Одновременно с назначением на «Байкал», он просит у начальника Главного морского штаба князя Меншикова разрешения после доставки грузов в Петропавловск-Камчатский пройти к Сахалину и провести исследования в устье Амура Меншиков сомневался в том, что Невельскому удастся добраться до Петропавловска-Камчатского раньше осени 1849 г., а деньги были выделены на содержание транспорта «Байкал» и его плавание в течение только одного года плавания.
И поэтому Невельской решил ускорить свой выход из Кронштадта, как можно быстрее добраться до Камчатки, быстро сдать казенные грузы и выигранное таким образом время употребить на исследования в Амурском лимане, сделав вид, что судно попало туда случайно. А последнее необходимо было для того, чтобы не вызвать нареканий со стороны Министерства иностранных дел, боявшегося осложнений с Китаем Дело в том, что граница в районе нижнего Амура так и не была к тому времени точно установлена. По крайней мере, Министерство иностранных дел России постановило считать южную границу России проходящей по южным склонам Станового и Хинганского хребтов до Тугурской губы Охотского моря, т. е. собиралось ни много ни мало отдать навсегда Китаю весь Амурский бассейн.
Будучи назначенным командиром «Байкала», Г. И. Невельской по указанию князя Меншикова представился незадолго до этого назначенного генерал-губернатором Восточной Сибири (в ее составе считались Камчатка и побережье Охотского моря) генерал-майору Николаю Николаевичу Муравьеву и доложил ему о своем намерении обследовать Амурский лиман для того, чтобы убедиться в том, что Сахалин остров и устье Амура судоходно. Выслушав со вниманием доводы Невельского, Н. Н. Муравьев, по словам Геннадия Ивановича, «изъявил полное сочувствие моему предложению, выразил, что он со своей стороны постарается употребить все средства к его осуществлению» [35, с 74].
Г. И. Невельской составил и представил князю Менши-кову проект инструкции для командира «Байкала», в котором предписывалось: «По сдаче груза в Петропавловске следовать в Охотское море, тщательно осмотреть и описать залив Константина (залив Академии и соседственный с ним юго-западный берег Охотского моря, до лимана Амура, исследовать лиман этой реки и её устье и описать северо-восточную часть Сахалина до 52° северной широты. Затем отправиться в Охотск, сдать транспорт и с офицерами через Сибирь возвратиться в Петербург. По прибытии в Камчатку находиться в распоряжении генерал-губернатора Восточной Сибири ввиду содействия с его стороны в возлагаемом на вас поручении».
Прочитав этот проект, князь вычеркнул лиман и устье Амура, а вместо этого написал: «и осмотреть юго-западный берег Охотского моря между теми местами, которые были определены или усмотрены прежними мореплавателями», и при этом он сказал Невельскому, что исполнение им распоряжений генерал-губернатора должно ограничиться лишь пределами этой инструкции, в противном случае Невельской будет подвергнут строжайшей ответственности [35, с 83]
В Кронштадте, перед отходом «Байкала», Невельской побывал также у адмирала Ф. Ф. Беллинсгаузена, участника плавания Крузенштерна вокруг света, который сказал ему, что «опись, произведенная И. Ф. Крузенштерном в северной части Амурского лимана, а равно и предположение его, что у восточного берега Сахалина существует бар одного из рукавов реки Амура, — весьма сомнительны». С запиской от Беллинсгаузена Невельской побывал у Врангеля. Последний, предупреждая Невельского о секретности всего этого дела, заявил: «Впрочем, все, что здесь замечательно, это то, что устье реки Амур и ее лиман оказались недоступными» [35, с. 83, 84]. И Врангель показал Невельскому, как подтверждение своих слов, копию с журнала описи Гаврилова. Эти документы показались Невельскому неубедительными и лишь укрепили его намерения проверить их самому на «Байкале».
«Байкал» был заложен на верфи в Гельсингфорсе (теперь Хельсинки) в январе 1848 г. и благодаря энергии и настойчивости Геннадия Ивановича Невельского и старшего офицера транспорта лейтенанта Петра Васильевича Козакевича был закончен постройкой на несколько месяцев ранее намеченного срока. 20 июля (1 августа) судно прошло в Кронштадт и началась приемка грузов.
«Байкал» был двухмачтовым барком (на носовой мачте прямые паруса, на кормовой — косые) грузоподъемностью 250 тонн, длиной 94 фута (28,5 м), шириной 24 фута 7 дюймов (7,5 м), при полном грузе должен сидеть ахтерштевнем 12 футов 9 дюймов (3,8 м), а форштевнем 11 футов 8 дюймов (3,5 м). Экипаж транспорта состоял из командира капитан-лейтенанта Г. И. Невельского, лейтенантов П. В. Козакевича (старший офицер), А. Л. Гревенса, мичманов Гейсмара и Гроте, корпуса штурманов: поручика Халезова и подпоручика Попова, юнкера князя Ухтомского, лекаря Берга. Нижних чинов было: унтер-офицеров 3, матросов 22, баталер 1, артиллерийский унтер-офицер 1, фельдшер 1. Кроме того, на транспорте плыли в Петропавловск 14 мастеровых, всего с пассажирами 51 человек
21 августа (2 сентября) «Байкал» покинул Кронштадт. Г. И. Невельской так и не получил утвержденную императором инструкцию, определяющую его действия по обследованию Амурского лимана после прибытия в Петропавловск и сдачи грузов. 22–24 августа судно простояло из-за свежего противного ветра на якоре у восточного берега о. Сескар и, зайдя по пути в Копенгаген, 16 (28) сентября стало на якорь в Портсмуте (Англия). Там Невельской задержался на две недели для проверки хронометров, закупки провизии и теплой одежды для команды. Геннадий Иванович не смог там приобрести подходящей шлюпки с гребным винтом, вращение которого производилось бы с помощью небольшой паровой машины, так как после заказа необходимо было ждать полтора месяца ее изготовления.
30 сентября (12 октября) «Байкал» снялся с якоря и с Портсмутского рейда направился в Рио-де-Жанейро. Только 13 (25) октября судно встретило северо-восточный пассат, который дул весьма неустойчиво, переходя нередко к востоку и даже к востоку-юго-востоку со шквалами и пасмурной погодой, а близ экватора 30 октября (11 ноября) незаметно перешел к юго-востоку.
Когда транспорт был в 100 милях от Рио- де- Жанейро, ветер стал стихать и наступил штиль, который продолжился более суток. 15 (27) ноября был брошен якорь на рейде Рио-де-Жанейро. Там были выполнены конопатка бархоута (утолщенных поясьев деревянной наружной обшивки корпуса), обтянут такелаж, выполнена покраска корпуса, пополнены запасы провизии и пресной воды.
Из Рио-де-Жанейро Невельской отправил письмо генерал-губернатору Н. Н. Муравьеву, в котором сообщил, что, судя по раннему приходу «Байкалу» в этот порт, он надеется в мае быть в Петропавловске и, по сдаче груза в этом порту, он решился, невзирая на то, получит или не получит высочайшего повеления, отправиться прямо к северо-восточному побережью Сахалина и Амурскому лиману для их описи, «о чем, — писал он, — долгом моим считаю предварить Вас, в надежде, что Вы не оставите меня своим содействием: ибо, если я не получу на произведение описи высочайшего соизволения, то подвергаюсь по закону тяжкой ответственности» [35, с 88].