По прошествии двух лет в летние каникулы Нильс, взяв с собой Вапса, едет повидаться с приемными родителями. И тут он опять демонстрирует характер и волю. На пароходе Вапс падает за борт, Нильс просит капитана остановить судно, но тот отказывается это делать из-за пустяка. Тогда Нильс недолго думая прыгает в воду, капитан останавливает пароход, и хозяин спасает своего пса.
Пасторская семья радушно встречает Нильса, но через некоторое время между ним и ортодоксальным лютеранином Напетом возникают принципиальные разногласия. Однажды интеллектуальный спор между ними перерастает в ссору, в которой пастор гневно заявляет воспитаннику, что тот не видит в человеке создание Божье, а в таком случае уж лучше ему стать фельдшером, чем пастырем человеческих душ. Напет как священник не может благословить своего воспитанника на служение Господу! После возвращения в Копенгаген Нильс принимает его слова к сведению. В нем самом уже созревало решение, что самой подходящей для него, теперь уже почти законченного атеиста, стала бы профессия врача. И он начинает изучать медицину, но продолжает свой интеллектуальный спор с приемным отцом, переведя его в плоскость долгих интеллектуальных разговоров с религиозной Эстер, в которых молодые люди разбирают вторую часть «Фауста» Гёте (в период работы над романом в июне 1856 года Андерсен побывал в гостях у великого герцога Саксен-Веймар-Эйзенахского, посетил в Веймаре театральную постановку обеих частей Фауста, познакомился с внуком Гёте композитором Вальтером фон Гёте и еще раз перечитал вторую часть знаменитой трагедии).
Скоро, однако, в мирную атмосферу интеллектуального спора вторгаются примитивные и жестокие реалии внешнего мира. В марте 1848 года датчане начинают военные действия против шлезвиг-гольштейнских повстанцев и поддерживающих их прусских войск. Нильс Брюде призван в армию младшим военным врачом. Во время отступления из Ютландии на остров Альс он узнает, что брат Эстер, заразившийся в армии тифом, умирает неподалеку. Он спешит к нему на помощь, но застает друга уже в агонии. На его вопрос, есть ли жизнь после смерти, Нильс отвечать не хочет, а когда Юлиус спрашивает его об этом опять, уклончиво отвечает, что так считают все христиане. Вернувшись в Сеннерборг, Нильс участвует в наступлении у деревни Сунневеде и получает тяжелое ранение. Атака датчан отбита, и Брюде остается один во рву. Он истекает кровью и прощается с жизнью, но не молится, а серьезно размышляет о том, что вещества, из которых состоит его тело, скоро опять распадутся на природные естественные элементы и мир для него исчезнет. Неожиданно он скорее чувствует, чем видит, устремленный на него взгляд. Это смотрит на Нильса нашедший его Вапс. Пес кладет лапы на плечи своего хозяина, скулит и бегает вокруг него.
«Он лежал неподвижно, тихо; пес скуля сидел у его головы, а ясная луна сияла над полем битвы большим круглым листком с нарисованным на нем иероглифом смерти, спрашивающим: „Быть или не быть?“».
Пес вывел Нильса из забытья, на секунду в раненом пробуждается чувство наивной детской веры в жизнь, которое тут же проходит, он теряет сознание.
Утром, увидев на поле боя крутящуюся беспокойно собаку, Брюде обнаруживают вернувшиеся солдаты, его отправляют в госпиталь, рана его не смертельна, он лишь потерял много крови.
Героя долго разыскивают, его считают погибшим или взятым в плен, но он наконец возвращается. Судьба, однако, подвергает его еще одному испытанию. В Копенгагене молодой врач еще больше сближается с Эстер, которая наконец обратилась в христианскую веру. Гибель Юлиуса еще теснее сплотила дружную семью Ароне, и глава ее, правоверный иудей, из любви к дочери простил ей отступничество. Однажды вечером Брюде наконец решается, он понимает, что любит Эстер, и на следующий день собирается сделать ей предложение руки и сердца. Велико же его отчаяние, когда утром его вызывают к Аронсам с известием, что Эстер заразилась холерой. Надо сказать, что и в этом эпизоде Андерсен остался верен исторической правде: летом 1853 года в Копенгагене действительно случилась эпидемия холеры, и писатель, избегая риска заболеть, до августа жил в поместьях у своих знакомых.
Эстер умерла, но перед ее смертью Нильс, отчасти под влиянием разговоров с ней, да и своего внутреннего голоса тоже, снова поверил в Бога. Читатель прощается с ним, когда он снова стоит на пороге дома Иапета Мёллерупа, где его ждут пастор, пасторша и их дочь Будиль, его будущая невеста.
«Быть или не быть» — очень своеобразный и неровный роман. В нем великолепны главы, прослеживающие изменения в судьбе главного героя. Если бы автор ими ограничился, книга могла бы восприниматься как классический «роман воспитания», становления Нильса из мальчика в зрелого мужчину со сложившимся у него четким мировоззрением (напомним, что именно его требовал Киркегор от Андерсена в романе «Всего лишь скрипач»). Но, наверное, нельзя требовать от автора того, что не входило в его намерения. Чрезмерно затянутые главы, в которых разбирается содержание «Фауста», и бесконечные, хотя и умело изложенные интеллектуальные диалоги между Нильсом и Напетом и Нильсом и Эстер по вопросам веры, неверия и бессмертия утяжеляют роман, хотя и добавляют дополнительные, иногда очень броские штрихи к портрету героя-искателя, воспринимающего философские идеи как жизненно важные. Судя по всему, образ Нильса Брюде в немалой степени повлиял на создание характера Нильса Люне из одноименного романа (1880) Йенса Петера Якобсена. Герой-богоборец Якобсена устоял перед превратностями судьбы и умер от раны, полученной на датско-прусской войне 1864 года (продолжении Трехлетней войны 1848–1850 годов), несломленным стоиком. С другой стороны, Нильс не похож на прежних автобиографических сирот Андерсена — Антонио, Отто и Кристиана. Автор добавил ему воли и мужества, позаимствовав его, по-видимому, у баронессы Доротеи из предыдущей книги. И возвращение Нильса к христианской вере обусловлено не только ударами судьбы. Отчасти оно было запланировано в самом начале романа, о чем свидетельствуют авторские суждения, высказываемые по ходу его действия.
Роман «Быть или не быть» успеха у читателей не имел. Более чем сдержанно отнеслась к нему и критика. Газета «Отечество» в июле 1857 года напечатала разгромную статью обозревателя Клеменса Петерсена, который посчитал книгу лишенной стройного построения, саму задачу, которую ставил перед собой автор, невозможной, приводимые в ней диалоги чересчур абстрактными и наукообразными, а язык вялым. Тогда еще начинающий критик (впоследствии он создал себе громкое имя) Петерсен нашел для себя легкую добычу. Всеми перечисленными недостатками роман страдал, только вот представлены они были в статье в преувеличенном виде. Именно критику Петерсена, по-видимому, имел в виду Андерсен, когда писал в «Сказке моей жизни» о той подавленности, которую испытал, ознакомившись с крайне резким высказыванием о романе в июне — июле того же года, когда находился в Англии, в загородном доме Гэдсхилл, в гостях у Чарлза Диккенса:
