О начале нового этапа операции «Находка» руководство военной контрразведки доложило И.В. Сталину. Сталин счел немедленный захват прибывшего курьера абвера «Антонова» малооправданным риском. В целях безопасности Григорьев попросил «Антонова» лично направить в германский разведцентр радиограмму об успешном прибытии на место. Курьера арестовали на последнем пункте его следования через фронтовую полосу.
Дальнейшим развитием радиоигры «Находка» занимался уже «Смерш». Результатом этой длившейся два года операции было не только продвижение направленной дезинформации в немецкие штабы, но и задержание семи агентов абвера.
В Вологодской области в 1943–1944 гг. проводилась радиоигра «Подрывники», в ходе которой было выведено на советскую территорию 22 агента германской разведки. Благодаря радиоиграм было арестовано около 400 агентов и сотрудников немецких разведорганов. Всего же органы контрразведки за годы войны задержали более 30 тыс. немецких разведчиков, около 3,5 тыс. диверсантов и свыше 6 тыс. террористов, в том числе в 1941 г. — свыше 4 тыс., в 1942 г. — около 7 тыс., в 1943 г. — свыше 20 тыс.
Сотрудники контрразведки занимались также борьбой с бандеровцами на Украине и «лесными братьями» в Прибалтике, обеспечивали режим секретности на предприятиях оборонной промышленности.
Важную роль сыграли контрразведчики и в срыве планов немецкой разведки по организации покушения на «Большую тройку» — Сталина, Рузвельта и Черчилля во время их встреч в Тегеране и Ялте. За успешную работу П.В. Федотов (во время встречи Сталина, Рузвельта и Черчилля в Ялте с 8 января 1945 г. был помощником начальника охраны объектов спецназначения в Крыму С.Н. Круглова по опер-работе на время «особого периода» — в этом факте прослеживается руководящая роль НКВД в период руководства Берии в тандеме наркоматов внутренних дел и госбезопасности) был награжден орденами Кутузова 1-й степени и Красного Знамени.
Осуществлялись оперативные действия и против разведок союзных стран. В 1942 г. был взят в разработку руководитель военной миссии США в Москве Файмонвилл. С помощью вошедшего в его окружение агента удалось выяснить связи Файмонвилла и снабжать его дезинформацией.
Через 5 месяцев после Победы, 30 октября 1945 г. был издан циркуляр НКГБ «О работе английской разведки против СССР». Тогда же был скомпрометирован в результате операции контрразведки помощник канадского военного атташе полковник Окулич.
За время войны Федотов был награжден 2 орденами Ленина (1943, 1945), 2 орденами Красного Знамени (1944, 1945), орденами Красной Звезды и Кутузова 1-й степени (1945), знаком «Заслуженный работник НКВД» (1942). В 1943 г. был произведен в комиссары ГБ 2 ранга, 9 июля 1945 г. получил звание генерал-лейтенанта.
Федотов с 23 января 1946 г. входил в состав Комиссии по руководству работой по подготовке Международного военного трибунала над японскими военными преступниками в Токио.
Наряду с работой по реальному обеспечению безопасности государства под руководством Федотова проводились мероприятия, возможно, задуманные с хорошими намерениями, но на практике явно нарушавшие законность. Такова была операция «Ложный закордон» («ЛЗ», «Мельница»), разработанная и проведенная Федотовым. Впервые о ней стало известно в 1990 г. из опубликованной в журнале «Известия ЦК КПСС» справке Комитета партийного контроля при ЦК партии.
Операция заключалась в следующем. Еще с 1941 г. действовал организованный сотрудниками УНКВД по Хабаровскому краю (начальник управления комиссар ГБ 2 ранга С.А. Гоглидзе) в 50-ти километрах от Хабаровска рядом с маньчжурской границей «ложный закордон». Чекисты вербовали на советской пограничной заставе подозревавшихся в шпионаже местных жителей и якобы «переправляли» их через «границу» для разведывательной работы. Люди попадали на «маньчжурский пограничный полицейский пост» и оттуда — в «уездную японскую военную миссию». Там «белоэмигранты» в форме японской жандармерии (на самом деле бывшие сотрудники УНКВД Хабаровского края, ранее осужденные за нарушения социалистической законности на различные сроки заключения), пытали подозреваемых, выбивая из них признания в работе на НКВД. В роли начальника «уездной японской военной миссии» выступал японец Тамито, бывший агент разведки Квантунской армии, арестованный советскими пограничниками в 1937 г. и приговоренный в 1940 г. к расстрелу (замененному 10-ю годами тюрьмы). Эту ситуацию сотрудники КПК, расследовавшие дело в конце 50-х, определили так: «…будучи осужден советским судом за японский шпионаж, был послан на ложный закордон, где учинял допросы советским гражданам».
