Продолжает Яков Вилимович руководить Монетным двором, проводя денежную реформу, направленную на борьбу с фальшивомонетчиками. Эта борьба была довольно жесткой. Так, 5 февраля 1723 года Брюс лично объявил в Берг-коллегии указ об отсечении головы фальшивомонетчикам, которые, с «влитым в горло расплавленным металлом, не скоро умирают».
После отставки Брюса Монетный двор был выведен из состава Берг-коллегии.
7 мая 1724 года, при короновании Петром Великим Екатерины на престол как императрицы, генерал-фельдцейхмейстер Брюс в свите царских регалий нес перед государем императорскую корону. Его жена Марфа Андреевна вместе с княгиней Меншиковой, графиней Головкиной и княжной Трубецкой поддерживала шлейф императрицы.
В последние дни января 1725 года тяжело заболел царь. Брюс не только присутствовал во дворце со всею знатью, но и принимал участие в «конгрессе» первейших чинов империи, провозгласившем на рассвете 28 января императрицу Екатерину преемницей умершего императора, причем «в том же преждереченном конгрессе (повествует самовидец) от всех прошен Генерал-Фельдцейхмейстер Сенатор и Кавалер граф Яков Брюс, дабы принял на себя труд о обустроении погребения императорского, и принадлежащего к тому, по обычаю прочих в Европе государств. И его превосходительство, получив себе в помощь господина генерала Бона, и выбрав угодных к тому делу управителей и прочих помощников, також и вся к тому нужная изготовив и мастеров разных художеств созвав, со всяким тщанием ему врученное дело производил и исполнил». Так Брюс в звании верховного обер-маршала печальной комиссии отслужил свою последнюю службу Петру.
В память императора Яков Брюс разрабатывает рисунок к 1160 золотым (от 4 до 50 червонцев) и 10 900 серебряным медалям. Этот рисунок был представлен в Сенате 24 февраля 1725 года. В ходе обсуждения Сенатом он был принят за основу с некоторыми изменениями оборотной стороны медали — вместо «лежащих на земле корон и прочего» решено «быть столику и на нем скипетр и держава».
Кроме медалей, Я. В. Брюс разрабатывает церемониальные планы погребения Петра. Эти планы включали: реестр певчих при гробе, изложение указа императрицы Екатерины I о погребении Петра I и Натальи Петровны (дочь Петра Алексеевича умерла 2 марта и была похоронена вместе с отцом), порядок, как поступать при погребении (инструкция на 8 листах), план погребальной церемонии (на 13 листах, в виде раскладушки), донесения об участниках погребения, опись участников погребения, опись подданных, шедших в церемонии (всего 69 человек), церемонию шествия в рисунках.
В этом огромном труде (на 66 листах) Брюс расписал до мельчайших деталей все нюансы погребения императора.
Петр I был похоронен 10 марта. Работами по бальзамированию тела императора также руководил Яков Вилимович Брюс.
Вот как описывает похороны A.C. Чистяков: «На крепости вывешены были черные флаги, по Неве, вдоль мостков, стояло войско с белыми восковыми факелами в руках; народу было видимо-невидимо; Нева, набережная, окна и крыши домов были унизаны зрителями и у всех в руках были восковые свечи. После третьего сигнального выстрела гроб вынесли с церемонией и поставили под балдахином на великолепные сани, обтянутые черным бархатом с золотыми галунами и запряженные восемью лошадьми в черных бархатных попонах, вышитых золотыми государственными гербами.
Шествие открывали унтер-офицеры гвардии с алебардами. За маршалом шли литаврщики, трубачи, пажи и придворные кавалеры. За ними, в епанчах с длинным крепом, иностранные купцы и депутаты завоеванных областей, каждое отделение отделялось гоффурьером верхом; за красным военным знаменем вели любимую лошадь государя, на которой он бывал в сражениях; на ней была богатая сбруя, а на голове белые и красные перья. Несли областные знамена, и за каждым лошадь в попоне, также желтый адмиральский штандарт, который император распускал на ботике, во время торжественного плавания. За белым знаменем с изображением ваятеля, отделывающего статую России, — вели лошадь под зеленой попоной с разноцветными перьями на голове; далее следовали латник в золотых латах на коне, а затем пеший траурный латник, с опущенным мечом, и знамя печали — черное. Несли герб государственный и гербы областей, шло духовенство с крестами, при печальном пении певчих, за духовенством несли гроб Натальи Петровны, под балдахином. Герольдмейстеры несли государственные мечи, опущенные вниз, ордена, короны царств, скипетр, державу и императорскую корону. Затем сани с гробом императора. Полковые знамена преклонялись к земле, по мере приближения к ним гроба, и замолкавшая похоронная музыка опять раздавалась. За гробом шла императрица с лицом, закрытым черною мантией, ее под руки вели Меншиков и Апраксин, шлейф несли камергеры, по сторонам шли драбанты, в свите ее — придворные. Таким же порядком, но с постепенно уменьшающейся свитой шли все остальные члены царской фамилии; последним шел великий князь Петр Алексеевич со свитой. За ним придворные, знатные дамы и девицы, чиновники, дворяне и купцы. Шествие замыкали унтер-офицеры гвардии; у всех в руках были зажженные свечи, исключая тех, которым надобно было нести что-нибудь, кого-нибудь поддерживать или держаться за шнуры и кисти катафалка; народ тоже шел с зажженными свечами.
Через каждую минуту раздавался пушечный выстрел; похоронное пение, погребальная музыка, плач и рыдание нескольких тысяч человек производили потрясающее действие на присутствующих.
Гроб поставили на приготовленное место; по окончании службы раздались три оглушительных залпа из орудий и ружей всего войска. Феофан Прокопович сказал надгробное слово; оно было не длинно, но говорил он его долго, потому что его поминутно прерывали отчаянные крики, плач и стоны присутствующих.
Гроб Петра только через шесть лет опустили в каменный склеп, а до тех пор он стоял на виду, покрытый порфирой и при нем постоянно находилась почетная стража».
В начале царствования Екатерины I Брюс, как генерал-фельдцейхмейстер, продолжает руководить артиллерийским ведомством, которое не просто управляло мощной артиллерией, главное, был заложен механизм ее дальнейшего развития.
К личному составу этого ведомства по табелям 1725 года принадлежали 5579 артиллерийских чинов: в полевой артиллерии пять генерал-майоров, 77 штаб- и обер-офицеров, 1435 унтер-офицеров и рядовых, 1010 неслужащих, 270 инженерных нижних чинов, 194 мастеровых артиллеристов и инженеров; при гарнизонной артиллерии, кроме Сибири, 40 штаб- и обер-офицеров, 1995 унтер-офицеров и рядовых, 58 неслужащих, 202 мастеровых; при гарнизонной артиллерии в Сибири 20 штаб- и обер-офицеров, 185 унтер-офицеров и рядовых, 87 неслужащих и мастеровых.
