Приволжским военным округом Б.М. Шапошников командовал менее года. Партия и правительство поручали ему новый важный пост — пост начальника и комиссара Военной академии имени М.В. Фрунзе. В его жизни и службе наступил период, имевший большое значение в последующей работе Бориса Михайловича. За три с половиной года, в течение которых он руководил академией, проделана весьма плодотворная работа. Существенно улучшен учебный процесс в академии, учебные программы приведены в соответствие с требованиями технической реконструкции Красной Армии. Значительно повышено качество учебных пособий, усовершенствована методика преподавания. Ведущей дисциплиной стала оперативно-тактическая подготовка слушателей академии. На более высокую ступень была поднята научно-исследовательская работа кафедр. Профессорско-преподавательский состав академии был пополнен людьми, обладающими опытом командования воинскими соединениями и частями в новых условиях.
Выражая свое мнение о задачах военной академии, Б.М. Шапошников писал: «Академия должна, с одной стороны, готовить общевойскового и штабного командира, вооруженного знаниями современной теории военного искусства, а с другой — дать армии практика военного дела… Знание военной техники, знание технических родов войск и умение организовать их использование в боевых действиях составляют важнейший отдел обучения в военной академии»[6].
Большое внимание Борис Михайлович уделял оперативно-тактической подготовке профессорско-преподавательского состава академии. Мастерски владея методикой организаций военных игр на картах, он проводил эти игры весьма поучительно и с творческим вдохновением. Они содержали актуальные вопросы теории и практики применения крупных мотомеханизированных и воздушно-десантных соединений на различных театрах военных действий. Убедительные разборы игр, которые проводил Борис Михайлович, навсегда оставались в памяти слушателей и преподавателей академии.
Отмечая заслуги Б.М. Шапошникова в преподавательской и научной деятельности, высшая аттестационная комиссия в мае 1935 года присвоила ему ученое звание профессора. В решении комиссии, в частности, отмечалось, что Б.М. Шапошников — военно-научный работник исключительной эрудиции и больших обобщений, пользующихся известностью не только в СССР, но и за рубежом. Под его командованием Военная академия имени М. В. Фрунзе достигла новых успехов, она удостоена высокой награды — ордена Ленина.
Б.М. Шапошников много дал академии, и она ему тоже дала многое. Он близко познакомился со слушателями оперативного факультета — будущими военачальниками и работниками Генерального штаба. В последующем это оказало Борису Михайловичу серьезную услугу при подборе оперативных работников. В теоретических дискуссиях, которые проходили в академии, сформировались его взгляды на характер возможных боевых действий Красной Армии в будущей войне, сложились представления о возможных формах операций, стратегическом взаимодействии фронтов и т. д. Без преувеличений можно сказать, что работа в академии послужила Б.М. Шапошникову прекрасной школой для последующей работы на посту начальника Генерального штаба.
После повторного двухгодичного командования Ленинградским военным округом Б.М. Шапошников весной 1937 года выдвинут на должность начальника Генерального штаба Красной Армии (до весны 1937 года Генштаб возглавлял А.И. Егоров). Заместителем начальника Генштаба был назначен К.А. Мерецков.
Совет Народных Комиссаров СССР 13 марта 1938 года принял постановление об образовании Главного Военного совета (до этого существовал Военный совет при наркоме обороны). В составе Главного Военного совета находился начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников. Он получил возможность непосредственно влиять на принятие важнейших решений по вопросам военного строительства. В работе Главного Военного совета участие принимал И.В. Сталин, входивший в его состав. Члены Главного Военного совета прислушивались к предложениям Б.М. Шапошникова, высоко оценивали его глубоко научный и деловой подход к сложным проблемам, связанным с дальнейшим укреплением военной мощи нашего государства.
Б.М. Шапошников считал, что без слаженной и четкой работы штабов всех степеней не может быть достигнуто успешное руководство подготовкой войск в мирное время и управление боем в период войны. По мнению Бориса Михайловича, необходимо было повысить внимание командного состава всех степеней к организации штабной службы, внедрить в их сознание мысль о том, что штаб в целом, его начальник и военный комиссар, так же как и командир и комиссар соединения, части, несут полную и персональную ответственность за организацию и исход боя. В качестве практических мер он предложил, чтобы все приказы подписывались вместе с соответствующими командирами, комиссарами и начальниками штабов и чтобы они несли ответственность за содержание и исполнение приказов. Начальник штаба, отмечал Борис Михайлович, должен чувствовать себя первым заместителем командира как в мирное, так и в военное время, его службу следует приравнять к строевой со всеми вытекающими из этого преимуществами.
Важно отметить, что по инициативе Б.М. Шапошникова Главный Военный совет рассмотрел и утвердил предложенные Борисом Михайловичем мероприятия по реорганизации оперативно-штабной службы и узаконил эти мероприятия специальным постановлением.
Служба в Генеральном штабе чрезвычайно ответственна и напряженна. Она требует от его работников, и особенно от руководителя, таких качеств, как отличное знание военного дела, широкая эрудиция, огромное трудолюбие и высокое чувство ответственности. Б.М. Шапошников обладал всеми этими качествами. Опыт оперативно-штабной работы в годы Первой мировой и Гражданской войн, практика командования войсками трех военных округов, детальное знание структуры и функций центрального военного аппарата и, наконец, высокий деловой авторитет у руководителей Коммунистической партии и советского правительства позволили Борису Михайловичу сделать Генеральный штаб подлинным центром планирования боевой и оперативной подготовки Красной Армии. Для работы в Генеральном штабе Б.М. Шапошников подобрал лучших из числа окончивших военные академии, зарекомендовавших себя способными, грамотными и инициативными начальниками в войсках. Несмотря на относительную малочисленность работников Генштаба, он успешно справлялся со своими нелегкими задачами. Предложения и планы, исходившие из Генерального штаба, отличались реальностью, дальновидностью и всесторонней обоснованностью.
