Параллельно с розыском Геннин занимался и изучением положения уральских казенных заводов. Нашел он их, естественно, в крайне запущенном состоянии, что усугублялось бестолковым руководством Михаэлиса. Следуя путем Татищева, Геннин приходил к тем же выводам, которые ранее излагал в своих записках Татищев. Была лишь одна разница: многое, о чем безуспешно просил Татищев, Геннин мог теперь сделать собственной властью. В этом и заключался порядок, когда не «законы», а «персоны» осуществляют власть. Геннин был доверенным лицом императора, и навстречу любым его пожеланиям спешили все административные и финансовые службы.
Татищев всюду в поездках сопровождал Геннина, так как должен был давать пояснения, как он предлагал решить тот или иной вопрос. И во всех случаях, когда, например, мнения Татищева и Михаэлиса расходились, Геннин оказывался на стороне Татищева. Это ярко проявилось на одном из главных спорных вопросов — о постройке завода на Исети. Геннин не только решительно поддержал татищевский проект, но немедленно начал строительство здесь завода и крепости, куда им был истребован из Тобольска целый полк солдат. В июне 1723 года здесь уже был Екатеринбург. Сюда же (соответственно замыслу Татищева) были переведены и административные службы, «понеже, — как пояснял Геннин, — здесь новостроющиеся Катеринбургские заводы между всех других в самой середке лежат».
Зная об отношении Петра к Геннину, и Черкасский вел себя значительно смелее. Он без колебаний выделил Геннину тридцать тысяч рублей на строительство города и отпускал практически все, что просил у него Геннин. Правда, тот все-таки отмечает в письме к Петру, что Черкасский «человек добрый, но не смел». Он советует императору: «Дай ему мешочек смелости и судей добрых людей».
Поддержал Геннин и многие другие проекты Татищева. Воспользовавшись проездом через Уктус губернатора Черкасского, он подал ему ряд предложений, в том числе о перенесении Ирбитской ярмарки на Исеть. Согласился он также с предложением закрыть медный завод в Кунгуре, как не обеспеченный близко лежащими медными рудниками, и открыть таковой на реке Мулянке (близ нынешней Перми), что и было осуществлено. Попытался Геннин начать и реализацию татищевского плана соединения приуральской и северной водных систем. По его заданию была осуществлена съемка местности, и в конце 1724 года он направил Петру проект сооружения канала, который должен был соединить обе системы. Но Петр 28 января 1725 года скончался, не успев принять какое-либо решение.
Геннин во многом был человеком иного склада и иных воззрений, нежели Татищев. В отличие от Татищева он избегал «поротых ноздрей», полагая, что «непристойно таких людей под командой иметь». Он устраивал жестокие расправы над беглыми, вешая их целыми партиями, и угрожал, что «ежели не перестанут бегать, то и жесточе буду поступать». Геннин и действительно вводит такие наказания (вешание за ребра, колесование), которые не только Татищеву, но и привыкшей ко всему администрации казались чрезмерными. Явное предпочтение оказывал он и иностранным специалистам перед русскими (при прочих равных данных), что нашло отражение и в переименовании созданного Татищевым управления — Высшего горного начальства — в Обер-бергамт. Но он умел ценить знания и добросовестность как в ближайших сотрудниках, так и у работных людей.
Геннину удалось сделать кое-что из того, на что у Татищева не находилось средств, в частности, несколько поднять жалованье сотрудникам. С просьбами подобного рода он обращается непосредственно к Петру. Необходимость увеличения жалованья управителям он обосновывает тем, что «здесь деревень ни у кого нет, а есть всяк хочет». Некоторую прибавку с санкции опять-таки самого императора получили и работные люди. Жалуется Геннин и на собственную неустроенность: «Никогда я жалованья без злобы и спора, а фуража и весьма лет с 10 получить не мог». Именно такое положение очень часто вынуждало администрацию к незаконным поборам с населения. «В Петербурге, — писал Геннин, — для нужды до жалованья занять можно, здесь же не у кого». Петр положительно рассмотрел жалобу своего эмиссара, настаивая на выплате казной начиная с 1724 года твердого жалованья уральским сотрудникам. Но казна не в состоянии была распространить это решение на все категории служащих.
Отношения между Татищевым и Геннином оставались довольно сложными. Сначала вынужденные, а затем и непроизвольные беседы с Татищевым несколько рассеяли предубеждение, существовавшее ранее у Геннина. Он все более проникается уважением к его знаниям и сноровке. Уже в декабре 1722 года он просит Брюса отменить указ об отстранении Татищева от дел, «понеже здесь людей, способных к строению заводов, не имею, наипаче же ежели отлучусь или, волею божиею, занемогу, то дела моего приказать некому. А его вины такой, для чего б весьма отрешить надлежало, не нахожу. К этому ж он здесь о всем известен и к строению заводов удобен, и вижу его в том радение и искусство». Геннин уведомляет, что «того ради определил я его к оному делу, до указа».
Решение Геннина вряд ли особенно воодушевляло Татищева. Ему было, конечно, нелегко оставаться в столь ложном положении, когда другим людям оказывали честь за реализацию его предложений, а иные его начинания гибли из-за того, что он теперь был. отнюдь не первым человеком на Урале. Многого Геннин делать и не умел, во что-то ему не хотелось вмешиваться. В письмах к Брюсу Татищев выражает тревогу по поводу хода дел на Урале. Он заверяет, что не сомневается в благополучном исходе розыска, но весьма беспокоится по поводу усугубления беспорядков в заводском хозяйстве. «На здешние Горного начальства дела, — пишет он, — с сожалением смотрю, ибо многие указы и дела, решения и исполнения требующие, лежат и исполнять некому: советник (то есть Михаэлис) не хочет, бергмейстер (Блиер) також опасается, яко чужеземец, дабы неведением не попасть в погрешность, а берг-фохг Патрушев болен, и русскаго такого, кто б вместо меня в денежных расходах и приказных делах им помоществовать, никого нет, а генерал-майор (то есть Геннин) також вступаться не хочет. И хотя мне дела до онаго бы не было, однакож, опасаясь большего непорядка, не мог удержаться, чтобы вашему сиятельству не донести, дабы заблаговременно определением добраго управителя вредам предлежащим предуспеть соизволили прекратить сие».
Беспорядок в финансовых и административных делах, помимо прочего, приводил к огромному перерасходу средств и удорожанию себестоимости продукции. Геннин действительно не слишком следил (и не умел следить) за тем, во сколько обходится то или иное производство или строительство. Но он, конечно, понимал, что это важно и что это умеет делать Татищев. Поэтому он вновь и вновь просит возвращения в строй Татищева.