Несмотря на все эти досадные помехи, деятельность Брюса по руководству Берг- и Мануфактур-коллегией была довольно плодотворной.
Так, в 1719 году он разрабатывает Берг-привилегию, утвержденную Петром 10 декабря 1719 года. Этот документ имеет огромное значение для развития горного дела, металлоплавильного производства и разработки полезных ископаемых. Фактически принятие этого документа стало основой для деятельности Берг-коллегии. Кстати, благодаря ему датой образования Берг-коллегии принято считать 1719 год.
Берг-привилегия провозглашала, что «всем и каждому дается воля, какого бы чина и достоинства ни был: во всех местах, как на собственных, так и на чужих землях искать, копать, плавить, варить и чистить всякие металлы; сиречь злато, серебро, медь, олово, свинец, железо; так же и минералов, яко селитра, сера, купорос, квасцы и всяких красок потребные земли и каменья, к чему каждой толико промышленников принять может, колико тот завод и к тому подобное иждивение востребует».
В следующих пунктах предлагалось с заявлениями о найденных металлах и минералах являться за помощью в Берг-коллегию, которая выдает жалованные грамоты для отвода участков, субсидирует деньги на стройку и производство работ по выработке металла и добыче полезных ископаемых.
Принятие Берг-привилегии дало невероятно мощный толчок в деле поиска и разработки новых рудников, новых регионов, в будущем известных не только по России. Так, в 1720–1722 годах были найдены полезные ископаемые на Урале, в Сибири, на севере Европейской части России, в Донбассе, были открыты залежи каменного угля на Северном Донце, в Подмосковье и близ Кузнецка в Сибири. Благодаря этим открытиям в России стала зарождаться тяжелая промышленность на собственной основе (напомним, что в конце XVII — начале XVIII века как руда, так и металл ввозились в страну из Англии и Швеции), в стране появляется своя топливно-энергетическая база, обеспечивавшая потребности страны до середины XX века. Даже в годы первых советских пятилеток мощная экономика огромной державы базировалась на месторождениях, открытых в те годы Берг-коллегией под руководством Брюса.
При этом президент Берг- и Мануфактур-коллегии не только ратовал за открытие новых месторождений и строительстве заводов, но и настаивает на закрытии разработок в бесперспективных районах.
Так, обнаруженные в начале XVIII века в Московском, Клинском, Боровском, Серпуховском и Каширском уездах железные руды были признаны после проведения опытных плавок «негодными в дело», видимо, по их бедности: «железо из них становилось дорогою ценою», и потому решением Берг-коллегии, утвержденным Сенатом, разработка здесь налажена не была. Прекратил в начале XVIII века работу и подмосковный Павловский (Сорокинский) завод, по причине «оскудения дров» и, возможно, плохого качества руды, которое не позволяло еще в XVII веке конкурировать Подмосковью с Тулой. Замирает обработка железа в Серпухове, возможно, ввиду конкуренции соседних, расположенных за Окой Скнижского и Вепрейского вододействуемых заводов. Закрылась появившаяся в 1698 году ружейная фабрика Елизара Избранта на реке Воре в Глинках.
Зато в Москве сохраняется Пушечный двор, переименованный в Арсенал и снабжавший армию Петра оружием в годы Северной войны. Подобный же «пушечный двор» в Санкт-Петербурге, по указанию Петра, строит Брюс в 1714 году. Причем новый Арсенал, петербургский, был больше московского, поскольку, согласно сведениям Кириллова, изложенным в его докладе Сенату, в середине 1720-х годов на петербургском Арсенале работало 218 человек с мастеровыми, а на московском — 131 человек. Интересно отметить и то, что Кириллов в составе мастеровых указывает двух колокольных мастеров и пять человек паникадильных мастеров, подмастерьев и учеников — даже в разгар Северной войны московский Арсенал лил колокола на продажу и делал церковную утварь.
16 февраля 1720 года в ведение президента Берг- и Мануфактур-коллегии поручается Петербургский монетный двор. Этот шаг был вынужденным, и сам Брюс стал его инициатором, обратившись с докладом к Сенату. Дело в том, что в России в 1718 году была введена медная монета для размена денег. Планировалось вывести из обращения серебряные монеты. Однако это породило не только повышение цен, но и увеличение числа фальшивомонетчиков. Поэтому Яков Брюс и обращается с докладом о необходимости проведения денежной реформы, способной преодолеть проблему фальшивых денег. Как уже отмечалось выше, такую реформу в 1698 году проводил в Англии И. Ньютон в период пребывания там Якова Вилимовича Брюса, который сотрудничал несколько месяцев с великим английским ученым и не понаслышке знал механизм проведения подобной реформы.
С другой стороны, введение медных денег потребовало внести изменения в стратегию производства металлов. Если в начале XVIII века особенно остро стоял вопрос о чугуне, железе, стали для покрытия спроса войны, теперь эти потребности военных ведомств, видимо, достаточно удовлетворялись существующей уже сетью чугуноплавильных и железоделательных предприятий, о чем свидетельствует указ Берг-коллегии 1721 года, сдерживавший рост подобных заводов и даже приводивший к их сокращению. Наоборот, потребность в меди продолжала оставаться острой и даже чувствовалась более напряженно. О том, как обстояло дело с медью, пожалуй, лучше всего может свидетельствовать заметка Петра I от 14 февраля 1724 года. Он предполагал предоставить возможность частным лицам «медь у ково есть в домах» переделывать за плату на Монетном дворе в «деньги» и даже вновь возвращался к мысли об использовании колоколов, только теперь не для переливки в пушки, как после нарвской катастрофы, а для перечеканки в монету, чтобы окончательно вывести из употребления серебряные копейки. Разрабатывавшиеся у Онежского озера медные рудники были и небогаты и неудобны для выемки породы, опыты в других местах вовсе оказались неудачными. Поэтому богатые руды Урала, естественно, становились основой медной промышленности.
Кушурские медные заводы, описанные Геннином, были созданы в 1710–1718 годах известным заводчиком Федором Молодым и не удовлетворяли полный спрос на медь. Поэтому Берг-коллегия в 1723–1725 годах очень быстро, подчас одновременно строит на казенные средства пять медных заводов: Екатеринбургский (в верховьях Исети); Лявинский (за Уральским хребтом, в верхнем течении реки Ляли — притока Сосвы); Егошихинский (Ягошихинский) у впадения в Каму речки Егошихи на месте современной Перми; севернее его Пыскорский, получивший имя от монастыря, на земле которого, у впадения речки Камгорки в Каму, он был расположен, и Полевский — на юге (на речке Полевой, притоке Чусовой в ее верховьях — по эту сторону Урала).
