У царя складывались совершенно особые отношения с сыном. Поначалу Петр старался вовлечь Алексея в круг своих интересов, давая ему различные поручения, как то: отправиться в Торгау и позаботиться об устройстве снабжения русского корпуса, действовавшего в Польше (в октябре 1711 года), провиантом, отправиться к войскам в Померанию (апрель 1712 года), а затем в Петербург, чтобы участвовать в Финляндском походе и следить за постройкой судов в Старой Руссе и Ладоге. «Царевич Алексей беспрекословно исполнял все приказания отца, разъезжал всюду, смотрел, бранился, даже дрался там, где замечал недосмотры по делам, но все это за страх, а не за совесть, сам опасаясь батюшкиных побоев и пользуясь всякой возможностью отбыть от дела и от личного свидания с отцом».
У царевича развился по отношению к отцу животный страх. Сам он увлекся религией, интересовался вопросами папской власти, т. е. действительно это был антипод царю-преобразователю в лице собственного сына. Это, естественно, беспокоило Петра, однако он пытался удержать при себе Алексея, старался поддерживать приличествующие их положению отношения.
Естественно, сделать это возможно было только через посредников, людей, находившихся в доверии как у отца, так и у сына. И одним из таких людей, едва ли не единственным в свите Петра, был Я. В. Брюс.
Если вспомнить крестины дочери Брюса, присутствие Брюса на свадьбе Алексея, становится понятно, что отношения их были близкими, а главное, доверительными. Яков Вилимович по-прежнему считал себя обязанным Алексею в самом положительном смысле слова и не изменил своего отношения к нему и в 1718 году. Когда все вельможи подписали приговор царевичу, его подписи (так же как и подписи Б. П. Шереметева) под приговором не было, хотя это могло сказаться на дальнейшей карьере Брюса. Все это говорит о порядочности нашего героя.
Близость Брюса и царевича породила слухи о том, что в 1715 году жена Брюса находилась при кронпринцессе неотлучно «чуть ли не в качестве шпиона». Слухи, без сомнения, беспочвенные, потому что Яков Вилимович в какой-то степени считал себя ответственным за сына царя, и эта ответственность перекладывалась на плечи Марфы Андреевны, которая добровольно взяла на себя опеку кронпринцессы Шарлотты и ее адаптацию к российским условиям. Кроме того, Шарлотта не отличалась крепким здоровьем, и в ее положении (она родила сына Петра, будущего Петра И, 12 октября 1715 года) очень важно было внимание женщины, старшей по возрасту, отличающейся материнским участием к урожденной принцессе Бланкенбургской. Шарлотта нуждалась в женском покровительстве еще и потому, что у Алексея, как известно, в начале 1715 года появилась любовница, Ефросинья, дочь его учителя Никифора Вяземского. Поэтому он не только охладел к жене, но и достаточно отдалился от нее.
Как старшая по возрасту, пережившая смерть своих дочерей во младенчестве, довольно продолжительное время жившая в разлуке с мужем, бывшим месяцами в военных походах и поездках за границу, Марфа Андреевна могла утешить Шарлотту и действительно заменить ей мать.
Судьба Шарлотты, как и ее мужа, трагична. После рождения сына она сильно болела. В эти дни Алексей сблизился с Шарлоттой, однако она прожила после рождения сына 10 дней и умерла 22 октября.
Именно в эти дни у Екатерины родился сын Петр, и вопрос о деятельности Алексея царь поставил ребром.
11 октября Петр I пишет роковое письмо, в котором уже в который раз увещевает сына, рассказывая, к чему стремился он, как государь российский, чего добился за годы войн и преобразований. Письмо завершается следующими словами: «…с горестью размышляя и видя, что ничем тебя склонить не могу к добру, за благо изобрел сей последний тестамент тебе написать и еще мало пождать, аще не лицемерно обратиться. Ежели же нет, то известен будь, что я весьма тебя наследства лишу, и не мни себе, что один ты у меня сын, и что я сие только в устрастку пишу: воистину (Богу изволыпу) исполню, ибо за мое отечество и люди живота своего не жалел и не жалею, то како могу тебя, непотребнаго, пожалеть? Лучше будь чужой добрый, нежели свой непотребный».
В ответ на это Алексей не только согласился с отречением, но и даже просил об этом отца, добавив: «Детей моих вручаю в волю вашу; себе же прошу до смерти пропитания».
Петр не ожидал такого ответа. Своим письмом он думал вызвать раскаяние в сыне. Однако этого не произошло, и Петр поставил условие: «…или отмени свой нрав и нелицемерно удостой себя наследником, или будь монах…» На что сын согласился: «…желаю монашеского чина и прошу о сем милостивого позволения».
