В эти годы царевич возобновил свое обучение, прерванное с отъездом Гюйссена из России. Если исходить из крайне редких донесений Вяземского царю, то можно сделать вывод о крайне скромных успехах, которых добился на этом поприще царевич Алексей. В январе 1708 года Вяземский извещал Петра, что царевич начал учиться «немецкого языка чтением истории, писать и атласа росказанием»; по расчетам специально приставленного к нему учителя, «недели две будем твердить одного немецкого языка, чтобы склонениям в твердость было, и потом будет учить французского языка и арифметики». В это время Алексей отвечал за ремонт старых и сооружение новых укреплений в Москве и вокруг нее, и Вяземский докладывал царю, что обучение идет не в ущерб порученному царевичу делу: три дня в неделю царевич «ездит и по пунктам городовое и прочие дела управляет, а учение бывает по вся дни». 17 марта последовало еще одно извещение Вяземского: «Сын твой, государь, во учении и цифири четыре части имеет в твердости и в сем еще обретается по вся дни». Показательно, что четыре действия арифметики царевич начал изучать с большим опозданием, в 18-летнем возрасте; ясно, что в предшествующие годы овладение знаниями велось через пень-колоду. 16 ноября того же года Вяземский доносил: царевич все еще «во учении немецкого языка, и ныне начал к тому учиться по-французски». Надо сказать, что немецким языком царевич владел совершенно свободно, отчасти владел и французским.
Петр проявлял заботу о сыне. В январе 1709 года царевич повел из Москвы на Украину пять собранных им полков. На пути, вероятно, от лютого холода, какого никто в тех местах не помнил, он простудился и впал в жестокую лихорадку. Болезнь была так опасна, что царь несколько дней не решался выехать из Сум. С 30 января Алексей начал поправляться, и Петр смог отправиться в Воронеж, оставив при сыне своего доктора Донеля. К середине февраля царевич выздоровел окончательно и также поехал в Воронеж, где присутствовал при спуске на воду двух кораблей. Затем, попрощавшись с отцом, он возвратился в Москву. Здесь его занятия продолжились; преимущественно царевич занимался фортификацией под руководством иностранного инженера, рекомендованного ему Гюйссеном.
Конфликт между отцом и сыном назревал постепенно. Поначалу Петр не высказывал серьезных претензий к сыну, хотя и ставил ему в укор, что он не отдается «со всей силой», как того требует дело, выполнению поручений. В письмах 1708 года уже сквозит недовольство нерасторопными действиями Алексея. Вскоре представился случай убедиться в том, что сын проявлял к поручениям полное равнодушие. Царевич прислал в Преображенский полк, командовал которым сам царь, малопригодных к службе рекрутов. Это вызвало гнев полковника. Петр проявлял снисхождение к ошибкам, но не прощал промахов, порожденных отсутствием прилежания и должной ответственности за порученное дело. «Я зело недоволен присылкою в наш полк рекрутов, которые и в другие полки не все годятся, — писал отец сыну, — из чего вижу, что ты ныне больше за бездельем ходишь, нежели дела по сей так нужный час смотришь».
Упрек был совершенно справедливым. Сам царевич позднее вспоминал об этом времени так: «А когда уже было мне приказано в Москве государственное правление в отсутствие отца моего, тогда я, получа свою волю (хотя я и знал, что мне отец мой то правление вручил, приводя меня по себе к наследству), а я в большие забавы с попами и чернецами и с другими людьми впал».
Это признание царевич сделал десять лет спустя во время следствия, а в тот день, когда прочитал гневные слова Петра, он вел себя по-иному. Его поступками руководили страх быть наказанным и стремление оправдаться любыми средствами. «А что ты, государь, изволишь писать, что присланные 300 рекрутов не все годятся и что не с прилежанием врученные мне дела делаю, — писал он в ответ царю, — и о сем некто тебе, государю, на меня солгал, в чем я имею великую печаль». Далее следуют слова, рассчитанные на то, чтобы разжалобить отца: «И истинно, государь, сколько силы моей есть и ума, врученные мои дела с прилежанием делаю. А вокруг в то время лучше не мог вскоре найтить, а ты изволил, чтоб прислать их вскоре».
Царевич сделал для себя вывод, что следует проявлять осторожность, но ни он, ни его друзья-собутыльники не могли установить, кого надо остерегаться, кто сообщает царю о поведении сына. Попробовал царевич обратиться к кабинет-секретарю Петра I А. В. Макарову, пользовавшемуся полным доверием царя: «Алексей Васильевич! Пожалуй, отпиши ко мне, доведався, какой и за что на меня есть государя-батюшки гнев, что изволит писать, что будто я, оставя дела, хожу за бездельем, отчего ныне я в великой печали». Ответа не последовало или же он затерялся. Тогда Алексей Петрович обратился к сердобольной мачехе, стремившейся угождать всем, в том числе и пасынку: между ними велась оживленная переписка, что свидетельствует о добрых отношениях. Письмо царевича Екатерине Алексеевне и ее наперснице, «тетке» А. К. Толстой, выдержано в тех же самых выражениях, что и письмо Макарову: «Прошу вас, пожалуйте, осведомясь, отпишите, за что на меня есть государя-батюшки гнев: понеже изволит писать, что я, оставя дело, хожу за бездельем; отчего ныне я в великом сумнении и печали. О сем, пожалуйте, не умедля отпишите, в чем бы я мог быть известен».
Екатерина Алексеевна взялась уладить конфликт и добилась успеха. 19 декабря 1708 года Петр отправил миролюбивый ответ на письмо сына, написанное в конце ноября: «Пишешь, что рекрутов в то число добрых не было и для того таких послал; и когда б о том ты так отписал тогда, то б я сердит на тебя не был».
Сохранилось письмо царевича к Екатерине Алексеевне, датированное также декабрем 1708 года: «За вашу ко мне явленную любовь благодарствую всеусердно и впредь прошу, пожалуй, не остави меня в каких прилучившихся случаях, в чем надеюсь на вашу милость». Не подлежит сомнению, что царевич благодарит мачеху не за что иное, как за примирение с отцом.
С небольшой долей риска можно утверждать, что именно во время пребывания царевича в Москве окончательно сложился кружок близких к нему людей, который он, подражая отцу, называл «компанией». В Москве царевич располагал довольно обширными властными полномочиями, и продолжительное время его жизнь протекала без какого-либо контроля со стороны отца и главного наставника Меншикова; последний, как и Петр, всецело был занят войной. На первых порах в состав «компании» входили родственники царевича по матери, получившие доступ ко дворцу благодаря ее протекции, а также люди, окружавшие царевича с детства.
«Компания» сына коренным образом отличалась от «компании» отца. Петр формировал свое ближайшее окружение из деловых и талантливых людей, помогавших ему побеждать неприятеля и одновременно активно участвовавших в преобразованиях, занимавших высокие должности на государственной службе. «Компания» царевича состояла из людей не чиновных, не занимавших государственных постов и убивавших время в безделье и попойках. Все они выступали не в роли участников происходивших в стране грандиозных по значению событий, а в роли их пассивных наблюдателей, причем наблюдателей зачастую враждебных.
