Уже в январе 1904 года рождается их первый сын, которого назвали Павлом. Прожил он только один месяц. В его смерти Надежда Ивановна винила себя. «Мне трудно быть покойной, — писала она мужу, — зная, что я сама сгубила нашего крошку, не могу примириться с этой мыслию».
С 1903 года Иван Павлович устраивается на службу в Управление государственными сберегательными кассами. Работа была связана с ревизиями, а следовательно — и с многочисленными поездками. Вот почему родившийся в декабре 1905 года второй сын Даниил видел отца весьма нечасто. Даже имя, которое следовало дать сыну, Ювачев диктовал по телефону. Вторая жена Хармса Марина Малич впоследствии вспоминала со слов мужа:
«Даня рассказывал мне такую историю. Отец его был приглашен на финку[1] к Толстым. Мать Дани ‹...› была на сносях, ждала ребенка. Иван Павлович позвонил ей по телефону из Ясной Поляны и кричал довольно громко, потому что такие были телефоны и только так его было слышно. Он сказал: „Будь осторожнее, роды уже близко. Ты разрешишься 30 декабря. И родится мальчик. Назовем его Даниилом“. Жена что-то возражала. Но он ее оборвал: „Никаких разговоров! Он будет Даниил. Я сказал“».
В своем дневнике он так записал причины выбора имени: «Пришел батюшка и стали решать вопрос, как назвать сына. Сообща решили назвать Даниилом. Во 1) сегодня память Даниила, 2) 12 дней тому назад в 6-м часу видел во сне его, 3) по имени его „Суд Божий“[2] можно назвать и свои личные страдания 14 дней и „революцию России“ 4) самый дорогой пророк для меня, из которого я строю свою философию...» Позже в семье Ювачевых родились еще две дочери, одна из которых, Елизавета, прожила долгую жизнь (1909—1992), а другая — Наталья — умерла в детстве (1912—1916 или 1917).
Пятого (18) января Даниил был крещен в церкви собора Пресвятой Богородицы при «Убежище принцессы Ольденбургской». Крестными были его дядя Петр Павлович Ювачев и тетя Наталья Ивановна (сестра Надежды Ивановны).
Мать и отец Даниила постоянно переписывались, когда отец был в поездках, и по этим письмам мы можем получить некоторое представление о том, как Даниил рос и воспитывался. 13 декабря Надежда Ивановна пишет мужу: «Сегодня получили 3 твоих письма, от 10 и 11, и открытку. Данюк в восторге, все время носит это письмо и всем читает, но никто ничего не понимает». 16 июня 1910 года: «Даня всем рассказывает, что у него папа студент и учит гимнастике, откуда он это взял, неизвестно, вообще врет много».
Достаточно рано Даниил познакомился с православной символикой. 4 февраля 1907 года его мать сообщала: «Научился он креститься и все крестится и кланяется», а 22 октября 1910 года: «Сегодня был молебен. Данила все время стоял, молился и, когда клал земной поклон, то руки на полу складывал так, как делаешь это ты, и следил, чтобы и все так делали».
Отец давал советы по воспитанию сына в письмах. Сам он был аскетом, питался очень скромно, не любил никаких излишеств и обычно довольствовался самым малым — это была привычка еще со времен заключения. Сына он тоже советовал воспитывать в строгости, однако мать не очень старалась выполнять эти указания. Она очень любила Даню и порой баловала его.
Рос он способным ребенком. Достаточно рано научился читать (ему не было еще и пяти лет). 18 октября 1910 года Надежда Ивановна писала мужу, что сын «ужасно занят книгами, теперь это его более всего занимает, но я не позволяю ему много читать, а то по ночам во сне все болтает, если ему много читать. Наизусть катает целые рассказы». 1 ноября 1910 года она продолжает эту тему: «Данилка страшно увлекается опять книгами и даже просит меня ничего ему на именины не дарить, кроме книг». Видимо, поэтому в 1912 году она отвечает Ивану Павловичу на его пожелания интенсивнее развивать сына: «Развивать Даню нечего, он для своих лет развит слишком много. Занимается прекрасно, с таким вниманием, глаз не поднимет, пока идет урок, на что-либо, не касающееся урока, так чего еще от него ты хочешь?» Особенно интересно ее письмо мужу от 27 июня 1911 года, в котором она сообщает, что сын «все время строит какие-то машины, водопроводы, фантазия у него так разыгрывается, что он без конца рассказывает, какая для чего у него машина состроена». Вероятно, любовь Ювачева-Хармса к созданию не имеющих явного прикладного смысла «сооружений», о которой писали впоследствии многие знавшие его мемуаристы, закладывалась именно в первое десятилетие его жизни.
Даниил получил неплохое домашнее образование. Немецкому языку его обучала учительница-немка, а отец учил английскому. В 1912 году, то есть в шесть лет, он уже не только свободно читал, но и писал, причем, как отмечала мать, «очень грамотно». А в 1915 году он поступил в первый класс реального училища (Невский проспект, 22а), которое входило в состав Главного немецкого училища святого Петра в Петрограде (Петришуле или по-немецки — St. Petrischule). Учеником он был старательным, хотя одноклассники впоследствии вспоминали о его любви к розыгрышам: то он играл во время уроков на валторне (!), то упрашивал учителя не ставить ему двойку, изображая «сироту», и т. п. На время первых лет его учебы в Петришуле приходится и первое свидетельство о том, что Даниил пытался писать что-то самостоятельное. Мы находим его в письме тетки Натальи Ивановны Колюбакиной от 3 марта 1916 года, в котором она сообщает, что «Данила сидит рядом со мной и пишет какую-то сказку для Наташи — произведение собственной фантазии».
Революция и Гражданская война прекратили занятия в школе. Сначала Ювачевы еще пытались продолжать учить сына дома. Но потом стало ясно, что речь идет уже не об обучении, а о спасении жизни — в Петрограде начались голод, разруха и болезни. Поэтому в 1918 году родители увозят сына в Хвалынский уезд Саратовской губернии, где жили родственники Надежды Ивановны. В 1919 году они возвращаются обратно, и Даниил проводит лето в Детском Селе (так стало называться Царское Село после революции) у Натальи Ивановны Колюбакиной — своей тетки и крестной.
В январе 1920 года его мать поступила на работу — она стала кастеляншей в Барачной больнице им. С. П. Боткина, и туда же было решено устроить Даниила. В течение года (с 13 августа 1920-го по 15 августа 1921-го) он числится «подручным монтера» в этой же больнице. Таким образом, первые деньги для семьи он заработал уже в 14 лет.
Боткинская больница дала Ювачевым не только работу, но и жилье. С 1920 года они поселились в здании бывшей больничной прачечной по адресу: Миргородская улица, д. 3/4, кв. 25, где семья прожила до конца 1925 года. Отец продолжал служить «по финансовой части»: после февраля 1917 года он работал старшим ревизором Государственных сберегательных касс, а после октября — старшим инспектором Центрального бюджетно-расчетного управления Наркомата финансов. В 1923—1924 годах он уже был заведующим счетным отделением рабочего комитета на строительстве Волховской ГЭС.