Задумав жениться, Алексей Михайлович в 1647 году выбрал себе в жены дочь Рафа Всеволожского. Но пришлось отказаться от своего решения из-за интриг, в которые, вероятно, замешан был Морозов. В 1648 году царь заключил брак с Марьей Ильинишной Милославской. Вскоре Морозов женился на сестре ее Анне. Таким образом, Б.И. Морозов и тесть его И.Д. Милославский приобрели первенствующее значение при царском дворе дворе.
От этого брака родились сыновья – будущие цари Федор Алексеевич и Иван V и дочь Софья.
К этому времени, однако, уже ясно обнаружились результаты плохого внутреннего управления Морозова. По его инициативе царским указом и боярским приговором 7 февраля 1646 года была установлена новая пошлина на соль. Она превосходила рыночную цену соли – одного из главнейших предметов потребления всего населения – приблизительно в полтора раза и вызвала сильное недовольство народа. К этому присоединились злоупотребления Милославского и молва о пристрастии царя к иностранным обычаям. Все эти причины вызвали Соляной бунт в Москве 2~4 июня 1648 года и беспорядки в других городах.
Новая пошлина на соль была отменена в том же году. Морозов продолжал пользоваться царским расположением, но уже не имел первенствующего значения в управлении государством. Алексей Михайлович возмужал и более не нуждался в опеке. Он писал в 1661 году, что «слово его стало во дворце добре страшно».
Но мягкая, общительная натура царя нуждалась в советчике и друге. Таким «собинным», любимым другом стал владыка Никон.
Будучи митрополитом в Новгороде, где со свойственною ему энергией он в марте 1650 года усмирял мятежников, Никон овладел доверием царским, посвящен был 25 июля 1652 года в патриархи и стал оказывать прямое влияние на государственные дела.
Царица Мария Милославская, жена царя Алексея Михайловича
Земской Собор в Москве 1 октября 1653 года принял решение о принятии Украины в состав России. Спедствием этого было объявление Россией 23 октября того же года войны Речи Посполитой, притеснявших украинцев.
Во время войн 1654–1658 годов Алексей Михайлович часто отсутствовал в Москве, находился, следовательно, вдали от Никона и присутствием своим не сдерживал властолюбия патриарха. Возвратившись из военных походов, он стал тяготиться его влиянием. Враги Никона воспользовались охлаждением к нему государя и стали непочтительно относиться к патриарху. Горделивая душа архипастыря не могла снести обиды. 10 июля 1658 года он отказался от своего сана и уехал в основанный им Новоиерусалимский Воскресенский монастырь. Государь, однако, не скоро решился покончить с этим делом. Лишь в 1666 году на Церковном Соборе под председательством патриархов Александрийского и Антиохийского Никон был лишен архиерейского сана и заточен в Белозерский Ферапонтов монастырь.
Во время военных походов Алексей Михайлович побывал в западных городах – Витебске, Полоцке, Могилеве, Ковно, Гродно, Вильно. Здесь ознакомился с похожим на европейский образом жизни. По возвращении в Москву царь сделал перемены в придворной обстановке. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и мебель на немецкий и польский образец. Постепенно менялась жизнь и простых горожан.
С устранением Никона не уничтожены были главные его нововведения – исправление церковных книг и изменения некоторых религиозных обрядов (форма церковных поклонов, крещение тремя перстами, использовании для богослужения икон только греческого письма). Многие священники и монастыри не согласились принять эти новшества. Они стали называть себя старообрядцами, а официальная Русская Православная Церковь именовала их раскольниками. В Успенском соборе Московского Кремля 13 мая 1666 года был предан анафеме один из руководителей старообрядцев – протопоп Аввакум.
Особенно упорное сопротивление оказал Соловецкий монастырь, осажденный с 1668 года правительственными войсками. Он был взят воеводой Мещериновым 22 января 1676 года, мятежники были перевешаны.
В то же время на юге поднял бунт донской казак Степан Разин. Ограбив караван гостя Шорина в 1667 году, Разин двинулся на Яик, взял Яицкий городок, грабил персидские суда, но в Астрахани принес повинную. В мае 1670 года он снова отправился на Волгу, взял Царицын, Черный Яр, Астрахань, Саратов, Самару и поднял на восстание черемисов, чувашей, мордву, татар. Войско Разина под Симбирском было разбито князем Ю. Барятинским. Разин бежал на Дон и, выданный там атаманом Корнилом Яковлевым, был казнен в Москве 27 мая 1671 года.
Вскоре после казни Разина началась война с Турцией из-за Малороссии. Война окончилась 20-летним миром лишь в 1681 году.
Из внутренних распоряжений при царе Алексее Михайловиче замечательно основание новых центральных учреждений (приказов): Тайных дел (не позже 1658 года), Хлебный (не позже 1663 года), Рейтарский (с 1651 года), Счетных дел, занятый проверкой прихода, расхода и остатков денежных сумм (с 1657 года), Малороссийский (с 1649 года), Литовский (в 1656–1667 годах), Монастырский (в 1648–1677 годах).
В финансовом отношении сделано также несколько преобразований. В 1646 году и последующих годах была совершена перепись тяглых дворов с их совершеннолетним и несовершеннолетним населением мужского пола. Указом от 30 апреля 1654 года запрещено было взимать мелкие таможенные пошлины (мыт, проезжие пошлины и годовщину) или отдавать их на откуп.
Ввиду недостатка денежных средств во множестве были выпущены медные деньги. С 1660-х годов медный рубль стал цениться в 20–25 раз дешевле серебряного; Наступившая вследствие этого страшная дороговизна вызвала народный мятеж 25 июля 1662 года, названный Медным бунтом. Мятеж был усмирен высылкою против восставшего народа стрелецкого войска.
Богдан Хмельницкий. Подданство Малороссии в 1654 г. ХудожникА. Кившенко
Указом от 19 июня 1667 года велено было приступить к постройке кораблей в селе Дединове на Оке.
В области законодательства было составлено и издано Соборное Уложение – свод законов Российского государства (печаталось в первый раз 7~20 мая 1649 года). Его дополняли в некоторых отношениях Новоторговый устав 1667 года, Новоуказные статьи о разбойных и убийственных делах 1669 года, Новоуказные статьи о поместьях 1676 года.
При Алексее Михайловиче продолжалось колонизационное движение в Сибирь. Прославились в этом отношении: А. Булыгин, О. Степанов, Е. Хабаров и другие. Были основаны города Нерчинск (1658 год), Иркутск (1659 год), Селенгинск (1666 год).
В последние годы правления Алексея Михайловича при царском дворе особенно возвысился А.С. Матвеев. Через два года по смерти М.И. Милославской царь женился на родственнице Матвеева – Наталье Кирилловне Нарышкиной (22 января 1671 года). От этого брака у Алексея Михайловича родился сын – будущий император Петр I.