Не могли не ободрить Печерского и такие слова Чернышевского: «Надобно жалеть о том, что он пять или шесть лет молчал, напечатав своих «Красильниковых». Если он опять вздумает поступить так же после «Пояркова», на нем будет тяжелая вина, которой не простит ему никто из его почитателей, — он должен писать». Мельников-Печерский откликнулся на поддержку «Современника» и в следующем году опубликовал на его страницах «Бабушкины россказни», а еще через год рассказ «Гриша».
С 1859 года Мельников-Печерский становится редактором газеты «Русский дневник», правда, издательское дело доставляло ему одни неприятности: с одной стороны — подписчиков оказалось немного, и газета приносила одни убытки; с другой — благоволивший к Мельникову министр внутренних дел Ланской поставил вопрос прямо: или газета, или служба. Не имея достаточных средств к жизни, П. И. Мельников с 5 июля 1859 года прекратил выпуск газеты. К тому же в начале года цензура запретила сборник его рассказов, хотя все они по отдельности были опубликованы в периодической печати.
В «Русском дневнике» Мельников-Печерский успел напечатать рассказ «На станции», несколько передовых статей и семь «фельетонов» о «Зоузольцах» (так он называл людей, живущих за рекой Узолою). В какой-то мере «Зоузольцы» окажутся неким прообразом его будущего романа «В лесах». После закрытия «Русского дневника» Мельников-Печерский активно сотрудничает в газете «Северная пчела», в которой он напечатал немало статей, в том числе статью о пьесе Островского «Гроза», рассказы «У Макарья», «В Чудове» и пять «Писем о расколе». С 1863 года Мельников-Печерский вновь возобновляет свои отношения с «Русским вестником» и с 1863 года по 1869 год опубликовал в нем целый ряд материалов о расколе («Старообрядческие архиереи», «Исторические очерки поповщины», «Счисление раскольников», «Тайные секты», «Белые голуби»).
Еще в 1862 году в «Северной пчеле» П. И. Мельников заявил: «Раскольники не заключали и не заключают в себе ничего опасного для государства и общественного благоустройства: двухсотлетнее преследование их и ограничение в гражданских правах поэтому было совершенно излишне и даже вредно, и раскольники вполне заслуживают того, чтобы пользоваться всеми гражданскими правами». И далее: «Я сам прежде смотрел на раскол, как и другие авторы…»
Действительно, взгляды П. И. Мельникова на раскол за десять лет очень изменились, но за это время изменились не только его взгляды, но и суть самого раскола. Сейчас может показаться, что П. Мельников многие годы своей жизни отдал изучению мнимой проблемы, но это далеко не так. Возьмите капитальную работу Г. Плеханова «История русской общественной мысли», и вы обнаружите, какое огромное значение в развитии русской общественной мысли (начиная с середины XVII века) имел раскол. Со второй половины XIX века его значение начало падать, среди русских писателей XIX века Мельников-Печерский оказался почти единственным его исследователем, историком и летописцем.
Как известно, поводом к расколу послужила церковно-обрядовая реформа Никона, которую он начал проводить с 1653 года. Он настаивал на ликвидации местных различий в церковных обрядах и на унификации русских богослужебных книг на основании греческих богослужебных источников. Нововведения Никона были одобрены церковными соборами 1654–1655 годов. Противники Никона не приняли постановлений этих соборов, и произошел раскол, борьба с которым на протяжении двух веков не принесла победы официальной церкви и правительству. «При Петре Великом, — писал в 1857 году П. И. Мельников, — раскольников едва ли было более полумиллиона; теперь их до десяти миллионов обоего пола».
В конце XVII — начале XVIII века среди раскольников образовалось два главных направления: поповцы и беспоповцы. Первые признавали необходимость церковной иерархии, вторые ее отрицали. Казалось бы, для правительства и официальной церкви большую опасность должны были представлять беспоповцы, более склонные к сектантству и оппозиции властям. Раскольники довольно активно (особенно беспоповцы) поддерживали Разина, Булавина, Пугачева. Однако к середине XIX века (как раз к тому времени, когда П. Мельников стал активно интересоваться расколом) на территории Австрии в Белой Кринице была образована старообрядческая митрополия во главе с боснийским архиепископом Амвросием.
«Из первого манифеста Белокриницкого (в ноябре 1846 г.), разосланного по России, — писал П. И. Мельников, — русские раскольники узнали, что митрополит Амвросий был милостиво принят императором Фердинандом, получил от него охранную грамоту, с почетом был принят львовским губернатором и с торжественностью следовал из Львова в Белую Криницу. Во время последней войны русские раскольники узнали, что 6-го января 1855 года, когда митрополит Кирилл совершал крестный ход освящения воды, его сопровождал эрцгерцог австрийский, и, когда Кирилл погружал крест, австрийская артиллерия делала выстрелы».
«Наполеон I сделал страшную ошибку, войдя в Москву. Если бы он, притворявшийся в Египте мусульманином, вместо того, чтобы превращать кремлевские соборы в конюшни, взял бы с Рогожского кладбища раскольнического попа, заставил бы его отслужить в Успенском соборе обедню и объявил бы восстановление в России старой веры и старого быта, обошел бы с раскольниками крестным ходом Кремль Московский — война 1812 года имела бы другой исход», — делает предположение П. И. Мельников, однако его не столько интересует прошлое, сколько будущее. «Австрия с Белокриницкою митрополею, — продолжает он, — обходится не так, как Наполеон I обходился с православием… Что если у нас произойдет разрыв с Австриею, и впереди австрийских войск явится на русской земле митрополит Кирилл в древнем облачении русских святителей?.. Своим осьмиконечным крестом он принесет тогда нам в сто раз больше вреда, чем штуцеры и улучшенные осадные орудия англо-французов… Австрия нам страшнее всякого другого врага. Она страшнее нам всей остальной Европы, ополчившейся на нас».
С началом реформ прекратились гонения на раскольников, в 1862 году в Москве был создан «духовный совет», нечто вроде старообрядческого синода (потому-то П. Мельников и заявил в 1862 году в «Северной пчеле», что раскольники не заключают в себе ничего опасного для государства), а в 1863 году русские раскольники порвали с Белокриницким митрополитом и возвели своего архиепископа в сан «митрополита Московского и всея России».
Теперь раскол как государственная проблема П. И. Мельникова перестал интересовать, хотя он по-прежнему интересуется и расколом, и раскольниками, но то уже интерес не чиновника, а историка и писателя. В 1864–1865 годах П. И. Мельников работает редактором внутреннего отдела газеты министерства внутренних дел «Северной почты». В апреле 1864 года он был произведен в действительные статские советники, а в августе 1866 года вышел в отставку и переехал в Москву. В следующем году в «Русском вестнике» опубликовал историческую повесть «Княжна Тараканова и принцесса Владимирская». Отныне он живет только литературным трудом. В 1868 году Мельников-Печерский приступил к работе над романом «В лесах».