваться 2-м управлением НКВД. Начальником контрразведки в течение всей войны был П.В. Федотов, его первым заместителем — Леонид Федорович Райхман (в июле 1945 г. обоим было присвоено воинское звание «генерал-лейтенант»), В случае падения столицы Федотов должен был остаться на нелегальном положении в Москве и координировать работу всех 36 диверсионно-разведывательных групп, организованных чекистами для подпольной работы против фашистов. Эти группы насчитывали 243 человека, из них 78 — готовили для выполнения актов индивидуального террора и 32 — для диверсий.
Представление о задачах советской контрразведки во время войны дает структура 2-го управления НКВД СССР (май 1942 г., 227 сотрудников по штату):
руководство (начальник и его заместители);
секретариат;
оперативно-учетная группа.
1-й отдел (начальник П.П. Тимофеев) :
1-е отделение (очистка освобождаемых от немецко-фашистских захватчиков городов и районов от нацистской агентуры и организация собственной агентурной работы в этих районах), начальник М.В. Подольский (33);
2-е отделение (учет и разработка нацистских разведорганов и осуществление контрразведывательных комбинаций);
3-е отделение (выявление, разработка и ликвидация агентуры разведорганов противника в г. Москве);
4-е отделение (агентурно-оперативная работа в лагерях военнопленных и интернированных; наблюдение за разработками местных органов НКВД);
5-е отделение (учет и оперативный розыск агентуры противника, предателей и пособников немецко-фашистских оккупантов);
6-е отделение (следственное);
2-й отдел:
1-е отделение (японская линия);
2-е отделение (китайская и монгольская линии);
3-е отделение (следственное);
3-й отдел:
1-е отделение (английское);
2-е отделение (американское);
3-е отделение (Турция, Иран, Афганистан);
следственная группа;
4-й отдел:
1-е отделение (польское, чешское, югославское, греческое, шведское и норвежское посольства и миссии, колонии, военные миссии и атташат);
2-е отделение (организация работы по линии польских нелегальных организаций в генерал-губернаторстве, польская ссылка и лагеря, польские колонии);
3-е отделение (следственное);
4-е отделение (представительство свободной Франции и испанская эмиграция);
5-е отделение (работа по закордону);
5-й отдел (специальные мероприятия);
1-е отделение;
2-е отделение;
Группа наружного наблюдения и установки;
Группа по обслуживанию ИККИ;
6-й отдел (охрана дипломатического корпуса):
1-е отделение (охрана дипломатических представительств — Англии, США, Японии и Швеции);
2-е отделение (охрана дипломатических представительств — Болгарии, Турции, Ирана, Афганистана, Китая, Югославии, Польши, Чехословакии, полпредств Монголии и Тувы; эпизодическая охрана иностранных правительственных делегаций и наружное наблюдение за посетителями иностранных посольств);
3-е отделение (наружное наблюдение за сотрудниками посольств Англии, Америки, Швеции, Польши и Чехословакии);
4-е отделение (наружное наблюдение за сотрудниками посольств Японии, Турции, Ирана, Китая, Югославии, Монголии, Тувы);
5-е отделение (хозяйственно-финансовое; автоколонна);
Аппарат офицеров связи при командовании польской армии (Г.С. Жуков).
Аппарат офицеров связи при командовании чешской бригады.
Во время битвы за Москву, когда существовала угроза захвата советской столицы немцами, Федотов готовился остаться в окулированном городе в качестве руководителя подполья (это известно из воспоминаний П.А. Судоплатова). Тогда же сотрудники КРО УНКВД по Московской области под руководством СМ. Федосеева выявляли и обезвреживали немецких парашютистов.
В период наступления Красной Армии перед контрразведкой были поставлены новые задачи. На освобожденных территориях немецкие спецслужбы оставляли агентов и диверсантов, которых необходимо было выявлять и обезвреживать; также выявлять и передавать в руки правосудия гражданских лиц, сотрудничавших с оккупационными властями. Специальным оперативным группам предварительно поступала информация о действовавших в этих районах немецких разведывательных и карательных органах. Группы вступали в освобождаемые районы вместе с передовыми частями армии и не давали возможности агентам и изменникам скрыться.