В итоге некоторые «шпионы» после пыток соглашались на сотрудничество с «японцами», после чего их переправляли на советскую территорию, где арестовывали уже как «японских шпионов». «Ложный закордон» просуществовал до конца 1949 года. Многие из побывавших там 148 человек были осуждены к различным срокам заключения (несколько человек расстреляли).
По материалам раследования КПК, Федотов позднее был признан едва ли не главным виновником. Из постановления Секретариата ЦК КПСС по делу «Ложного закордона»: «Федотов…лично руководил работой «Мельницы», докладывал о ней Берии и Меркулову, выполнял их поручения по применению «ЛЗ» в отношении ряда советских граждан. Вся переписка и отчеты Хабаровского Управления НКВД с Центром о работе «Мельницы» адресовались только на имя Федотова, минуя канцелярию. Ни одно мероприятие, связанное с использованием «ЛЗ» не проводилось без его санкции. Федотов лично настаивал перед бывшим руководством НКВД СССР о применении расстрела к ряду невиновных советских граждан».
Схожий характер имеют и показания арестованного в 1951 г. полковника Григория Майрановского, бывшего сотрудника лаборатории отдела оперативной техники МГБ СССР:
«В течение 1941–1943 гг. мною была разработана проблема по выявлению «откровенности» у подследственных лиц (заметим, о неудачно завершившихся изысканиях он предпочитает не упоминать — Авт.). Осуществление этой разработки было основано на теории физиологии И.П. Павлова о сущности процессов мышления, происходящих в центральной нервной системе (головного мозга), а именно — процессах возбуждения, торможения, которые в здоровом организме взаимно (диалектически) уравновешиваются.
Исходя из этого, мною был применен ряд препаратов, воздействующих то на тормозную деятельность, то на область возбуждения коры головного мозга, с подавлением и преобладанием то в одной, то в другой стороне процессов.
Эта работа бывшим тогда наркомом государственной безопасности В.Н. Меркуловым была поручена для проверки бывшему начальнику 2-го Главного управления МГБ СССР П.В. Федотову. Предложенная методика была проведена с моим участием на ряде подследственных лиц».
В марте 1946 г. после преобразования наркоматов в министерства генерал Федотов был утвержден начальником 2-го управления (с мая того же года -2-го Главного управления) МГБ, но уже 7 сентября 1946 г. освобожден от этой должности. В тот же день он был назначен заместителем министра и (по совместительству) начальником ПГУ (внешняя разведка) МГБ СССР (в оперативной переписке с резидентурами пользовался псевдонимом «Арнольдов»).
После объединения внешней и военной разведок Федотов 30 мая 1947 г. становится заместителем председателя Комитета информации при Совете Министров СССР, одновременно с 25 июня того же года — председателем Бюро по въездам и выездам из СССР при СМ СССР.
Комитет информации при Совете Министров СССР (Комитет № 4) был создан постановлением Совета Министров СССР № 1789-470сс от 30 мая 1947 г. В новую структуру вошли: Первое главное управление МГБ, ГРУ Генштаба Министерства вооруженных сил, а также разведывательные и информационные структуры ЦК ВКП(б), МИД и Министерства внешней торговли. Личный состав всех этих служб был сведен в единый аппарат, размещенный возле ВДНХ в зданиях, где когда-то работал Исполком Коминтерна.
Первым председателем КИ стал член Политбюро ЦК ВКП (б), заместитель председателя Совета министров, министр иностранных дел СССР В.М. Молотов (в записке Сталину в сентябре 1947 г. он предлагал в качестве задач КИ «срывать маски с антисоветской деятельности иностранных кругов, влиять на общественное мнение в других странах, компрометировать антисоветски настроенных политиков в иностранных правительствах»). Однако поскольку Молотов не был профессиональным разведчиком, то непосредственным руководителем КИ являлся его первый заместитель (с 30 мая 1947 по 24 августа 1949 г.) генерал-лейтенант Петр Васильевич Федотов. Первыми заместителями председателя по линии военной разведки были контр-адмирал Константин Константинович Родионов и генерал-полковник Федор Федотович Кузнецов.
Заместителями председателя были в разное время чекисты-разведчики: генерал-майор Павел Михайлович Журавлев, полковник Сергей Михайлович Федосеев, полковник Александр Михайлович Коротков, полковник Андрей Иванович Раина, генерал-майор Василий Михайлович Зарубин, военный разведчик генерал-лейтенант Леонтий Васильевич Онянов.
