В том же 1712 году Брюс возвратился в Россию, где, по сенатскому указу конца декабря, ему вменялось в обязанность «…в Рыльском и Курском уездах, с тех городов с дворян, меновныя земли росписывать и по поступкам их за ними справливать…». Т. е. Брюсу поручается вопрос, связанный с землеустройством и раздачей свободных земель в этих уездах «…по менам и поступкам Рылян и Курчан…».
В 1713 году Брюс, уже выстроивший в Петербурге собственный каменный дом на Литейном, рядом с Арсеналом, снова был отправлен в Германию для найма мастеровых и закупки картин. В начале 1714 года он уже находился в Москве, куда Петр писал к нему из Петербурга ввиду переноса столицы из Москвы в Петербург, «понеже здесь всем делам заводится начало», и переселения половины мастеровых-пушкарей, «понеже литье ныне великое ныне здесь». И самого Брюса торопил с приездом к празднику.
Все шло своим чередом и не предвещало никаких неприятностей по службе. Как вдруг осенью того же года вместе с князем Меншиковым, адмиралом Апраксиным, фельдмаршалом Шереметевым, адмиралтейским президентом Кикиным и некоторыми другими Брюс заподозрен в «хищении государевой казны» и противозаконных подрядах под чужим именем. С 27 октября по 23 декабря по этому делу было арестовано и допрошено несколько купцов, приказчиков, большинство артиллерийских подрядчиков, комиссаров, секретарей, бургомистров, извозчиков «взяты под караул». Наложен арест на документы Военного, Поместного и Артиллерийского приказов. Комиссия, созданная для расследования дела в начале 1715 года, под председательством В. В. Долгорукого признавала виновными в хищении казны Меншикова, Апраксина, Брюса, Кикина и петербургского вице-губернатора Корсакова, из которых пострадали два последних. Остальные получили от государя прощение, более того, царь «изъявил о том сердечную свою радость принятием Меншикова, Апраксина и Брюса к столу своему с пушечною пальбою». Единственным напоминанием о деле для них остался указ от 27 декабря 1714 года, которым повелевалось: «Публиковать в народе, чтоб всех губерний и приказов и канцелярий всякаго чина люди, кто своим именем, или на имя посторонняго подряжался, о всех своих, как о провиантских, так и о других подрядах, какого звания оные и манера ни были, которые поставлены в Адмиралтейство, в Артиллерию и в прочия места, объявили в Сенате… А буде кто какого чина не будь, ведая свои какие подряды, вскоре не объявит, а после того кто на него в том донесет, и по тому доношению сышется: и те люди, яко преступники, жестоко будут наказаны, с разорением движимых и недвижимых их имений».
Ситуацию с подрядами довольно подробно исследовал Н. И. Павленко, придя к выводу о том, что «ни Шереметев, ни Брюс не были причастны к финансовым махинациям».
Брюс продолжал, по поручению Петра, ученую переписку с Лейбницем о происхождении российского народа и почти ежедневно посещал своего соседа, царевича Алексея Петровича, дворец которого располагался рядом с домом Брюса. При жене царевича кронпринцессе Шарлотте безотлучно находилась тогда жена Брюса Марфа Андреевна. Это подтверждает письмо Петру известной «санкт-питербурхской князь-игуменьи» Ржевской: «По указу вашему, у ея высочества кронпринцессы я и Брюсова жена живем, не на час не отступаем, и она к нам милостива. И я обещаюсь самим Богом, еже ей ей! Ни на великие миллионы не прельщусь и рада вам служить от сердца моего, как умею. Только от великих куплюментов и от приседания хвоста и от немецких явств глаза смутились». О тогдашних отношениях к царевичу самого Брюса один из его подчиненных, видимо, адъютант генерал-фельдцейхмейстера Андрей Брюс рассказывает так: «Зимою 1714 года царевич приехал из-за границы… Я ходил часто с генералом моим (Брюсом) отдавать ему честь, и он часто приходил в дом к генералу, сопровождаемый весьма дурными людьми… Царевича никогда не видно в тех собраниях, где его величество принимает поздравления от всех знатных и чиновных особ в дни торжественные, праздничные, викториальные, спуска кораблей и прочих. Генерал Брюс, живший подле царевича, имел повеление всегда накануне просить его высочество к таким собраниям — и возложил обязанность эту на меня. Но его высочество, чтобы избежать собраний, или принимал лекарство, или открывал себе кровь, всегда извиняясь каким-нибудь нездоровьем, хотя все знали, что он, в то же время, предавался веселостям с своими прегнусными товарищами и не переставал осуждать все действия своего отца».
Действительно, царевич Алексей по складу характера и по убеждениям был полной противоположностью отцу. Вот как о нем пишет Н. И. Павленко: «Безвольный и пассивный, он стоял в стороне от забот, полностью поглощавших неуемную энергию царя, не жалевшего ни сил, ни «живота своего» для претворения грандиозных преобразовательных планов. Более того, к обновлению страны Алексей относился враждебно, открыто заявлял, что после вступления на престол повернет Россию вспять: откажется от приобретений в Прибалтике, забросит флот, отменит все новшества, приблизит к себе поборников старины».
У царя складывались совершенно особые отношения с сыном. Поначалу Петр старался вовлечь Алексея в круг своих интересов, давая ему различные поручения, как то: отправиться в Торгау и позаботиться об устройстве снабжения русского корпуса, действовавшего в Польше (в октябре 1711 года), провиантом, отправиться к войскам в Померанию (апрель 1712 года), а затем в Петербург, чтобы участвовать в Финляндском походе и следить за постройкой судов в Старой Руссе и Ладоге. «Царевич Алексей беспрекословно исполнял все приказания отца, разъезжал всюду, смотрел, бранился, даже дрался там, где замечал недосмотры по делам, но все это за страх, а не за совесть, сам опасаясь батюшкиных побоев и пользуясь всякой возможностью отбыть от дела и от личного свидания с отцом».
У царевича развился по отношению к отцу животный страх. Сам он увлекся религией, интересовался вопросами папской власти, т. е. действительно это был антипод царю-преобразователю в лице собственного сына. Это, естественно, беспокоило Петра, однако он пытался удержать при себе Алексея, старался поддерживать приличествующие их положению отношения.
Естественно, сделать это возможно было только через посредников, людей, находившихся в доверии как у отца, так и у сына. И одним из таких людей, едва ли не единственным в свите Петра, был Я. В. Брюс.
Если вспомнить крестины дочери Брюса, присутствие Брюса на свадьбе Алексея, становится понятно, что отношения их были близкими, а главное, доверительными. Яков Вилимович по-прежнему считал себя обязанным Алексею в самом положительном смысле слова и не изменил своего отношения к нему и в 1718 году. Когда все вельможи подписали приговор царевичу, его подписи (так же как и подписи Б. П. Шереметева) под приговором не было, хотя это могло сказаться на дальнейшей карьере Брюса. Все это говорит о порядочности нашего героя.
