Помимо усмирения восставших городов, необходимо было преодолевать трудности, возникшие в связи с папским престолом. После смерти Адриана IV сторонники императора избрали на этот пост Виктора IV, а его противники — Александра III. Церковный собор, созванный Фридрихом I, объявил Александра низложенным, а тот, в свою очередь, отлучил императора от церкви, а его вассалов освободил от присяги. Поход на Рим был неизбежен.
В мае 1161 года, вернув войска из Германии и созвав итальянских вассалов, Фридрих Барбаросса вновь осадил Милан. Через десять месяцев горожане сдались на милость победителя. Император велел жителям покинуть город с тем имуществом, которое они смогут унести, и расселиться в неукрепленных городах. Милан по приказу Фридриха I был полностью разрушен. После такого сокрушительного поражения сдались остальные восставшие города. Жителям было велено разобрать городские стены, выплатить контрибуцию и принять наместников. Главный оплот недовольных имперской политикой — Ломбардия — пал, и Барбаросса начал готовиться к походу на Рим. Но в 1163 году восстали северо-восточные города Италии — Верона, Венеция, Виченца и Падуя. Сил для осады таких крупных городов у императора не было, и он вновь вынужден был вернуться в Германию. Весной 1165 года, собрав большое войско, Фридрих двинулся прямо на Рим. В 1164 году избранный сторонниками императора папа Виктор IV умер, и его место занял Пасхалий III. Барбаросса, оккупировавший к июню весь левый берег Тибра, предложил обоим папам сложить с себя сан и провести новые выборы. Александр III к неудовольствию горожан, желавших избежать кровопролития, отказался от предложения императора. Теперь римляне были против несговорчивого папы, а не Фридриха I. Александру III пришлось бежать из города, а император торжественно въехал в Рим. Папе Пасхалию III не оставили былых папских полномочий и власти. Для укрепления императорской власти сенат и префектура города подчинялись отныне императору лично.
Но радость победы была внезапно омрачена жестокой эпидемией чумы, вспыхнувшей в германском войске. Фридрих I поспешно повел остатки своей армии на север, где обнаружил совсем не радостную для себя картину. К восставшим ранее северо-восточным городам примкнули практически все северные города Италии. Оставшийся почти без войска император был вынужден пассивно наблюдать за разгорающимся восстанием. К концу 1167 года 16 восставших городов объединились в Ломбардскую лигу и поклялись вести войну до тех пор, пока не вернут отобранных императором прав и свобод. В начале следующего года Фридрих I тайно вернулся в Германию.
Только в 1173 году император объявил о решении выступить в поход против Ломбардской лиги. Он объявил вербовку брабантских наемников и в сентябре следующего года в пятый раз перешел Альпы. После полугодичной осады Александрии Фридрих был вынужден распустить наемников из-за нехватки средств и начать переговоры, которые не дали никаких результатов. Оставалось одно — вновь готовиться к войне, что с каждым разом становилось все труднее. К 1176 году Барбароссе с трудом удалось набрать несколько тысяч солдат и двинуться на вновь отстроенный Милан. Германская и ломбардская армии встретились под Леньяно. Перевес был явно не в пользу первых, но немецкие рыцари храбро сражались, пока лично участвовавший в схватке Фридрих I не был выбит из седла. Слух о его смерти мигом пронесся по войску и подорвал моральный дух воинов: бросив оружие, они бежали с поля боя. После такого позорного поражения позиции императора в Италии пошатнулись, и ему пришлось пойти на серьезные уступки, в том числе признать законным папой Александра III. Попытка переговоров с восставшими северными городами вновь не принесла результатов, и в июле 1177 года в Венеции Фридрих, подписав с ними перемирие сроком на шесть лет, вернулся на родину.
