Разрядный приказ решил повторить в Сибири опыт Казанской войны. Царские воеводы несколько раз ходили походом на Казань, но не могли добиться успеха. И лишь выстроив на Волге крепость Свияжск и опираясь на нее, они смогли сокрушить Казанское ханство.
Чулкову не велено было штурмовать Кашлык. Но его снабдили всем необходимым, чтобы выстроить крепость в непосредственной близости от Старой Сибири.
Отряд Чулкова спустился по Туре и Тоболу на Иртыш и там выстроил деревянный острог, названный Тобольском. Тобольск располагался на высоком мысу всего лишь в 15 верстах от Кашлыка.
После изгнания Кучума из Кашлыка Сибирское ханство все глубже погружалось в пучину кровавой междоусобной борьбы. Сеид-хан продолжал удерживать столицу «царства», опираясь на поддержку татарских феодалов и правителя Казахской орды. При нем постоянно находился султан Ураз-Мухамед, племянник казахского хана Теввекеля с воинами.
Кучум всецело уповал на поддержку бухарцев, которые некогда помогли ему захватить Сибирь. Старый хан лишь ждал своего часа, чтобы нанести удар сопернику и вернуть себе столицу.
Поглощенный борьбой с Кучумом, Сеид-хан старался избегать столкновений с русскими. Когда воеводы в 1587 году появились у самых стен ханской столицы, Сеид-хан попытался завязать переговоры с ними. Чулков пригласил хана и его приближенных в Тобольск на пир. Хан принял приглашение. Однако татары приняли меры предосторожности. Сеид-хана сопровождали пятьсот отборных воинов. Голова Чулков располагал куда меньшими силами.
Когда гости явились к воротам Тобольска, Чулков согласился впустить в крепость не более ста человек и предложил им снять оружие перед тем, как сесть за пиршеский стол. Карача был человеком крайне осторожным, но он видел малочисленность русских и согласился на все их условия.
Когда Сеид-хан, Карача и татары заняли места за столом, они столкнулись лицом к лицу с ермаковыми казаками. Едва ли можно предположить, будто Чулков сознательно заманил хана в западню. Скорее всего, события развивались независимо от него.
Казаки не простили Караче вероломного убийства Ивана Кольцо и других своих соратников. Они бросились на Карачу и связали его вместе с ханом. Ханская свита была перебита. Однако самое трудное было впереди. Гвардия хана — 400 воинов — стояла во всеоружии подле ворот острожка.
В упорном кровопролитном бою казаки разгромили противника, обладавшего большим численным перевесом. Но они заплатили дорогую цену за свою победу. В бою погиб «великий атаман» Матвей Мещеряк, возглавивший экспедицию после гибели Ермака.
Сеид-хан был увезен в Москву и там определен на царскую службу. Пленение Сеид-хана было последним крупным событием, в котором Ермаковы казаки участвовали как организованная военная сила. В дальнейшем судьба разбросала их по разным концам Сибири. Ни одна закладка новой крепости, ни одна военная кампания не обходилась без их участия. Показательна в этом отношении судьба Гаврилы Иванова. Вернувшись в Сибирь с отрядом воеводы Сукина, он «ставил» крепость Тюмень, «рубил» деревянный Тобольский городок с головой Данилой Чулковым, участвовал в бою с гвардией Сеид-хана, потом ставил Пелымский и Тарский городки, громил Кучума на Оби.
Заслуги ветерана первой сибирской экспедиции получили признание лишь тогда, когда он достиг старости. Его назначили атаманом конных казаков в Тюмени. К тому времени немногие из соратников Ермака остались в живых.
Казак Черкас Александров вернулся в Сибирь с воеводой Сукиным в чине головы. Долгое время он командовал сотней служилых татар в Тобольске. Сподвижник Ермака прослужил в Сибири более пятидесяти лет. Приказные грамоты 1638 года упоминали о его поездке в Москву и даче показаний в приказе Казанского дворца. В то время дьяки уважительно называли его «тобольского города атаман Иван Олександров».
Ермаковец Гаврила Ильин в конце жизни возглавил сотню «старых казаков» в Тобольске. Алексей Галкин стал атаманом казаков в Березове.
Дети и внуки ермаковцев продолжали служить в Сибири на протяжении всего XVII столетия. В их среде никогда не умирала память о славных днях «сибирского взятия».
После того как Ермак увел лучшие казачьи сотни на Урал, военные действия на Яике на время стихли. В течение трех лет станичники тщетно ждали их возвращения. Но время шло, и казачьи зимовья пополнились новыми удальцами, прибывшими из России. Собравшись с силами, вольница возобновила войну с кочевниками.
Правитель Большой орды князь Урус давно порвал мирные сношения с Москвой. Его послы обивали пороги ханского дворца в Бахчисарае. Они домогались посылки нового турецко-татарского войска на Астрахань и обещали, что Ногайская орда окажет им на этот раз действенную помощь. Крымцы вели свою войну с Россией и не слишком доверялись обещаниям ногайцев. Действия вольных казаков связывали силы Ногайской орды.
В те самые дни, когда ермаковцы отбивались от татар в Кашлыке, князь Урус дал знать своим союзникам, что яицкие казаки учинили ногайцам «тесноту великую», ходили войной за Яик в трехдневный поход — «днища с три», достигли реки Эмь (Эмбы) и «поизставили там городки многие».
Ермаковы сотни входили в состав Волжского казачьего войска. Их сотоварищи, подвергшись преследованиям на Волге и перебравшись в Заволжье, основали там Яицкое казачье войско. Предводителями его стали те самые атаманы, которые некогда порвали с Ермаком и отказались идти вместе с ним в Приуралье. Война с ногайцами закипела с новой силой. Первый поиск против Орды возглавил атаман Матюшка. Как и атаман Матвей Мещеряк, известный сподвижник Ермака, Матюшка бежал в волжские станицы из Мещерского края.
Став атаманом, Матюшка собрал на Яике 500 казаков и напал на улус мурзы Баба-хози. Мурза погиб в стычке. Весть о дерзком набеге казаков распространилась по всем ногайским улусам. Один за другим к кочевью Баба-хози подходили с разных сторон отряды Сеид-Ахмата, Кучюк-мурзы, хана Мурзы Урусова, Яраслан-мурзы и Ситый-мурзы.
Атаман Матюшка с казаками укрылся в балке. Когда же их стали теснить подошедшие ногайцы, они ушли в лес.
Тем временем небо потемнело, задул ветер. С востока поднялась и закрыла полнеба грозовая туча. Пыльные столбы летели по степным шляхам. По временам тучу прорезали огненные зигзаги молний и округа заполнялась грохотом. Вслед за тем полил ливень. Поток воды, обрушившийся на землю, казался нескончаемым. Застигнутые посреди степи ногайские конники промокли до нитки. Как только ливень стих и выглянуло солнце, кочевники стянули с себя доспехи и стали сушить одежду.