Мало кто на флоте считал бунт матросов организованным выступлением. Г. П. Чухнин, располагая большей информацией, не питал иллюзий в отношении его инициаторов. В телеграмме управляющему Морским министерством от 6 ноября он сообщил: «Из предварительного дознания выясняется, что беспорядки в казармах имеют серьезный характер. Были подготовлены. Принимало участие несколько тысяч. Можно опасаться при подстрекательстве революционной партии повторения в худшем виде». Адмирал оказался прав, и летом и осенью 1905 года произошла серия мощных вооруженных выступлений матросов Черноморского флота.
Восстание на броненосце «Князь Потемкин Таврический» (14–24 июня 1905 года) застало командующего флотом в Петербурге, куда Чухнин убыл на обсуждение новой судостроительной программы. Экстренно вернувшись в Севастополь, он начал принимать все меры для поиска и захвата мятежного броненосца, отстранив от командования старшего флагмана Практической эскадрой вице-адмирала Кригера, упустившего «Потемкина» около Одессы. Под своим началом Г. П. Чухнин вновь вывел эскадру в море для решительного поиска восставших, однако «Потемкин» к этому времени уже прибыл для интернирования в Констанцу. Никакого, даже отдаленного сочувствия к командам, поднявшим красный флаг, Чухнин не испытывал. Отсюда быстрые и решительные действия по подавлению матросских выступлений.
Царский манифест «О свободах» 17 октября 1905 года и Всероссийская политическая стачка, прокатившаяся по всей стране, не обошли стороной и Севастополь.
Из воспоминаний современников об отношениях Григория Павловича Чухнина и П. Шмидта:
«… На Тихоокеанской эскадре П. Шмидт попал под покровительство контр-адмирала Г. П. Чухнина, бывшего сослуживца его дяди. Служба у мичмана и здесь не заладилась. Он кочевал с корабля на корабль, везде отвергаемый офицерскими коллективами. Только благодаря заботам Г. П. Чухнина он удерживался на службе и даже получил чин лейтенанта. Но, после очередного нервного припадка, когда лейтенанта Шмидта пришлось поместить в клинику, последовало его увольнение…
…Поддержка дяди, ставшего к этому времени сенатором, помогла Шмидту во время стоянки в Суэце эскадры Рожественского списаться с корабля по болезни и вернуться в Россию, где он получил назначение на Черноморский флот. Подобного «подарка» командующий флотом вице-адмирал Чухнин не ожидал. Как и когда-то на Тихом океане ему предстояло заниматься судьбой болезненного и неуживчивого офицера. Чухнин находит выход из положения, назначив Шмидта командиром отряда из двух устаревших миноносцев, базирующихся в Измаиле. Место тихое, должность необременительная, но самостоятельная, так что можно спокойно дожидаться конца войны. Но, Шмидту в Измаиле не сидится, он похищает отрядную кассу, в которой всего-то 2,5 тысячи золотых рублей, и отправляется «путешествовать» по югу России…
…Командующий Черноморским флотом адмирал Чухнин попытался разрешить ситуацию миром и даже послал по требованию Шмидта на «Очаков» для переговоров бывших однокашников лейтенанта по корпусу. Прибывших на корабль офицеров восставшие матросы взяли в заложники, а Шмидт пообещал вешать их на реях, если по кораблю откроют огонь. Чтобы обострить обстановку, Шмидт попытался взорвать транспорт «Буг», загруженный морскими минами. Возможных последствий этого он, видимо, не представлял. А пострадать могли не только корабли, находящиеся в бухте, включая и сам «Очаков», но и часть города. К счастью, команда «Буга» успела затопить свой корабль. Тогда Шмидт направил миноносец в атаку на корабли эскадры. Миноносец сразу же потопили залпом корабельных орудий. После этого вести переговоры с восставшими было бессмысленно, и Чухнин приказал открыть огонь шрапнелью по крейсеру. С крейсера в ответ успели сделать шесть безрезультатных выстрелов и прекратили сопротивление. Но, огнем с «Очакова» руководил уже не Шмидт. При первых выстрелах по крейсеру он перешел на стоящий у борта «Очакова» миноносец и попытался уйти в Турцию. Миноносец был подбит и захвачен. Находившегося на нем Шмидта, успевшего переодеться в матросскую робу, арестовали…».
11 ноября 1905 года в Севастополе произошло вооруженное восстание рабочих и матросов Черноморской флотской дивизии, выступивших против властей с оружием в руках. В восстании приняли участие крейсер «Очаков» и несколько малых кораблей флота. С восставшим «Очаковым» адмирал расправился быстро, решительно и жестоко, стремясь не дать развернуться революционному брожению по всему флоту. Николай II благодарил вице-адмирала за усердие в борьбе с врагами империи, революционеры – заочно, приговорили к смерти.
Г. П. Чухнин прекрасно понимал непопулярность своей политики и ясно сознавал свое одиночество перед лицом почти, что всего русского общества. В донесении от 17 ноября он писал: «Мы победили здесь революцию, за что на наши головы посыпятся проклятья со всех сторон, во всех газетах и устно на всех перекрестках, но не возвысятся русские голоса в одобрение или поддержку борцов за целостность государства». Абсолютная неспособность понять противоположную сторону была характерна не только для сторонников старого режима, но и для защитников «Новой жизни», в полной мере обнаруживших свою непримиримость двенадцать лет спустя. Именно в Севастополе в 1905 году впервые столкнулись в грозном поединке две русские правды, именно здесь – начало гражданской войны, то утихавшей, то вновь разливавшейся морем крови до самого 1920 года. Севастополь 13 ноября был объявлен на осадном положении. Против восставших власти направили войска 7-го армейского корпуса во главе с командиром генерал-лейтенантом бароном А. Н. Меллер-Закомельским, крепостную артиллерию и корабли флота, расстрелявшие сначала крейсер «Очаков», затем взявших штурмом восставшие казармы флотской дивизии.
Восстание в Севастополе было потоплено в крови. Весь 1906-й год шел суд над восставшими, руководители восстания во главе с лейтенантом П. П. Шмидтом были расстреляны на острове Березань. Г. П. Чухнин, несмотря на многие свои положительные качества, всегда оставался, прежде всего, выразителем интересов своего класса, отстаивал устои и традиции господствовавшего в тот период общественно-политического строя. Поэтому в период ноябрьского вооруженного восстания он стал известен своей жестокостью во время подавления и расправы над революционерами. Эсеры приговорили Чухнина к смертной казни и дважды покушались на его жизнь.
