Произошла смена начальника Главного штаба - на место Галлера назначили И. С. Исакова, на место Исакова заместителем наркома по вооружению и кораблестроению пошел Галлер. "Роль штаба я понимал и старался придать ему должное значение, - писал однажды Николай Герасимович Алафузову. - Сам я по многим причинам, и прежде всего по сложившемуся прохождению службы, был в этом не силен и мог заполнить брешь хорошей "подпоркой" - теоретически подготовленным начальником ГМШ. Это и заставило меня искать замену Галлеру, которого я не только уважал, но любил за преданность делу, добросовестность, порядочность, пунктуальность и знание флотов. Будь я силен в теории и склонен к этой работе, Галлер, возможно, был бы не хуже Исакова".
В декабре 1940 года на расширенном Главном военном совете под председательством наркома выступил адмирал И. С. Исаков с обобщением и анализом опыта, уроков первого года второй мировой войны на море, разобрал вопросы взаимодействия армии и флота, организационные принципы, особенности морского боя, борьбы за коммуникации, значение различных видов морского оружия.
Историк А. В. Басов пишет, что из многочисленных мемуаристов главным образом Н. Г. Кузнецов касается проблемы стратегического применения флота. Еще в 1944 году он поместил в "Морском сборнике" статью о стратегических задачах флотов и флотилий. В своих работах Кузнецов "разбирает предвоенное строительство флота, боеготовность к отражению внезапного нападения, руководство использованием флота в ходе войны, а также участие флотов в решении отдельных оперативно-стратегических задач".
То, к чему пришли на Тихом океане - ступенчатая готовность, по приказу наркома ГМШ разрабатывал в масштабе всех флотов, точно определив, что следует понимать под каждой из трех ступеней. "Номером три обозначалась обычная готовность кораблей и частей, находящихся в строю... - писал в "Накануне" Кузнецов. - Они занимаются повседневной боевой подготовкой, живут обычной жизнью, но сохраняют запасы топлива, держат в исправности и определенной готовности оружие и механизмы". Готовность № 2 повышенная: "Корабли принимают все необходимые запасы, приводят в порядок материальную часть, устанавливается определенное дежурство. Увольнения на берег сокращаются до минимума. Личный состав остается на кораблях. В таком состоянии корабли могут жить долго, хотя такая жизнь требует известного напряжения". Высшая готовность - № 1. Ее объявляют, когда обстановка опасная, критическая. Все оружие и механизмы способны действовать немедленно, все по местам. По сигналу каждый корабль и каждая часть знают, что делать согласно заранее отработанным инструкциям, которые у них хранятся.
Еще в ноябре 1939 года, как писал Н. Г. Кузнецов в посмертно опубликованной "Морским сборником" статье, флоты получили приказы о трехступенчатой системе, и ГМШ постоянно контролировал тренировки, учебные переходы на повышенную готовность, вплоть до приема боезапаса и затемнения баз. Не меньше года понадобилось, чтобы флоты научились быстро и точно переходить на повышенную готовность... Шла упорная борьба за время - не только за часы, но и за минуты, даже секунды с момента подачи сигнала до доклада о готовности флота. Дважды в сутки начальник ГМШ, анализируя оперативные и разведывательные сводки флотов, докладывал наркому выводы об их действиях: "С начала 1941 года под контролем штаба были созданы боевые ядра во всех родах морских сил, организованы дозоры и разведка".
Флот видел, как нарастает угроза фашистского нападения: выгрузка орудий для установки береговых батарей в портах Болгарии и Румынии, переброска морем в Финляндию германских войск и техники, появление в нашей операционной зоне фашистских кораблей, "случайные", начиная с января полеты над Ханко, над Мурманском, а потом, в феврале, марте, апреле, открытое появление германских разведчиков над Либавой, над главными базами флотов, фотографирование стоянок. На запросы командующих, как поступать со шпионскими самолетами - они беспрепятственно просматривают базы и корабли, в марте 1941 года нарком через Главный морской штаб ответил приказом: открывать по нарушителям огонь без всякого предупреждения. 17 и 18 марта немецкие самолеты были несколько раз обстреляны над Либавой. Из ведомства Риббентропа посыпались протесты в наш Наркоминдел. Кузнецову был сделан строгий выговор и приказано немедленно отменить распоряжение. 1 апреля ГМШ дал новую директиву: "Огня не открывать, а высылать свои истребители для посадки противника на аэродромы". 5 апреля над Либавой поднялись истребители, пытаясь принудить фашистского разведчика к посадке на наш аэродром. Разведчик ушел, а в Москве германское посольство заявило протест: обстреляли, мол, "разведчика погоды". Ежедневно ГМШ посылал сводки о тревожных предвоенных случаях на море и получаемых из разных источников иных фактах в установленные адреса.
В мемуаристике существует записка Н. Г. Кузнецова от 6 мая 1941 года в правительство: "Военно-морской атташе в Берлине капитан 1 ранга Воронцов доносит... что, со слов одного германского офицера из ставки Гитлера, немцы готовят к 14 мая вторжение в СССР через Финляндию, Прибалтику и Румынию. Одновременно намечены мощные налеты авиации на Москву и Ленинград и высадка парашютных десантов в приграничных центрах..." Воспроизведено и мнение Кузнецова: "Полагаю, что сведения являются ложными и специально направлены по этому руслу, с тем чтобы проверить, как на это будет реагировать СССР". Что ж, были у Кузнецова основания считать это сообщение "проверочным"? Мог он быть осторожным в оценках, не зная всего объема получаемой правительством информации? В конце января в наркомат приходил японский военно-морской атташе, возвратясь из поездки в Берлин. Он странно и противоречиво успокаивал собеседников, что в Болгарии войска "партнера по оси" нацелены, мол, на колониальные владения Англии, но тут же почему-то "предостерег": "Не исключено столкновение между Берлином и Москвой"! Дипломаты не бросают случайных фраз, тем более военные агенты. Шла какая-то игра. Важно, что нарком ВМФ, докладывая, как и положено, о каждом подобном факте, делал правильный вывод: 7 мая всем флотам он приказал усилить разведку и дозорную службу.
ГМШ и политорганы без шума, без суеты готовили моряков к опасности нападения, приучали флот к мобилизации по сигналу, а на время учений в мае июне дали четкое указание: если появятся неизвестный подводные лодки или авиация, применять оружие. В июне на двусторонние учения Черноморского флота совместно с войсками Одесского военного округа выехал адмирал И. С. Исаков. Нарком условился, что даст сигнал, если обстановка станет чрезвычайной. Флоту держать оружие в готовности № 1. На учениях Исаков предупредил высших командиров о возможном нападении Германии, сообщил, что по сигналу из Москвы флот должен будет применить оружие. Бригадный комиссар И. И. Азаров, посланный на учения с группой политработников, получил указание наркома и армейского комиссара И. В. Рогова прямо объяснять политработникам на кораблях, что оружие приводят в готовность на случай нападения фашистов. Так совпало, что на кораблях 14 июня приняли сообщение ТАСС, отвергающее "слухи о возможности войны" как "провокационные".
