Не одни отступники погибали среди этого огненного апофеоза религии. Спешность процессов, доносы, личная злоба служителей инквизиции, желание овладеть имуществом богатых – все это очень часто кидало в костры людей ни в чем не повинных, искренних католиков. Чтобы спастись от этой участи, еретики и верные из намеченных жертв трибунала одинаково спешили выбраться из Испании, одни – во Францию, другие – в Португалию, третьи – в Африку. Не успевшие сделать этого или перехваченные агентами инквизиции, а также и другие осужденные ею апеллировали в Рим, и скоро канцелярия Ватикана была завалена жалобами на жестокость севильских инквизиторов. Рассмотрение этих жалоб приносило папской казне значительные выгоды. Можно судить поэтому, как вопиющи были горести искавших в Риме правосудия, если там решили пожертвовать доходами и обратить внимание на жестокость и беззакония инквизиторов. 29 января 1481 года, следовательно, менее, чем через месяц после открытия севильского трибунала, Сикст IV уже указывает Фердинанду и Изабелле на злоупотребления поставленных ими инквизиторов. Папа говорит в своем бреве, что Морилло и Мартен заключают в темницы верных католиков, подвергают их жестоким мучениям и, чтобы овладеть их имуществом, объявляют их еретиками и ведут на казнь. Только уважение к правителям, по словам Сикста, не позволяло ему самому устранить инквизиторов, но он рекомендует эту меру королю и королеве.
Новейшие историки инквизиции из рядов католического духовенства любят ссылаться на это бреве как на свидетельство того, как далеки были папы от мысли одобрять инквизиторов. Но если обратить внимание на все бреве и письма того же Сикста, то нельзя не прийти к заключению, что папа недоволен только самостоятельностью инквизиторов и в виде оппозиции критикует их деятельность. В принципе он одобряет меры строгости с еретиками, но хотел бы видеть их в руках епископов и вообще людей более зависимых от Рима. Им руководила в данном случае политика, а не искреннее проявление гуманности, хотя несколько запоздалой. Испанская инквизиция с 1481 года сразу обнаружила тенденцию сделаться орудием правительства, средством удалять с его пути все, что могло вредить этой власти, будут ли то евреи или мавры, или строптивые католики и даже епископы. В свою очередь папы по традиции не могли спокойно взирать на увеличение королевской власти, отсюда их оппозиция так называемой второй инквизиции, то есть той, о которой идет теперь речь. В рядах этой оппозиции стоял между прочим кардинал Родриго Боржиа, впоследствии папа Александр VI, – одного этого достаточно для характеристики ее направления... Но могущество Григория VII и Иннокентия III становилось уже достоянием истории. На смену чудному прошлому надвигалось неотразимое бессилие и вместе с ним бессилие затормозить такие явления, как вторая инквизиция. В феврале 1483 года в виде тормоза этой последней Сикст IV назначил севильского архиепископа Иниго Манрика своим делегатом по приему и разбору апелляций на решение инквизиции, а 2 августа того же года он поступил уже совсем иначе: 2 августа 1483 года папа утвердил Фому Торквемаду в звании великого инквизитора Кастилии и предоставил ему право назначать подчиненных чиновников трибунала, иначе говоря, явно способствовал обособлению испанской инквизиции. Оставалось только объединить под одной властью все трибуналы Испании, и тот же папа в том же году новым бреве 17 октября объявил Торквемаду “великим инквизитором” Аррагонии с теми же правами, как и в Кастилии...
Инквизиция торжествовала. По повелению Торквема-ды ее судилища были введены в Кордове, Яэне и Сиудад-Реале, а по всем епархиям было приказано доминиканцам неусыпно заботиться о поддержании веры. Как высшую инстанцию для управления судилищами и судьями Фердинанд учредил в то же время королевский инквизиционный совет под названием Верховного совета. Дела этого совета решались голосованием, но только в сфере гражданского права и по чисто юридическим вопросам. Великий инквизитор был его президентом, при нем состояли советники: один епископ и два доктора прав.
В 1481 году, не довольствуясь постановлениями своих предшественников, Торквемада собрал в Севилье генеральную юнту инквизиторов. Здесь были выработаны законы испанской инквизиции, 28 пунктов так называемой инструкции.
Первые три пункта ее говорили об устройстве трибуналов, о публикации приговоров против еретиков и отступников и назначали “отсрочку милосердия” для желающих сознаться и обратиться. Шесть последних устанавливали порядок чинопочитания среди инквизиторов; остальные девятнадцать охватывали все случаи инквизиционного процесса. Кто сознавался до срока, тот мог рассчитывать на помилование, если открывал других еретиков. Инструкция допускала в этом случае секретное разрешение, но только при условии полной неизвестности обществу о преступлении раскаявшегося еретика. Всякая должность и право ношения серебра, золота, драгоценных камней, шелковых и тонких шерстяных тканей обращенному еретику запрещались, и только в Риме за большие деньги могли уничтожить это постановление. Добровольное покаяние не избавляло от денежного штрафа, а принесших это покаяние после срока милосердия – от конфискации имущества со дня впадения в ересь. При этом требовалось обозначение времени, когда примиряемый с церковью подпал влиянию ереси, дабы инквизиторы могли определить, какая часть имущества этого человека подлежит конфискации. На основании этого параграфа нередко конфисковывалось имущество жены за преступление тестя, как приданое от еретика, и детей, как наследство от того же еретика. Начиная с 11-го пункта, инструкция говорила о еретиках упорных. Если такой еретик сознавался после долгого сидения в тюрьме, то его осуждали на вечное заключение. Сознание требовалось полное, а если оно не казалось таким инквизитору, то заключенный отдавался в руки светской власти. Та же мера применялась к лицам, которые вздумали бы похвалиться, что не все открыли на допросе трибунала. Всякий еретик, упорно отрицавший обвинение, считался нераскаянным, и чтобы вырвать у него сознание, при наличии доказательств, его подвергали пытке, а в случае успеха этой меры судили как уличенного еретика. Уличенным считался также всякий не явившийся на формальное приглашение трибунала. Допрос свидетелей производился самим инквизитором, его же присутствие требовалось при пытке для принятия показаний. Для облегчения этих показаний подсудимому выдавалась копия свидетельских ответов, однако не во всей их полноте. По 20-му параграфу инструкции инквизиционный процесс мог возбуждаться и против умерших, если из книг и жизни этих умерших оказывалось, что они были еретиками. Кости таких людей вырывались из могилы и сжигались во время аутодафе, а имущество конфисковывалось. Вассалы и все власти также подлежали суду инквизиции, если оказывали ей сопротивление и покровительство еретикам. Дети осужденных еретиков могли рассчитывать на пособие из конфискованного имущества их родителей, но этот параграф (22) почти никогда не исполнялся.