11 (23) ноября отряд русских кораблей направился в Шанхай, чтобы пополнить запасы провизии. На этом переходе были обнаружены три надводных камня высотой от 40 до 60 футов (от 12 до 18 м), не обозначенные на картах(32°14′39″ с.ш. и 128°08′21″ в. д.). Все суда отряда стали на якорь у о. Садл, а Путятин на «Востоке» прошел в Шанхай, где шхуна стала в док для очистки подводной части корпуса.
Отряд возвратился в Нагасаки лишь 22 декабря (3 января) и переговоры возобновились. 24 января (5 февраля) 1854 г. отряд Путятина вышел из Нагасаки в Манилу, куда прибыл 16 (28) февраля. 23 февраля (7 марта) пришла в Манилу и шхуна «Восток», задержавшаяся у островов Бородино для их описи. В это время уже шла война с Турцией и крайне обострились отношения с Францией и Англией. Именно поэтому весь отряд Путятина 27 февраля (11 марта) отправился в Татарский пролив, плавание по которому к этому времени русские моряки уже освоили, а в Англии и Франции о его судоходности не было известно. Транспорт «Князь Меншиков» был послан в Шанхай за почтой, с тем, чтобы присоединиться к отряду у о. Гамильтон (вблизи Корейского полуострова). Шхуна «Восток» была послана к островам Рюкю для сбора сведений о действиях в Японии американского отряда кораблей под начальством командора Перри, который принудил японцев к открытию торговли с США. Корвет «Оливуца» Путятин направил прямо в Татарский пролив, а затем на Камчатку.
Соединившись у о. Гамильтон, «Паллада», «Князь Меншиков» и «Восток» в третий раз возвратились в Нагасаки и там простояли с 8 (20) апреля 6 дней. Шхуне «Восток» было поручено осмотреть острова Гото, а затем идти в Шанхай, чтобы узнать там новости из Европы, положение в которой из-за противоречий между Россией и Францией с Англией становилось все более напряженным При переходе в Татарский пролив офицеры «Паллады» произвели опись почти всего западного берега Японского моря от юго-восточной оконечности Кореи до пограничной реки Тумынь-Ула и дальше к северу по берегу материка, приблизительно от 35° до 42°31′ с. ш. При этом были описаны: открытая фрегатом бухта Посьет (названная в честь старшего офицера «Паллады» капитан-лейтенанта Константина Николаевича Посьета), острова Римского-Корсакова в заливе Петра Великого (названные так в честь командира шхуны «Восток») и залив Ольги.
17 (29) мая при входе в Татарский пролив встретили возвращающуюся из Шанхая шхуну «Восток». Римский-Корсаков доставил сообщение о начале войны: Франция объявила войну России, и приказ всем русским судам соединиться в заливе Де-Касгри.
22 мая (3 июня) «Паллада» пришла в Императорскую (теперь Советскую) гавань, где застала судно «Князь Меншиков»; корвет «Оливуца» уже ушел на Камчатку. Специальная комиссия осмотрела фрегат «Паллада» и нашла, что судно требует капитального ремонта.
Адмирал Путятин перенес свой флаг на присланный из Кронштадта фрегат «Диана», а «Палладу» решено было перевести на зимовку в р. Амур, что однако из-за мелководья не удалось. С судна была сняты все пушки и припасы и оно было оставлено в Императорской гавани с одним офицером — командиром организованного там Консгантиновского поста подпоручиком Кузнецовым и 14 матросами и солдатами.
В конце 1855 г. камчатский губернатор контр-адмирал B. C. Завойко, оставленный начальником Амурского края (Г. И. Невельской в это время был уже частным лицом, отставлен от руководства войсками и Амурской экспедицией и собирался ехать на Запад), послал мичмана Разградского в Императорскую гавань на собачьих упряжках. Он прибыл туда 17 (29) января 1856 г. и там, по полученному им распоряжению Завойко, взорвал и потопил корпус фрегата «Паллада», чтобы он не достался врагам (хотя французские и английские моряки в то время и не догадывались о местонахождении Императорской гавани). По словам категорического противника уничтожения славного фрегата Г. И. Невельского, «эта гавань так замаскирована берегом, что надобно знать очень хорошо её положение, чтобы войти в нее. На всех картах того времени весь берег Татарского пролива показан прямым и скалистым» [35, с 338].
На берегу бухты Постовой, в которой затопили фрегат «Паллада», моряками Тихоокеанского флота в 1963 г. поставлен памятник в виде колонны с земным шаром наверху, на котором помещен метровый бронзовый макет фрегата «Паллада». На постаменте высечены слова; «В знак памяти и глубокого уважения к экипажу фрегата «Паллада»». У подножия памятника — обломок шпангоута, медная пластина от обшивки корпуса и якорь с фрегата (эти детали подняты со дна бухты).
Трехмачтовый парусный фрегат «Аврора», длина 159 футов (48,5 м), ширина 42 фута (12,6 м), осадка около 13 футов (около 4 м), водоизмещение 1940 тонн, вооружение 34 24-фунтовых пушек и 24 24-фунтовых карронад, экипаж 300 моряков, в том числе 18 офицеров, построен в 1835 г. на Охтинской верфи в Петербурге подполковником корпуса корабельных инженеров И. А. Амосовым.
Фрегат под командой капитан-лейтенанта Ивана Николаевича Изыльметьева, назначенный для крейсерства в Охотском море, вышел из Кронштадта 21 августа (2 сентября) 1853 г. 27 августа (8 сентября), проходя мимо шведского местечка Треллеборг, фрегат коснулся мели, но уже через два дня был снят с нее двумя шведскими военными пароходами и 30 августа (11 сентября) стал на якорь в Копенгагене. 3 (15) сентября «Аврора» перешла в Хельсингёр, а на следующий день была выведена в море датским буксирным пароходом вместе с корветом «Наварин».
«Наварин» под командой капитан-лейтенанта Истомина также направлялся в Охотское море, но после воздействия штормов в Северном море оказался непригодным к дальнейшему океанскому плаванию и был продан в Голландии.
В ночь на 15 (27) сентяря в Северном море «Аврора» испытала жестокий шторм, во время которого поломало 10-весельные катера и фрегату были нанесены тяжелейшие повреждения, вынудившие его зайти в норвежский порт Кристиансанд. С 3 (15) октября по 25 ноября (7 декабря) фрегат «Аврора» исправлял полученные в шторм повреждения в Портсмуте. Затем фрегат прошел в Рио-де-Жанейро, обошел мыс Горн и 3 (15) апреля прибыл в Кальяо (Перу). Там в это время стояли английские и французские фрегаты под флагами контр-адмиралов Прайса и де Пуанта. В это время все ожидали начала войны Англии и Франции с Россией, и поэтому английский адмирал Прайс предложил французскому не выпускать «Аврору» с рейда, но де Пуант на это не согласился.
14 (26) апреля «Аврора» вышла из Кальяо и 19 июня (1 июля) прибыла в Петропавловск Этот самый длительный переход под парусами был совершен за рекордно короткий по тем временами срок — за 66 дней. Но сам последний переход был крайне тяжелым Как только фрегат вышел из тропиков, он попал в полосу жестоких ветров с непрерывными шквалами, и корабль часто черпал бортами.