Развитие ремесла, товарно-денежного хозяйства, городов, военного дела вызывало интерес к технике, изучению природы и сопровождалось развитием научных знаний. Усиление светских тенденций, освобождение культуры от подчинения церковной идеологии порождали стремление к овладению достижениями западноевропейской культуры и науки. Однако против общения с западноевропейскими странами выступили значительные реакционные силы общества, утверждавшие, что западная культура, светское просвещение, научные знания являются «ересью», «бесовскими мечтаниями», враждебными православной религии, церкви. Реакционеры осуждали всякий интерес к светскому знанию, философии и естественным наукам. В школьных прописях, которые распространяло духовенство, говорилось: «Братите, не высокоумствуйте, но во смирении пребывайте. А кто ти речет: веси ли всю философию? И ты ему рцы: еллинских борзостей не текох, ни риторских астроном не читах, ни с мудрыми философами не бывах — учуся книгам благодатного закона, аще бо мощно моя грешная душа очистити от грех» (54, 83).
Во второй половине XVII в. в России продолжалась борьба между сторонниками и противниками светского просвещения. Приверженцы «греческого» направления (братья Лихуды, Епифаний Славинецкий и др.) признавали необходимость просвещения и развития наук, но в рамках религии, богословия, ориентируясь на греческую, прежде всего церковную, традицию. Представители так называемого латинского направления (Симеон Полоцкий, Сильвестр Медведев и др.) были сторонниками светского просвещения: они выступали за «обмирщение» культуры, за отделение философии от богословия и освобождение разума от контроля церкви. Они считали, что необходимо использовать не только духовную, но и светскую культуру античного и западноевропейского мира, расширять культурные контакты со странами Европы и изучать латинский язык, являвшийся тогда языком науки и культуры европейского мира. Борьба между этими направлениями имела различные формы, в том числе форму спора о том, какой язык нужно прежде всего изучать — греческий или латинский (см. 60, 260).
В этой борьбе принял участие и Милеску Спафарий. В предисловии к книге «Николай Милеску Спафарий, Сибирь и Китай» А. Кидель и В. Соловьев пишут, что в «разгоревшейся идеологической борьбе в Московском государстве между сторонниками западной, католической ориентации и сторонниками греко-славянской культуры, борьбе, носившей ожесточенный политический характер, Н. Спафарий, воспитанник Константинопольской патриаршей школы, выступил сторонником так называемой греческой ориентации» (21,7–8). Далее они указывают, что к этому Милеску Спафария побуждали старые связи с патриархом Досифеем, родственниками в Молдавии и его убеждение, что союз с Россией приведет к более скорому и успешному освобождению народов Балканского полуострова от османского ига.
С таким категорическим выводом трудно согласиться. Не ведя открытой борьбы со сторонниками «греческого» направления, Милеску Спафарий фактически был приверженцем «латинского» направления. Он воспитывался не только в Константинопольской патриаршей школе, его мировоззрение формировалось и под влиянием Запада. Будучи хорошо знаком со светской культурой античного мира и достижениями современной ему западноевропейской культуры, он их широко пропагандировал. Милеску Спафарий относится к тем мыслителям, которые стремились обосновать необходимость распространения светского просвещения и свободного развития научных знаний, освободить науку от церковной опеки, привлечь внимание к изучению естественных наук в целях использования природных ресурсов для развития экономики России. При истолковании общественной жизни он в ряде случаев пытается преодолеть господствовавший провиденциалистский взгляд на общество, согласно которому ход истории предопределен провидением, стремится раскрыть земной характер государственной власти, показать роль просвещения в жизни общества. Хотя по ряду вопросов Милеску Спафарий и стоял на позиции провиденциализма, в рамках ее он высказал глубокие догадки о закономерности исторического процесса.
Пропаганда прогрессивных светских идей и научных знаний, а также то обстоятельство, что Милеску Спафарий был горячим сторонником преобразований Петра I, навлекли на него гнев и неприязнь приверженцев «греческого» направления и даже его старого друга и покровителя патриарха Досифея, о чем пишут А. Кидель и В. Соловьев.
Следует, однако, иметь в виду, что «латинское» направление нельзя отождествлять с католической ориентацией. Милеску Спафарий на протяжении всей жизни боролся с католическим влиянием в Молдавии и России.
Милеску Спафарий сделал попытку обобщить некоторые накопленные научные знания о природе и обществе и поставить ряд новых для своего времени философских и социологических проблем, причем на первый план у него выступают не столько вопросы теории познания, сколько актуальные проблемы политики, социологии и этики. Философские взгляды Милеску Спафария изложены в его исторических, педагогических, эстетических, естественнонаучных и географических работах, что свидетельствует о связи теоретических положений мыслителя с практическими общественно-политическими задачами того периода. Стремление изучать природу и обобщать некоторые естественнонаучные знания не могло не способствовать освобождению его мировоззрения от господствовавшей в то время религиозной идеологии и приближению к материалистическому пониманию мира. Освобождения философской и общественнополитической мысли от влияния религиозной идеологии требовала сама действительность — развитие производительных сил, необходимость укрепления централизованного государства, возвышения дворянства и купечества.
Хотя философские взгляды Милеску Спафария являются в своей основе идеалистическими, в них содержатся определенные материалистические тенденции, которые еще вплетены в его религиозное мировоззрение. Основной вопрос философии — вопрос о первичности материи или сознания он решил идеалистически, ибо признавал сотворение мира богом. Но, переходя к объяснению развития материального мира, он исходил из первоначал, намеченных еще античной натурфилософией. Одновременно он высказывал догадку о единстве и борьбе противоположностей. Основой материального мира Милеску Спафарий считал четыре стихии, или элемента: землю, воду, воздух и огонь. Все явления и тела в мире, по его мнению, состоят из различного сочетания этих четырех элементов, которые по своей природе противоположны и борются друг против друга. Борьба этих противоположностей может нарушить единство и привести к разрушению тел, к какому-то первоначальному хаотическому состоянию. И только верховная сила, «небо» наводит порядок среди этих элементов. Он писал: «Стихии, или элементы, сиречь начала мира, се есть земля, вода, воздух, огонь, яже всегда противоборствуют. И того от начал внутренних, сиречь качества ради противных, и их ради стояти мирно не возмогли бы, аще не имели едино небо правящее я, и устрояющее: паки возвратили бы ся во первое тщее и пропасть» (24, 126 об.). Аналогичных взглядов придерживалось большинство мыслителей того времени.