Сама идея формирования коллегиальной системы управления государством была подсказана Петру в период его пребывания за границей, и он, где только возможно, искал подтверждения и обоснования своим мыслям о перестройке работы приказов, а возможно, и их ликвидации. Я. В. Брюс в этом вопросе становится для Петра первым помощником. Как отмечает С. Князьков, предварительно по указанию Петра были собраны максимально полные сведения о работе органов управления в европейских странах и «весь этот материал поступил сначала к Брюсу». Прекрасно зная интересы России, Брюс переводит на русский язык регламенты центральных учреждений Дании, Швеции и других государств, знакомит Петра с учеными, занимавшимися теоретической основой системы государственного управления. Одним из таких ученых был Готвальд Лейбниц, который состоял в переписке со многими монархами Европы. Брюс, познакомившийся с Лейбницем в 1711 году, становится посредником между русским царем и великим ученым. Так возникает переписка не только Лейбница с Брюсом, но и Лейбница с Петром.
В одном из своих писем Петру Алексеевичу Лейбниц писал:
«Опыт достаточно показал, что государство можно привести в цветущее состояние только посредством учреждения хороших коллегий, ибо как в часах одно колесо приводится в движение другим, так и в великой государственной машине одна коллегия должна приводить в движение другую, и если все устроено с точной соразмерностью и гармонией, то стрелка жизни непременно будет показывать стране счастливые часы».
Петр знал, что ради «счастливых часов» стоило потрудиться, не жалея сил, и, уверовав в эту идею, убеждал всех, что коллегии вводятся «ради порядочного управления» государственными делами, «поправления полезной юстиции и полиции», содержания «в добром состоянии» сухопутных и военно-морских сил, умножения и приращения коммерции, рудокопных заводов и мануфактур. Царские указы разъясняли преимущества, которыми обладали коллегии по сравнению с приказами. Во-первых, у президента коллегии было меньше условий и возможностей для произвола, чем у руководителя приказа. В коллегиях «президент не может без соизволения товарищев своих ничего учинить», в то время «как старые судьи делали, что хотели».
Во-вторых, «истину легче установить при обсуждении какого-либо вопроса многими лицами». В этом случае «что один не постигнет, то постигнет другой». Коллегиально принятые решения, кроме того, будут иметь больший авторитет, чем решения единоличные.
В-третьих, преимущество коллегиальной системы управления состояло в том, что «единоличный правитель гнева сильных боится», в то время как при коллегиальном решении подобные опасения исчезают.
Надо признать, что в эти идиллические представления Петра о коллегиях жизнь внесла свои коррективы. Какой бы совершенной ни была коллегиальная система управления, она не могла устранить ни произвола, ни волокиты, ни страха президента перед вышестоящими чиновниками. Однако два, по утверждению Н. И. Павленко, важных преимущества эта система над приказами все же имела. Первое: в основе коллегиальной системы лежало четкое разграничение сфер управления, что практически отсутствовало в приказном строе. Второе: власть коллегий в той области управления, которой каждая из них руководила, распространялась на всю территорию страны; коллегии положили конец такому порядку, когда одним и тем же делом занималось несколько учреждений; исчезли также учреждения, чьи права ограничивались определенной территорией. В итоге достигалась высокая степень централизации государственного аппарата.
Яков Вилимович Брюс в процессе формирования коллегий играл ведущую роль. С. Князьков отмечает, что в начале 1718 года, «учинив начало коллегиям, Петр уехал в Москву, оставив новым президентам распоряжение, чтобы они «сочиняли» свои коллегии и все сведения для этого брали у Брюса».
Из учрежденных в 1717 году коллегий, Берг- и Мануфактур-коллегия была особенной. И не только потому, что ее президентом стал русский с иностранной фамилией (Петр установил правило при учреждении коллегий: президент — русский, вице-президент — иностранец). Особенной эта коллегия была уже потому, что среди многочисленных приказов уже Петровского времени не было ни одного, который бы ведал кругом вопросов и выполнял бы те задачи, которые были возложены на Берг- и Мануфактур-коллегию. Поэтому опыт работы старых приказных учреждений заимствовать было невозможно.
Возможно, именно по этой причине на Брюса и возлагается столь ответственная и сложная задача по руководству вновь формирующегося ведомства. Осложнялась эта задача еще и тем, что фактически Брюс возглавил две коллегии, каждая из которых имела свой круг полномочий. Берг-коллегия ведала развитием металлургии, ей предоставлялось право «единым судией быти над всеми к тому принадлежащими делами и особами, чтоб никаким образом губернаторы, воеводы, ниже прочие поставленные начальники в рудокопные дела вступали и мешалися». Мануфактур-коллегия отвечала за предприятия легкой промышленности: полотняные, суконные и шелковые мануфактуры, а также заведения, изготовлявшие краски, курительные трубки, шпалеры и т. д. «Коллегиум-мануфактур имеет верхнюю дирекцию над всеми мануфактурами и фабриками и прочими делами, которые касаются к оному правлению, какого б звания ни были, во всей Российской империи».
Следует отметить, что ведущая роль при организации работы промышленности как тяжелой, так и легкой принадлежала, конечно, Петру. Ограничимся только несколькими примерами, показывающими его личное участие в этой сфере как до, так и после создания коллегии.
В 1692 году Петр в целях стимулирования производства железа в России издает указ, по которому покупка железа для казенных надобностей разрешалась только с железоделательных заводов боярина Нарышкина «по торговой цене». В 1697 году было предписано окольничему князю Львову, определенному воеводой в Казань, заводить селитренные заводы на счет казенных ассигнований. В 1714 году сенатским указом приказывалось размножать селитренные заводы в Киевской губернии, в великорусских и украинских городах.
Во время пребывания в Англии в 1698 году Петр заключает договор с 60 мастерами золотого дела и 100 мастерами — металлургами из Голландии. С 1699 года многие из них прибывают в Россию и занимаются изучением состояния руд на Урале. В 1700 году Виниус сообщил Петру, что «мастера считают (это сибирское железо) лучше шведского», славившегося тогда во всей Европе. В 1699 году началось строительство самого старого из уральских заводов — Невьянского, переданного в 1702 году Демидову. В 1701 году был построен Каменский завод, в 1702-м — Уктусский.