В Германии вновь вспыхнула старая вражда с Вельфами. Генрих Лев отказался принять участие в последнем походе императора на Рим, и, вернувшись домой, Фридрих воспользовался жалобой одного епископа на мятежного герцога, чтобы отомстить. Генрих Лев был вызван к королю для рассмотрения жалобы, но не приехал; не явился он и на съезд в Магдебурге. Это послужило поводом для обвинения Генриха Льва в мятеже. В 1180 году он был приговорен к лишению всех своих владений и привилегий. Однако через год непокорный герцог вымолил себе прощение и получил обратно часть Саксонских земель, но все же был отправлен на несколько лет в ссылку за пределы Германии.
Понемногу налаживались и дела в Ломбардии. В 1183 году был подписан мир с Ломбардской лигой, которая признавала императора своим сюзереном, а тот, в свою очередь, вернул им прежние привилегии, в том числе право возводить укрепления вокруг городов. В 1186 году Барбаросса добился брака своего сына и наследника на императорском престоле Генриха с наследницей Сицилийского королевства Констанцией, что впоследствии принесло Гогенштауфенам Сицилию. Мир в Италии и Германии был восстановлен, и ничего более не мешало Фридриху I всерьез заняться подготовкой к крестовому походу.
Весной 1189 года войско Фридриха I Барбароссы, объединившись с армиями французского короля Филиппа II Августа и английского короля Ричарда Львиное Сердце, покинуло германские земли, и уже летом крестоносцы достигли Византии. Здесь возникли разногласия между правителями Римской и Византийской империй. Последний потребовал от Фридриха I заложников и части будущих завоеваний. Послов Барбароссы император Исаак Ангел заточил в тюрьму. После этого переговоры были прерваны, и войско крестоносцев двинулось на Константинополь, опустошая все на своем пути. В конце осени они взяли город Адрианополь, после чего Исаак Ангел вступил в переговоры, результатом которых стало соглашение, согласно которому Фридрих I обещал не проходить через Константинополь, а византийский император предоставлял его войскам продовольствие и обеспечивал переправу через Босфорский пролив.
Крестоносцы продвигались по территории Малой Азии, успешно отбивая атаки конницы мусульман. Войско трех наиболее влиятельных европейских правителей было огромным по тем временам — около 100 тысяч человек, и, казалось, ничто не предвещало беды, однако Святой Земли Фридрих I Барбаросса так и не достиг. 10 июня 1190 года, переправляясь верхом через реку Салеф, император утонул. После его гибели немецкое войско, оставшись без предводителя, начало распадаться и частями возвращаться на родину.
Преемником Фридриха I Барбароссы еще при жизни императора был назначен его сын Генрих VI, управлявший государством во время многочисленных военных походов отца. Это был человек слабого телосложения, но обладавший сильным характером и недюжинным умом. Как и его отец, Генрих был чрезвычайно властолюбив и стремился к достижению своей цели всеми мыслимыми и немыслимыми способами. Начало его правления ознаменовалось новой вспышкой вражды с Вельфами. Вернувшийся в 1189 году из ссылки Генрих Лев сделал попытку овладеть принадлежавшей ему некогда Саксонией. Новый правитель со своим войском нанес мятежному герцогу тяжелое поражение, и в следующем году между врагами был заключен мир. В апреле 1191 года молодой германский король получил из рук папы Целестина III императорскую корону. Годом ранее произошло неприятное событие: сицилийская корона, которая должна была после смерти короля Сицилии Вильгельма II перейти Констанции, жене Генриха, была незаконно отдана норманнскими баронами в руки побочного сына ее брата. После принятия императорского титула новый правитель «Священной Римской империи» решил разобраться с Сицилией и распространить свою власть на всю территорию Италии. Начал он свое наступление с южных земель, где сосредоточилось наибольшее число его недоброжелателей. Уничтожая по пути всех оказывавших сопротивление, в мае 1191 года войска Генриха VI подошли к хорошо укрепленному Неаполю и взяли его в осаду, длившуюся четыре месяца. Горожане мужественно оборонялись, в германском лагере от жары вспыхивали различные эпидемии, не обошла болезнь и императора. В результате он был вынужден снять осаду и покинуть Южную Италию.
