Ядром полевой артиллерии был созданный Брюсом Артиллерийский полк. Он состоял из одной бомбардирской, шести канонирских и одной минерной рот. В гарнизонной артиллерии насчитывалось до 30 команд, рассеянных по крепостям. Количество орудий полевой и гарнизонной артиллерии, не считая с ними полковых и корабельных, доходило до 5000 единиц. Орудия эти были медные и чугунные, от 6-фунтового до 9-пудового калибра. Медные орудия отливались в Москве и Петербурге, чугунные — в Воронеже, Олонце, Сестербеке и Екатеринбурге. Тяжелая артиллерия хранилась на складах в Москве, по крепостям и особым запасным дворам — в Петербурге, Брянске (на польской границе) и Ново-Павловске (у турецкой границы) — на каждом по 240 пушек и 72 гаубицы и мортиры. Порох изготовлялся на заводах московском, петербургском, охтинском и сестрорецком. Оружие делалось на заводах в Туле и Сестербеке. Специальное артиллерийское образование давала школа при Петербургском лабораторном доме. На содержание всего артиллерийского ведомства 21 мая 1724 года положено отпускать ежегодно по 300 тысяч рублей — из подушного 12-гривенного сбора с купцов и из остатков от 4-гривенного сбора с государственных крестьян.
Брюсу, располагавшему теперь, в 1725 году, не теми артиллерийскими средствами, которые были у него в 1704 году, оставалось только работать в пользу дальнейшего развития русского артиллерийского дела.
Однако с воцарением Екатерины I артиллерийская деятельность его почти прекратилась.
За 1725 год Брюс, «доношениями Артиллерийской Канцелярии», подготовил только два указа по артиллерийской части. Первый, от 29 апреля 1725 года, о том, что «при артиллерии к покупке и к свидетельству материалов против проб, определить из артиллерийских служителей, кого та Канцелярия за благо рассудит, и быть им при том деле за присягою и свидетельство чинить, как о том в регламенте Адмиралтейском напечатано; а из купецких людей к тому свидетельству не определять». Второй, от 7 декабря 1725 года, о прибавке «московским пороховым уговорщикам, за порох, который по указу 17 Января 1724 года, определено делать новым маниром», к прежним 2 рублям 90 копейкам еще по 34 копейки на пуд казенной цены.
Нельзя сказать, чтобы Брюс со времени воцарения Екатерины I предпочел артиллерии Берг-коллегию, «по доношению и мнению», в качестве президента которой издал всего один указ — от 27 октября 1725 года, «о определении на Монетные дворы для караулов урядников и солдат из гарнизонных регулярных, с обыкновенною переменою по недельно, а именно: в Москве, на три двора, урядника, капрала, ефретура, да солдат 24 человека, в Санкт-Петербурге, на два двора, капралов 2, ефретуров 2, солдат 16 человек, понеже как в Санкт-Петербурге, так и в Москве, на Монетных двора без твердого караулу пробыть ни которыми меры невозможно».
Вместе с тем Брюс в качестве одного из старейших «птенцов гнезда Петрова» и полезнейших сподвижников «первого Императора» был весьма уважаем императрицей Екатериной I. 21 мая 1725 года, в день брака цесаревны Анны Петровны с герцогом Голштинским Карлом-Фридрихом, ему была поручена весьма почетная свадебная должность брата августейшей невесты. 30 августа того же года императрица возложила на Брюса как кавалера Андреевского ордена орден Святого Александра Невского, учрежденный ею 21 мая.
Можно было бы предположить, что Брюс устал и от этого мало занимался государственной деятельностью. Однако думается, что подлинные причины пассивности Брюса кроются в обстановке, сложившейся при дворе императрицы Екатерины I. Да, она почитала Брюса, но это почитание вызывало раздражение и ревность со стороны высокопоставленных вельмож при дворе. Именно в этот период выдвигается А. И. Остерман, с которым у Брюса не было особой дружбы. Но наиболее влиятельной фигурой при дворе оставался А. Д. Меншиков, умело влиявший на императрицу. Для него высокое положение Брюса было не совсем выгодно, и дружба, которая сложилась между ними при Петре, ушла на второй план. Как отмечал В. Н. Татищев, после смерти Петра I в сложных условиях обострившейся борьбы за власть Брюс сумел сохранить независимое положение и не примкнул ни к одной из враждовавших группировок «и от обоих в любви и поверенности пребывал».
Так, человек, проводивший активную деятельность при царе-преобразователе, постепенно теряет былую предприимчивость, не видя должного понимания среди власть предержащих. Умный чиновник, порядочный и честный военный, Брюс видел и некоторое пренебрежение к себе. В полной мере это новое положение генерал-фельдцейхмейстера проявилось при формировании Екатериной I Верховного Тайного совета, в который вошли князь А. Д. Меншиков, граф Ф. М. Апраксин, граф Г. И. Головкин, граф П. А. Толстой, князь Д. М. Голицын, барон А. И. Остерман и герцог Голштинский. Последний введен в состав совета через неделю, 15 февраля 1726 года.
Оказавшись вне членов Верховного Тайного совета, которые были такими же, как Брюс, «птенцами гнезда Петрова», Яков Вилимович обратился к Екатерине I с просьбой о выдаче ему жалованной грамоты с подтверждением его заслуг. Видимо, Яков Брюс не мог рассчитывать на дальнейшее расположение к нему членов Верховного Тайного совета и поэтому решил заручиться документом — поддержкой самой императрицы. Вообще необходимо отметить, что в истории России это был первый случай, когда выдавалась жалованная грамота по просьбе ее получателя. Брюс и в этом создает прецедент.
Для Екатерины I, видимо, было понятно уже тогда, что Яков Брюс собирается уходить в отставку, благо ей не нужно было делать это самой. Тем более что генерал-прокурор П. И. Ягужинский, подавая императрице сочиненную им «Записку о состоянии России», отмечал: «Не малый апартамент в государстве артиллерия, а генерал-фельдцейхмейстер уже весьма ослабел, а на его место не токмо кто видится быть достоин, но ниже и в помышление приходит кому, чтоб на его место человека заранее усматривать».
31 марта 1726 года Брюсу была выдана жалованная грамота императрицы. По всей видимости, оценив масштабность всего, что было сделано Брюсом в Петровское время, императрица жалует ему чин генерал-фельдмаршала и награждает орденом благоверного князя Александра Невского. После этого он подает прошение об отставке и получает ее со всех военных и государственных постов 6 июля 1726 года в возрасте 57 лет.
27 апреля 1727 года Я. В. Брюс приобретает за 4500 рублей серебром у князя А. Г. Долгорукова усадьбу в 42 верстах к востоку от Москвы у впадения реки Вори в Клязьму. Здесь он отстраивает новый усадебный комплекс. С этой усадьбой, старейшей из сохранившихся в Подмосковье, связаны последние 8 лет его жизни.
