Оставив в нем небольшой гарнизон и ограниченный запас продовольствия, Кирилов 7 сентября двинулся в обратный путь. На отряд полуголодных солдат и казаков все чаще наскакивали шайки лихих наездников. Они внезапно появлялись из засады и, осыпав отряд стрелами, исчезали. В 130 верстах от Уфы русскую экспедицию атаковали орды башкирской конницы Акая Кусумова. Это открытое вооруженное столкновение, десятки убитых и раненых заставили Кирилова серьезно озаботиться и принять контрмеры. Прибыв в Уфу, он направил в Сенат доношение о начале башкирского восстания. На помощь Кирилову спешно было послано войско под командованием генерал-лейтенанта Алексея Ивановича Румянцева с наказом действовать уговорами и только в крайних случаях — оружием.
По прибытии в Уфу Румянцев разослал башкирам манифесты, призывая их прекратить бунт и явиться с повинною. Мятежники продолжали нападать на армейские гарнизоны и поселения русских, портили строения, сжигали мосты и крепостные ограждения, грабили обозы русских купцов. Особенно свирепствовал отряд Кильмяка Нурушева. Чтобы избежать многие кровопролития, Румянцев отпустил пленного старшину Салтана Мурата, послав его уговорить Кильмяка повиниться. Но Мурат присоединился к восставшим, и вскоре восьмитысячный отряд башкир внезапно напал на лагерь Румянцева, убив 180 солдат и 160 ранив.
В ноябре 1735 года повстанцы перекрыли дорогу в Оренбург большому продовольственному обозу, в итоге несколько сот солдат, не дождавшись провианта, умерли в крепости от голода.
И тогда Кирилов двинул против восставших карательные отряды. При ожесточенных схватках с регулярными войсками башкирские конники почти всегда несли поражения, десятками попадали в плен. Злостных бунтовщиков вешали, сажали на колья, до смерти засекали розгами, ссылали на каторгу. А тех, кто приходил с повинной, отпускали домой, но с условием, чтобы каждый принял присягу в верности и уплатил одну лошадь в качестве штрафа. Румянцев требовал запретить во всех селениях башкирам «носить ружья и по домам иметь; в уездах кузниц и кузнецов не иметь, магазины наполнить провиантом».
К зиме восстание поутихло. Но русское правительство держало ухо востро. Оно понимало, что в Башкирии нужны не только войска. Важно было привлечь на новые земли купечество, ремесленных людей, хлебопашцев. С этой целью Сенат указом от 11 февраля 1736 года определил весомые льготы всем переселенцам. Кроме ранее объявленных «Привилегий городу Оренбургу», дававших право селиться в нем людям всяких вер и званий, вышеназванный указ разрешил новоселам приобретать и «крепить за собой» земельные угодья на всей башкирской территории. Планировалось поселить при Оренбурге и других городах более тысячи яицких казаков, построить Табынскую, Сорочинскую, Бузулукскую, Борскую, Сакмарскую крепости, десятки форпостов и укреплений, три медеплавильных завода и множество других военно-хозяйственных объектов.
Всюду не хватало рабочих рук, стройку вели в основном солдаты. Кирилов разрывался в поиске людей. Наконец его осенила мысль: на строительных работах и пограничной службе использовать ссыльных. Однако при ознакомлении с ними Кирилов с грустью и возмущением обнаружил, что люди эти в большинстве своем не годны для трудовой и тем более строевой службы. Их изувечили во время допросов.
27 октября 1736 года Иван Кириллович обратился в Сенат с просьбой «милостиво» рассмотреть ради «сбережения простых людей и поселения их в новых местах» его доклад «О пытках и публичных наказаниях…». По тогдашнему времени это был смелый документ. Призывая правительство к милосердию, Кирилов обращал внимание на то, что, несмотря на громадное количество казней, преступления не прекращаются.
— Отчего же так много простого народа впадает в вины? — рассуждал он. — А все дело в худом воспитании без наставления и утверждения в законе от духовных чинов, которые сами вследствие своего невежества впадают в преступления и сами ссылаются…
Не народ плох, развратен, считал Кирилов, а его управители вместо добрых примеров жизни подают дурные.
В своем докладе Кирилов предложил при судах и следствиях отменить пытки железом и вырезание ноздрей для молодых людей от 16 до 25 лет, заменить их «не портящими», то есть не калечащими людей, наказаниями. Он вскрыл также ущерб, наносимый государству бюрократическим судопроизводством, злоупотреблениями и лихоимством следователей и тюремщиков-костоломов, по году и более державших «винных людей» под следствием и приводящих их к болезням. Он просил сократить эти сроки и увеличить «дневное пропитание ссыльных с одной копейки до трех».
Сенат рассмотрел проект Кирилова и постановил: всем ссыльным, направляемым в Оренбургский край, ноздрей не вырезать, оставив в силе наказание кнутом, увеличить для них дневное пропитание с одной копейки до двух; смертные казни оставить.
Усмиряя восставших, Кирилов одновременно с усердием хлопотал о благоустройстве края. Заключил договоры с купцами и подрядчиками на поставку продовольствия, вербовал добровольцев для новых поселений, налаживал между городами коммуникации. Он представил в Сенат проект «Об учреждении почты» на перегонах: Москва — Нижний Новгород — Казань — Уфа — Оренбург, рассчитав промежутки между станциями, потребное количество ямщиков и лошадей, стоимость и содержание, установил порядок отправки почты.
* В одном из писем в Петербург Кирилов сообщал, что в своем странствии по Башкирии «десяти дней на одном месте не живет». Замотанный служебной круговертью, окруженный со всех сторон вооруженными бунтовщиками, он не прекращал работу по картографированию новых земель.
Уже на втором году работы экспедиции Кирилов, будучи в Петербурге, представил в Академию наук первую карту Башкирии, а также карты Среднего Поволжья и Южного Урала с нанесенными на них обозначениями разведанных полезных ископаемых, растительного покрова.
Между тем в Башкирии назревало новое восстание. Не желая верить слухам, Кирилов 26 января 1737 года докладывал самой императрице, что «башкирский народ в такое уже состояние приведен, что с начала их подданства никогда таковы послушны не были и никогда ж страху за свои злодейства не видали, как нынче есть».
К карательным мерам Кирилов прибегал, лишь опробовав все мирные. Видя, в какое разорение приведены башкиры, какие нужды и голод терпят, особенно зимой, он запретил взимание с них штрафных лошадей. Кирилов высказался также против намерения Сената отправить на турецкие рубежи 3000 вооруженных башкирских конников. Этим указом, изданным по предложению Румянцева, предполагалось ослабить башкир. Кирилов убедил, что такая мера лишь пуще взбунтует их и тогда правительственные войска принуждены будут у них, башкир, «стоять без выводу».