Действенным направлением военной контрразведывательной работы являлись радиоигры (например, «Находка»). Они позволяли внедрять агентов в немецкие разведорганы и выводить в советский тыл разведчиков противника, которые немедленно обезвреживались. Для дезинформации командования вермахта использовались захваченные контрразведкой немецкие агенты с рациями. Радиограммы с дезинформацией, согласованной с советским военным командованием, передавались самими агентами под диктовку контрразведчиков или от имени агентов.
Об игре «Находка» расскажем подробнее. Эта оперативная радиоигра контрразведки УНКВД Московской области с абвером проходила в 1943 году. 10 февраля в Московское областное управление НКВД поступило сообщение о высадке в Волоколамском районе трех неизвестных парашютистов. Оперативная группа взяла под контроль близлежащие шоссе и проселочные дороги, задействовала истребительные отряды. В ходе поисковых мероприятий был задержан некто Григорьев, в форме младшего лейтенанта Красной Армии. При нем были обнаружили радиостанция и крупная сумма денег. Старший следователь П. Борисенков установил личность задержанного. Григорьев оказался бывшим советским военнослужащим, в августе 1941 г. попавшим в окружение и затем переправленным в Смоленский лагерь военнопленных. Абвер завербовал Григорьева и направил на обучение в свои школы — Борисовскую и Катынскую. В немецкой разведке прошедший курс спецподготовки агент-радист значился «Гайдаровым». Ему была выдана форма младшего лейтенанта Красной Армии, фиктивные документы, рация и деньги для выполнения задания. Германскую разведку интересовали сведения о положении на транспортных путях Москва-Ржев. Григорьева и еще двух агентов сбросили на парашютах с целью получения этой информации.
Контрразведчики Московского областного УНКВД решили перевербовать прибывших курьеров для проведения оперативной игры с абвером. Руководили операцией «Находка» начальник КРО УНКВД подполковник С. Федосеев, начальник УНКВД Московской области М. И. Журавлев. Григорьев согласился на сотрудничество, второго курьера контрразведчики решили не вербовать, взяв его под наблюдение. Поиски третьего агента оказались безрезультатными.
13 февраля в установленное время Григорьев вышел на связь с абвером и доложил о своем благополучном прибытии. Немецкая разведка подвергла сомнению факт деятельности агента не под контролем НКВД. Поэтому некоторая доля правдивой информации в сведениях, поступавших от Григорьева, была необходима.
Разработкой операции «Находка» на следующем этапе занялись начальник направления в Оперативном управлении Генштаба генерал С.М. Штеменко и заместитель Федотова комиссар ГБ Л.Ф. Райхман.
Помимо дезинформации противника перед советскими контрразведчиками стояла задача создания условий для дополнительного канала связи. Контакты второго агента с абвером не пресекались, но сведения, поступавшие от него в немецкий разведцентр, тщательно обрабатывались сотрудниками «Смерш».
С 23 февраля была налажена регулярная связь с немецкой разведкой. От двух агентов поступала дезинформация о состоянии противовоздушной обороны, движении грузопотоков на железнодорожных и шоссейных направлениях, изменениях в военных гарнизонах. Особое значение противник придавал метеосводкам. 13 марта абвер наградил «своих» сотрудников, находящихся в Московской области, орденами «За храбрость» 2-го класса. Поздравительная шифрограмма поступила 26 марта. Но срок «действия» фиктивных документов Григорьева и его напарника истекал; способа, кроме как по рации, поддерживать связь с германской разведкой не было; продовольствие, выданное на время пребывания в СССР, заканчивалось. В абвер направлялись просьбы «агентов» решить эти вопросы. По рекомендации органов госбезопасности СССР было отклонено предложение о присылке немецкого самолета со всем необходимым. Вариант прибытия курьера к радистам рассматривался как наиболее приемлемый.
