Вернулся — вступил в партию, кандидатом приняли еще на Балтике, в штабе флота. Один из рекомендателей — все тот же Степанов, его черноморский комиссар. Отношение к вступлению в партию он выразил в одном из писем жене с фронта. Гордей Иванович Левченко, адмирал, сообщил ему в июле 1941 года, что Ольга Васильевна принята парторганизацией Академии наук кандидатом в члены ВКП(б) и, как многие женщины Москвы, во время бомбежек тушит на крышах зажигалки. Исаков писал жене: «Слыхал от Гордея о твоем большом и решающем шаге в жизни. Собственно, это новая жизнь, дорогушка — в партии. Горжусь тобой…»
После поездки в США Исаков получает новое задание — вести в Таллине и Риге переговоры с буржуазными Эстонией и Латвией об аренде военно-морских баз на Балтике. Третий раз — в бывший Ревель, где начинал морскую службу и где не был с 1922 года.
Кабанов, тогда комбриг, его ближайший помощник в этой командировке, подробно рассказал в книге «На дальних подступах» о поездке в специальном вагоне с Исаковым в Эстонию, о штабе на колесах в тупичке таллинского вокзала, о напряженной атмосфере того времени в Прибалтике и устройстве передовых баз флота там, куда уже подступала вторая мировая война. «Мы надеялись на отсрочку, так и оценивали столь неожиданный пакт с фашистской Германией, — писал Кабанов. — Год отсрочки или пять — никто этого не знал. Но война будет, это понимал каждый военный человек. Так называемая «Балтийская Антанта» — Эстония, Латвия и Литва, связанные военным договором, — вела игру и с англичанами, и с немцами. До подписания пакта в нашей печати мелькали сообщения о проникновении фашистской военщины в Эстонию, о зависимости этой страны от германского капитала. На командных пунктах артиллерии висели, как я уже говорил, силуэты английских крейсеров — англичане ведь дважды (в Крымскую войну и после Октября) ходили войной в Финский залив. Впрочем, если быть точным, в душе у каждого… жило убеждение, что, несмотря на пакт, воевать будем против фашистов».
Когда-то в Астрахани, на 12-футовом рейде, Исаков осуществлял — и с успехом — стратегическое развертывание против белых, решающее для последнего на Каспии сражения за Советскую республику. Здесь, на Балтике, в масштабе, несравнимом с Астраханью, тоже надо было упредить будущего противника стратегическим развертыванием флота, зажатого с восемнадцатого года с помощью германских же милитаристов в восточной части Финского залива. Исаков, хорошо зная Балтику и оперативные задачи флота в случае войны на ней, активно участвовал в этом стратегическом развертывании. Он руководил передислокацией КБФ в Таллин, Палдиски, Либаву, Виндаву и к архипелагу, где еще в юности получил боевое крещение. Будущему строителю береговой обороны Балтийского района и командующему БОБРа генералу Кабанову он дал прочесть одну из лучших книг о Моонзундском архипелаге, боях за него в семнадцатом году и его значении для владения Балтикой — эту книгу Косинского, довольно редкую, изданную в двадцатые годы Военно-морской академией, Исаков захватил с собой в вагон. Как всегда, Иван Степанович практическое решение важной задачи старался прочно связать с военной наукой и этому учил других командиров. Недаром Кабанов, суровый, героический и скупой на похвалы человек, с глубоким уважением говорил о совместной работе с Исаковым, о его лекциях, об удивительном умении, ставя задачу, лаконично и точно раскрыть перед командиром ее оперативно-стратегический смысл.
Флот вышел на оперативный простор — давняя надежда каждого балтийца и насущная необходимость перед фашистским нападением. Кто знает, как сложилась бы для Балтики и для Ленинграда война, не займи флот этих стратегических позиций.
Но с севера Кронштадт и Ленинград находились в пределах досягаемости огня «линии Маннергейма». Исаков, как и все поколение людей революции, не забыл блокаду Кронштадта с моря, набеги из операционной базы германской эскадры в Бьёркезунде, не забыл и «Кронштадтскую побудку», устроенную англичанами из тех же вод, — повторение чревато катастрофой.
Когда начался вооруженный конфликт с Финляндией, Исакова послали в Кронштадт — координировать с фронтом действия КБФ. Свою третью войну он провел не только в Кронштадте, в кабинете на командном пункте. В декабре 1939 года, когда эскадра вышла в Бьёркезунд, чтобы нанести удар по береговым батареям противника и поддержать огнем фланг армии, Исаков был в бою на мостике «Марата». В те дни он получил орден Красного Знамени.
Подступала четвертая война, та, которую он «так ясно предвидел». В декабре 1940 года на сборе командующих флотами и флотилиями Исаков прочел острый доклад-анализ — по свежим следам первого года мировой войны: взаимодействие армии и флота; операции на коммуникациях; особенности морского боя; значение различных видов морского оружия; организационные принципы современных операций. Какое унылое словечко XX века — «доклад». Но ведь каждое выступление адмирала Исакова, как и каждая его статья, становилось событием. Даже его предисловия к книгам не были обычными предисловиями. Любопытен отзыв адмирала Юрия Александровича Пантелеева о предисловии к переизданному в 1956 году переводу материалов комиссии по изучению результатов стратегических бомбардировок авиации США:
«…Русскому переводу книги «Кампании войны на Тихом океане» предшествует обстоятельное предисловие, написанное профессором Адмиралом Флота Советского Союза И. С. Исаковым. Предисловие по существу является самостоятельным исследованием, исторической монографией… В предисловии, объяснены причины войны и показана предвзятость в описании результатов боевых действий флота США. Оно не только помогает читателю разобраться в книге, искусственно усложненной авторами отчета, но и побуждает его глубоко задуматься над многими важными вопросами. В предисловии разъясняется недопустимость поверхностной оценки иностранных источников для научного исторического исследования, а также некритического разбора действий наших армий и флотов во время Великой Отечественной войны. Предисловие является своего рода наставлением к тому, как следует изучать и пользоваться иностранными книгами, посвященными исследованию опыта второй мировой войны…»
Так все годы работал Исаков-ученый, не теряя связи с Военно-морской академией, не только как ее то начальник, то куратор, но и как исследователь, лектор, педагог.
Флот, как известно, встретил войну в состоянии повышенной готовности, о чем ярко и точно рассказал в книге «Накануне» первый из флагманов того времени Н. Г. Кузнецов. Немалая в том заслуга и адмирала Исакова, и таких адмиралов — военачальников и командующих флотами перед войной и до ее конца, как Алафузов, Галлер, Головко, Трибуц, Октябрьский, Юмашев. Много страниц посвятил Исакову бывший нарком, нет смысла и возможности их пересказывать, его книги надо прочесть. Доброе слово об Иване Степановиче сказал маршал Г. К. Жуков, уполномоченный ГКО в блокадном Ленинграде Д. В. Павлов, маршал И. X. Баграмян, генерал армии И. В. Тюленев, соратники и свидетели его самоотверженного воинского труда.
