За годы Великой Отечественной войны Маргелов получил двенадцать благодарностей от Верховного Главнокомандующего Сталина за участие в освобождении и овладении рядом городов. Только в 1944 году таких благодарностей было объявлено пять: 13 марта — за участие в освобождении городов Берислава и Херсона, 28 марта — за участие в освобождении города Николаева, 10 апреля — за участие в освобождении города Одесса, 4 ноября — за участие в овладении городом Сольнок и 24 декабря — за участие в овладении городами Секешфехервар и Бичке.
В 1945 году семь: 13 февраля — за участие в овладении городом Будапешт, 25 марта — за участие в овладении городами Естергом, Несмей, Фельшегала и Тата, 3 апреля — за участие в овладении городами Мадьяровар и Кремница, 5 апреля — за участие в овладении городами Малацки, Брук, Превидзе и Бановце, 13 апреля — за участие в овладении городом Вена, 15 апреля — за участие в овладении городами Корнейбург и Флоридсдорф, 8 мая — за участие в овладении городами Яромержице, Голлабрунн и Штоккерау.
Уже незадолго до победы части и подразделения 49-й дивизии вступили в бой с эсэсовцами из дивизии «Мертвая голова». Преимуществом противника стала не только заранее подготовленная оборона, но и сама местность«ровная, как стол, и возвышающийся над равниной старинный замок, расположенный на холме с разбросанными вокруг домами небольшого австрийского городка» — Целлендорф.
Поэтому, несмотря на жестокий бой, взять его с хода никак не удавалось.
Первую скрипку в победе сыграл последний резерв комдива — учебный батальон, одной из рот которого всё-таки удалось зацепиться за окраинные дома. Вторую скрипку сыграют артиллеристы. Их подготовит непосредственно сам командир. Василий Филиппович несколько раз проиграет в тылу с истребительно-противотанковым дивизионом предстоящую операцию на схожей местности. А потом по приказу комдива двенадцать орудий, развернувшись в цепь, на предельных скоростях рванутся к Целлендорфу. И развернувшись в боевых порядках, откроют огонь прямой наводкой по огневым точкам немцев. А третью скрипку сыграет пехота, воодушевлённая мощной и неожиданной поддержкой. Пройдёт всего несколько часов и город будет очищен полностью.
О Победе В. В. Войцехович узнал в дороге. «Я как раз ушёл из госпиталя в Будапеште и на попутках добирался в свою часть. Маргелов дорожил своими людьми и нас учил: "Подтирайте задницу госпитальным направлением, и самостоятельно добирайтесь в нашу дивизию", мы так всегда и делали. Вот по дороге в дивизию я и услышал о Победе. Трудно, наверное, даже невозможно словами передать какая у нас была радость... А когда я прибыл в дивизию, Маргелов мне так сказал: "О, Робин Гуд вернулся. Ну, иди, принимай свою роту . У него присказка такая была, он всех подчинённых называл Робин Гудами.
Но у нас война 9 мая не закончилась. Мы стояли возле местечка Кефермаркт, Прегартен, это чуть севернее Линца, и через наше расположение к американцам стремился вырваться эсэсовский корпус, в составе которого были знаменитые дивизии: "Мёртвая голова", "Викинг", "Полицай". Прихожу к себе в роту, старшина моей роты Соколов добыл где-то "Опель-капитан", и решил похвастаться: "Товарищ капитан, давайте я вас с ветерком прокачу". А дороги в Австрии отличные, он разогнался, и мы влетели в деревеньку... полную эсэсовцев. Но они видно уже готовились к сдаче в плен и отнеслись к нам лояльно, к тому же Соколов не растерялся, вышел и попросил у немцев бензин, хотя нам он был не нужен. Немцы нас заправили, и мы уехали, хотя всё это время я ждал очередь в спину...
Потом я, конечно, сказал Соколову пару ласковых...
И только потом, а это было уже 11 мая, к немцам на "Виллисе" лично отправился наш комдив Маргелов...»
А речь шла о том, что целых три эсэсовские дивизии, узнав о безоговорочной капитуляции, собирались прорываться в Австрию, к американцам. Поручили решение этого сложного вопроса Маргелову, находившемуся от места расположения немцев недалеко... И Василий Филиппович, как всегда, идёт на риск, отправляясь в сопровождении начальника штаба, начальника связи (более или менее владеющего немецким языком) и нескольких офицеров в логово опасного и ещё сильного врага. С собой у них было личное оружие и ещё по пулемёту и по ящику гранат.
За ними следовала всего одна батарея 57-мм пушек.
Перед тем как отправиться на переговоры, Маргелов приказал командиру батареи:
— Установишь орудия на прямую наводку и, если я через десять минут из штаба фашистов не выйду, дашь залп!
Как вспоминает В. В. Войцехович, Маргелов «очень жёстко и решительно потребовал, чтобы они сдались в плен, ибо в противном случае, огонь всей артиллерии будет сосредоточен на них. Его угрозы подействовали, командир корпуса при нём же написал приказ о сдаче в плен, и немцы сдались без боя, и кто знает, сколько жизней наших солдат он спас... Те, кто был тогда с Маргеловым, рассказывали, что командир этого немецкого корпуса, старик лет шестидесяти, даже слезу пустил, когда подписывали тот приказ...
Когда немцы сдавали оружие, то наши солдаты начали отбирать у них часы, какие-то вещи, те заволновались, и тогда вмешался лично Маргелов, он это дело мигом прекратил, ведь он же обещал немцам сохранить все их награды, личные вещи».
Так без боя были взяты в плен 2 генерала, 806 офицеров и 31 258 солдат и унтер-офицеров. А кроме того, в качестве трофеев были захвачены: 77 танков и САУ, 5874 грузовых автомобилей, 493 легковых автомобилей, 46 миномётов, 120 пушек, 16 паровозов и 397 вагонов.
Именно при таких обстоятельствах и закончила войну 12 мая 1945 года 49-я гвардейская стрелковая дивизия блестящим бескровным пленением трёх отборных немецких соединений танкового корпуса СС.
«Май 1945 года, — пишет Б. Костин. — Маргелов расхаживает перед немецкими генералами. Гельмут Беккер, командир дивизии СС "Мёртвая голова", оставивший страшный кровавый след на советской земле, рядом с ним не менее известные генералы: командир дивизии "Великая Германия" и Полицейской дивизии СС. "Плюнуть бы им в хари, а затем кулаком вмазать, по-русски", — произнёс Маргелов, а потом добавил: "Войне п….ц! Вот вам х.., а не Россия! Ферштейн?" Последующий интернациональный жест, который продемонстрировал советский генерал со Звездой Героя на груди, не требовал перевода».
Дальнейшая судьба Маргелова распорядилась так, чтобы он попал на Парад Победы.
«Надо сказать, что из нашей дивизии в Параде участвовали десять человек, — вспоминает В. В. Войцехович,— хотя из других дивизий всего по одному-два... Авторитет у дивизии и лично у Маргелова был громадный. Отбор был очень строгий: учитывались боевые заслуги, физические данные, и что немаловажно, склонность к злоупотреблению алкоголем. Поэтому у нас на Парад поехал ряд действительно заслуженных офицеров».