Через 9 месяцев после последнего послания, находясь в Копенгагене, Петр советует сыну приехать за границу, чтобы включиться в дела. Однако Алексей использовал этот совет по-своему. По рекомендации Кикина он выехал в Вену и укрылся в тирольском замке в Эренберге, где был обнаружен гвардии капитаном А. И. Румянцевым. Именно Румянцев, выполняя приказ Петра, проследил путь Алексея из Тироля в Неаполь, а затем вместе с тайным советником П. А. Толстым добился встречи с ним, и после долгих уговоров они привезли царевича к Петру. В начавшемся следствии, длившемся полгода, Петр хотел выведать у Алексея все, что касалось его отъезда за границу, все нюансы его планов против «государя и отца». В результате 24 июня 1718 года был объявлен приговор суда, а 26 июня царевич скончался. 30 июня он был похоронен в Петропавловском соборе рядом с женой.
В этот период Я. В. Брюс находился за границей на Аландском конгрессе, и ни он, ни его супруга Марфа Андреевна, несмотря на близость к семье Алексея Петровича и к самому царевичу, не были даже заподозрены в каких-либо связях или отношении к этому делу.
В самом начале 1716 года, перед отъездом Петра за границу, артиллерийское начальство хлопотало о перевозке 15 000 пудов пороха из Москвы в Петербург и Ревель, «а сколько какого пороху надобно отправить, — заключал Петр в предписании своем от 12 января, — писал генерал-фельдцейхмейстер Брюс».
В том же 1716 году, весною, был прислан в Петербург подписанный Петром 30 марта в Данциге «Уставъ Воинский», в котором «глава втораянадесять (XII)» называлась «О генерале-фельдцейхмейстере».
Вместе с тем Брюс продолжал ученые занятия и время от времени сообщал о них Петру. По этому поводу царь писал Ф. М. Апраксину в январе 1717 года: «Писал к нам господин Генерал-Фельдцейхмейстер Брюс, что надобен ему для исправления некоторой книги в переводе адмиралтейской переводчик Гамильтон, которого Генерал-Майор Чернышев ему не отдает и для того велите ему отдать».
Самому Брюсу 3 марта Петр писал из Амстердама: «По получении сего сыщи таково человека, которой учился инженерству и фортификации из Русских, а буде из Русских нет, то хотя из иностранцев, и определи его жалованьем, отправь немедленно в Перейду к Артемью Волынскому, и вместе с тем курьером, которой послан туда будет с нашими письмами из Сената, и прикажи тому Инженеру, чтоб он о себе никому не объявлял, что он инженерную науку знает, для того чтоб об нем в Персиде не проведали; но только бы, приехав туда, объявил о себе Волынскому, понеже такой человек был у него, да умер». Письмом от 29 июня из Санкт-Петербурга Петр поручал Брюсу «в генеральных терминах положить» с советником Фиком (только что нанятым на русскую службу самим царем), каким делам в какой коллегии быть, сколько чинов в какую коллегию потребно, по скольку которому чину производить жалованья и прочее. В конце же этого письма царь прибавлял: «Сего моменту получил я ваше письмо и две книжки, имена на русском и голландском языках на два оборота. Тут же пишете и о скорой стрельбе, что надеетесь, по бывшей пробе, дойти. И ежели сие сыщете, то великое дело будет, за которую вашу прилежность зело благодарствую, также и за присылку книг, а о Истории лучше отложить до меня». До каких результатов дошел Брюс своими «пробами» скорой стрельбы, пока неизвестно. Все сведения об этом, имеющиеся в архивах, ограничиваются следующими донесениями Брюса Петру: в письме от 6 мая 1717 года: «Изволили Ваше Величество приказывать мне, дабы сыскать способ, как бы возможно скорее стрелять из больших пушек. И я наперед сего доносил Вашему Величеству, что присовокуплением губки грецкой для обтирания клина оное чинить хотел. Но тот способ не гораздо полезен явился. Того ради паки домогался о том, и изобрел ныне иной способ, им же в семь минут выстрелено пятнатцать раз ис полкартауна, топко патронами без ядер. И тем способом возможно и более двадцати раз выстрелить, не переставая. А людей к тому делу употреблено было только 4 человека. И понеже та скорострельная пушка ненарошно к тому делу вылита, чего для ко оной сделаны были многие приделки, которых довольно укрепить было не возможно, и в тое стрелбу оные попортились, и я приказал ее починить, а как починится, буду ядрами стрелять, и аще такожде будет действовать, то такую пушку велю вылить вновь и о том Вашему Величеству донесу»; и в письме от 7 июля 1717 года: «Наперед сего доносил Вашему Величеству, что ис полкартаунной скорострельной пушки, сделав к ней многия приделки, вседмь минут выстрелено пятнатцать раз патронами без ядер, и в тое стрелбу те приделки попортились. И починя оные, стрелял ядрами, и более трех раз не могли выстрелить: те приделки паки попортились. И я приказал такую пушку вновь лить, чтоб те приделки купно с нею вылиты были, отчего мню, что оная в действие своем надежнее будет».
