В первых числах августа Майдель предпринял новое наступление. Его войска расположились недалеко от развалин Ниеншанца и оттуда стали угрожать Петербургу. Майдель отправил Брюсу ультиматум с требованием сдать город, угрожая в противном случае взять его силой. Роман Брюс с достоинством ответил: «Мне очень странно предложение господина генерал-поручика уступить вверенную мне всемилостивейшим моим государем и царем крепость: не угодно ли господину генерал-поручику удалиться в свою землю, а меня таким писанием пощадить?»
Брюс с частью Петербургского гарнизона и пушками выступил навстречу противнику. Русские войска расположились на левом берегу Невы, против устья Охты. Шведы по наведенному мосту сумели переправиться через Охту, но закрепиться им не удалось. Майдель был вынужден отступить.
Летом 1705 года шведское командование предприняло новую попытку овладеть Петербургом комбинированной атакой с моря и суши. Но и на этот раз замысел противника не осуществился. Сильная неприятельская эскадра в составе 22 вымпелов под командованием адмирала Анкерштерна безуспешно пыталась овладеть Кроншлотом, уничтожить русский флот и прорваться к Петербургу. Но этого сделать им не удалось. Историк XIX века A.C. Чистяков писал: «… тобы затруднить плавание и частью с целью обмануть шведов, поперек всего фарватера, перед русским флотом были устроены плавучие рогатки, которые держались на якорях и издали, с моря походили на мачты, вбитые в землю, или мачты затопленных кораблей, так что казалось, будто никакого проезду нет».
Неточность, которую допустил A.C. Чистяков, в том, что он полагал, будто фокус с рогатками, имитировавшими мачты затопленных кораблей, придуман Яковом Вилимовичем Брюсом. Оно и верно, кто как не легендарный Яков Брюс мог такое придумать. Но это был его старший брат Роман. (Этот прием блокировки бухты был использован в 1854 году при обороне Севастополя от англо-французской эскадры. (Правда, тогда был действительно затоплен при входе в бухту русский парусный флот.)
Неудачными были действия и 10-тысячного отряда шведов во главе с И. Майделем. Его намерение захватить Шлиссельбург и атаковать Петербург с суши было сорвано активной обороной русских войск во главе с генералом Р. В. Брюсом. Шведы понесли большие потери и были отброшены к Выборгу. Так, обер-комендант Санкт-Петербурга Роман Вилимович Брюс смог отстоять важный форпост России в устье Невы. Это во многом способствовало тому, что с 1706 года Петербург стал по-настоящему торговым городом, все более обретая черты новой столицы.
Кстати, шведский генерал-лейтенант Майдель писал 24 июля 1704 года: «Петербург очень хорошо основан и укреплен, его положение таково, что он может стать одновременно и сильной крепостью и процветающим торговым городом…» Эта справедливая оценка будущей столицы России была подтверждена деятельностью такого военного и государственного деятеля, каковым был обер-комендант Санкт-Петербурга Роман Вилимович Брюс.
Роман Вилимович прикладывает максимум усилий при строительстве крепости и города. Он собирает каменщиков и плотников со всей Новгородской области. Санкт-Петербург строили солдаты и осужденные преступники. На Брюса это возлагало особую ответственность. Недалеко от крепости, на правом берегу Невы, был построен «Домик Петра», кроме этого были выстроены Зимний и Летний дворцы. Все эти сооружения были деревянные и большой роскошью не отличались. Во многом это соответствовало вкусу Петра I, который особо не терпел пышных помещений, высоких комнат. Саженях в двадцати пяти от Домика Петра был построен обширный дом для губернатора Санкт-Петербурга, светлейшего князя А. Д. Меншикова. Дом этот также назывался посольским, потому что Петр принимал здесь иностранных послов.
За домом Меншикова стояли дома Головкина, Я. В. Брюса, Шафирова.
Все эти постройки выполнены в 1704–1705 годах.
Обер-комендант Санкт-Петербурга не только строил и защищал город. Он командовал войсками, воевавшими в Прибалтике и Финляндии.
В 1710 году Роман Брюс в звании генерал-майора командует войсками при осаде Выборга. Ему было поручено самое сложное в инженерном отношении место осады. В 12 верстах от Выборга, в самом узком месте пролива Тронгзунд, необходимо было соорудить два шанца — выдвинутые укрепления, на которых должен был быть размещен батальон солдат, а затем соорудить береговые батареи, которые должны были воспрепятствовать подходу шведского флота на помощь осажденной крепости. Работы проводились в условиях сильных морозов на каменистом грунте, и все это создавало немалые трудности при сооружении траншей и апрошей. Для возведения брустверов приходилось использовать даже мешки с шерстью. Блокировка Выборга с западной стороны Р. В. Брюсом и с восточной — войсками генерала Беркгольца обеспечила полную изоляцию Выборга от Финляндии.
Осада Выборга завершилась капитуляцией крепости без штурма 13 июня 1710 года. После этого генерал-майор Р. В. Брюс с войсками был переброшен под Кексгольм (Корелу). Овладение этой крепостью на противоположной стороне Карельского перешейка должно было закрепить победу под Выборгом. После более чем двухмесячной осады 8 сентября 1710 года гарнизон Кексгольма капитулировал.
За участие в этих походах Роман Брюс был награжден парсуной.
В 1713 году Р. В. Брюс, командуя пехотным полком, численностью четыре тысячи человек, принимает участие в высадке русского десанта на реке Пелкина. Эта операция особая. Командующий десантным отрядом генерал-лейтенант М. М. Голицын перед началом операции впервые в военной истории разрабатывает письменную диспозицию об атаке десанта в озерных условиях. Кроме того, в этом бою русские войска применили новые для того времени способы ведения боя: сочетание фронтального удара с обходом фланга противника путем высадки десанта, решительный штыковой удар, атака колонной. Причем фронтальный удар в центр неприятельской армии нанесли после переправы на плотах пехотные полки Головина и Брюса.
После этого генерал Р. В. Брюс в составе десанта под командованием М. М. Голицына принимает участие в сражении при Лапполо 19 февраля 1714 года, где была одержана блестящая победа над шведами.
Генерал-лейтенант Р. В. Брюс был похоронен на территории Петропавловской крепости у собора Святых Петра и Павла. Это была первая могила на Комендантском кладбище.
Романа Брюса связывали с А. Д. Меншиковым не только служебные отношения «начальник — подчиненный». Совершенно очевидно, что отношения были и дружескими. Неслучайно, когда у Романа Брюса в 1704 году родился сын, его крестным отцом стал светлейший князь.
