И в то же время новый город, новая обстановка, круг знакомых, бывавших в доме дяди, куда ни смену Пушкину и Гоголю теперь приезжал Грановский, произвели огромное впечатление на подраставшего мальчика и еще больше возбудили в нем тягу к дальнейшему учению. Мария Дмитриевна, еще раз собрав последние силы и последние средства, решила попытать счастья и повезти сына в Петербург. Весной 1850 г. на берегах Невы очутились худощавая, скромно, одетая старушка, худенькая, все время кашляющая девушка лет 27 и высокий пышноволосый мальчик. Все трое взволнованно оглядывали столицу: это было место, где предстояло им отныне жить.
В столице оказалось больше возможностей попасть в высшее учебное заведение. Выбор сначала остановился на Медико-хирургической академии. Но здесь ждала неудача. Попробовав предварительно присмотреться к занятиям студентов, молодой Менделеев не выдержал присутствия на вскрытии и упал в обморок. Пришлось отказаться от этого плана.
Мать считала всегда лучшей дорогой для человека — педагогическую и хотела, чтобы и Митя пошел по ней, поэтому Главный педагогический институт показался ей и сыну как раз тем учебным заведением, которое даст не только знания, но и настоящую, широкую дорогу в будущем. Но прием в Педагогический институт производился раз в два года и как нарочно в 1850 г. его не было. Мария Дмитриевна сделал все, на что хватало ее упорных материнских сил. Она обегала все инстанции, обошла всех влиятельных людей и добилась-таки, с помощью влиятельного Чижова, товарища ее покойного мужа, что сына ее, в исключение из правил, приняли казеннокоштным студентом среди учебного года. Для Марии Дмитриевны это было большим счастьем и успокоением. Наконец-то она почувствовала, что Митенька ее на верной дороге, а это было главное, к чему она стремилась всеми своими силами.
Да и не одна Мария Дмитриевна почувствовала успокоение, — все трое могли считать большой удачей и счастьем Митино поступление в институт. Его будущее можно было уже считать обеспеченным. B годы учения институт заботился обо всех студенческих нуждах. По окончании предоставлял место. Но главная удача была в том, что Педагогический институт считался лучшей из высших школ того времени по блестящему составу профессуры. Лучшие петербургские профессора преподавали там. На естественно-математическом факультете лекции по математике читал академик М. В. Остроградский, по физике — академик и профессор университета Э. Хр. Ленц, по астрономии — профессор университета А. Н. Савич, по химии — профессор университета А. Аб. Воскресенский, по минералогии и геогнозии — профессор университета Ст. Сем. Куторга, по ботанике — профессор университета И. О. Шиховский, по зоологии — академик Ф. Ф. Брандт, по педагогике — профессор Вышнеградский. Каждый из профессоров был известен трудами в своей области, каждый был знаменитостью не только в студенческих кругах, а Дмитрию Менделееву, как и веянному начинающему студенту, импонировало имя профессора.
Марии же Дмитриевне казалось, что Педагогический институт, по знаниям, получаемым в нем, и по тому значению, которое приобретали его воспитанники, делающиеся преподавателями средних учебных заведений, а иные и высших и передающие знания следующим за ними поколениям, как раз соответствует замеченным ею у сына способностям и стремлениям. Педагогическая деятельность казалась ей лучшей дорогой для сына. Кроме того, директор академик Давыдов производил некоторые перемены в порядках института, и всероссийский упор на «латынщину» был несколько ослаблен, что также не могло не нравиться Менделеевым.
Устроив сына, она и сама осталась в Петербурге, чтобы быть поближе к Митеньке, и поселилась с дочерью Лизой где-то на чердаке. Средства обеих женщин были очень скудные, едва не нищенские. Вдовья пенсия, которой кое-как могло хватать в Сибири, при столичной дороговизне обрекала их на полуголодное существование. Но и тут Мария Дмитриевна крепилась до конца, единственно боясь, как бы не опуститься до одних материальных забот и горестей, не имея минут и сил для душевной жизни. Но конец был уже очень близок: осенью, после поступления Мити в институт она умерла 61 года от роду. Умирая передала ему образ, на обратной стороне которого написала: «Благославляю тебя, Митенька. На тебе была основная надежда старости моей. Я прощаю твои заблуждения и умоляю обратиться к богу. Будь добр, чти бога, царя, отечество и не забывай, что должен на суде отвечать за все. Прощай, помни мать, которая любила тебя паче всех. Мария Менделеева».
Много лет спустя, внучка ее, дочь «благоразумной Катеньки», Екатерина Ивановна, писала о ней: «Вообще можно сказать, что судьба Марии Дмитриевны была глубоко трагична. Все в жизни ее выходило наперекор ее желаниям. Она страстно любила и старательно воспитывала свою первую дочь, — та умирает 14 лет от скоротечной чахотки. Она надеялась, что старший сын ее получит прекрасное образование в Москве, — тот так повел себя, что пришлось его взять домой. Она любила фабрику, природу, жизнь в деревне, свое дело, — для воспитания мальчиков надо было все оставить и уехать в город. Она любила и ценила вторую дочь свою «благоразумную Катеньку», как она ее называет, и радовалась ее семейному счастью, но ее трудовые обязанности не позволяли ей ездить повидать любимую дочь, доброго зятя и внуков. Она целых четыре года не могла собраться к ним. Старшая незамужняя дочь ее, горячо любимая даровитая Полинька, фанатично отдается религии, отшатывается от матери и гибнет. Наконец, Вениамина своего, своего Митеньку, везет она на последние деньги в Петербург и устраивает учиться, — и то неумолимая смерть не дает ей хотя взглянуть и порадоваться на плоды трудов своих по воспитанию сына».
Но разве это все, что можно сказать о печальной судьбе этой замечательной женщины, всю жизнь положившей на семью и материнство? Легко ли проходили смерти пятерых ее детей, умерших в младенчестве, легка ли ей была трехлетняя слепота мужа и смерть его. Какие нужны были душевные силы, чтобы побеждать все препятствия, подавляя горе, не потерять энергию, поставить на ноги всех до последнего из детей своих? Сто лет назад женщина, прикованная всеми предрассудками к семейному очагу, не могла безболезненно решиться на такую ответственность, на которую решилась Мария Дмитриевна. В Сибири женщины, заправлявшие делами, не редкость, но за ними бывали нажитые кем-то до них капиталы, кредиты, была фирма. Мария Дмитриевна своими руками из четырех стен пустого завода создала дело, не мечтая о богатстве, но сознавая, что без этого ее дети будут голыми, босыми и никому ненужными неучами. «Я в течение 10 лет приносила фабрике в жертву мое спокойствие, мое здоровье, мои материнские радости и питаюсь теперь горькими плодами суетного тщеславия» — писала Мария Дмитриевна в одном из писем. При всей своей хозяйственности, она все же была чужда фабрике. Но дело приходилось вести, потому что помощи неоткуда было ждать. Все что сделала Мария Дмитриевна, было за счет собственных сил, труда, понимания жизненного долга.