С самого начала войны планы операций, совместных действий с союзниками-австрийцами разрабатывала предложенная Бестужевым Конференция при высочайшем дворе — военный совет при императрице. Главнокомандующий армией был обязан выполнять полученные из Петербурга директивы. Сместив Апраксина, Конференция остановила свой выбор на генерал-аншефе Виллиме Виллимовиче Ферморе. Русская армия снова двинулась вперед и заняла столицу Восточной Пруссии Кенигсберг.
Король Фридрих не ожидал подобных успехов и решил быстро разделаться с российской армией. В генеральном сражении при Цорндорфе 14 августа 1758 года королю-полководцу удалось выбить русских с позиций и снять осаду с крепости Кюстрин, но его потери составили 11 тысяч человек — на тысячу больше, чем потери противника. Кровопролитная «ничья» в битве с самим Фридрихом дорого обошлась Фермору. Он был заменен генерал-аншефом графом Петром Семеновичем Салтыковым, но остался в действующей армии. Нового главнокомандующего с русской фамилией войска приняли хорошо. Вскоре Салтыков, имевший лишь небольшой боевой опыт в русско-шведской войне 1741 — 1743 годов, доказал, что ему не зря доверили армию. 12 июля 1759 года он успешно отразил наступление прусского корпуса генерала фон Веделя, занял Франкфурт и угрожал Берлину.
Подполковник Суворов (он получил новый чин 9 октября 1758 года) добился перевода в действующую армию. 14 июля 1759 года, находясь в отряде князя М.Н. Волконского, он впервые «видел войну» — участвовал в кавалерийской стычке при Кроссене в Силезии. А через 17 дней, исправляя должность дивизионного дежурного при штабе Фермора, Суворов стал участником генерального сражения.
Энергичным и смелым маневром Фридрих вышел в тыл русской армии (41 тысяча человек), занявшей позицию на высотах при Кунерсдорфе. Король настолько был уверен в исходе сражения, что даже задержал курьера с донесением герцога Фердинанда Брауншвейгского о победе над французами при Миндене 10 июля: «Оставайтесь здесь, чтобы отвезти герцогу такое же известие». 1 августа он лично руководил атакой левого фланга Салтыкова, приказавшего своей армии обратить тыл в передовую линию. Атака развивалась успешно. Но поразительная стойкость русских войск позволила Салтыкову контратаковать в центре и обратить противника в бегство. По окончании сражения у Фридриха не было армии — потери составляли 6052 убитых, 11 139 раненых, 1429 пропавших без вести, 2055 «переметчиков», многие разбежались. Победителям достались вся артиллерия (172 орудия) и армейский обоз (большое количество боеприпасов, амуниции, 10 255 ружей и 1260 палашей). Среди трофеев оказалась треуголка самого короля, едва не попавшего в плен (ныне она хранится в Государственном Эрмитаже).
В сражении участвовали союзники-австрийцы (18 500 человек), но решающий вклад в победу внесли русские: их потери составляли более тринадцати тысяч человек убитыми и ранеными, тогда как австрийцы потеряли менее полутора тысяч.
Катастрофа пруссаков при Кунерсдорфе могла поставить точку в войне. Но Австрия отказалась от активных действий. Салтыков вступил в споры с командованием союзника, писал жалобы в Петербург. Время было упущено. Согласно преданию после битвы подполковник Суворов заявил Фермору: «На месте главнокомандующего я бы пошел на Берлин». Он навсегда запомнил кунерсдорфский урок.
В последний день 1759 года Суворов получил неожиданное назначение. Его затребовал к себе в помощники генерал-кригс-комиссар (главный интендант армии) князь Я.И. Шаховской. Новая, весьма ответственная должность свидетельствует, что в армии уже оценили деловую хватку умного, знающего службу штаб-офицера. Но Суворов решил иначе и обратился за помощью к отцу.
К этому времени Василий Иванович имел чин генерал-поручика и продолжал состоять членом Военной коллегии. В феврале 1760 года он подал императрице челобитную, в которой говорилось: «А ныне оный сын мой ко мне пишет, что он, по своим молодым летам, желание и ревность имеет еще далее в воинских операциях практиковаться и службу свою по-прежнему продолжать при полку».
Просьба была уважена — 25 февраля последовал рескрипт «о исключении подполковника Александра Суворова от правления обер-кригскомиссарской должности и определении по-прежнему в полк при заграничной Армии».
Суворов вернулся в штаб Фермора. Кампания 1760 года свелась к отдельным стычкам с противником и ознаменовалась успешным, но запоздалым набегом на Берлин, совершенным отрядом генерал-поручика графа 3. Г. Чернышева. Фридрих воспользовался разногласиями в стане союзников и сумел частично восстановить силы, но его положение было критическим. Пруссаки перешли к обороне.
На вопрос, участвовал ли Суворов в занятии Берлина, у историков нет единого ответа. А.Ф. Петрушевский отвечает на него положительно. В послужном же списке полководца об этом не говорится ни слова. Однако с набегом на Берлин связано одно из первых дошедших до нас воспоминаний о Суворове. В своих мемуарах пастор Иоганн Готфрид Зейме со ссылкой на участника Семилетней войны капитана Бланкенбурга рассказал о том, как «казаки при нападении на Берлин похитили из столицы молодого прекрасного мальчика, вероятно, считая его за сына какого-нибудь знатного человека» и рассчитывая получить за него хороший выкуп: «Мальчик плакал и не мог ни понять диких людей, ни быть понят ими. Суворов нашел его у казаков, стал дружески говорить с ним, взял его к себе и содержал так хорошо, как можно было содержать во время похода. Мальчик мог сказать имя своей матери и улицу, на которой она жила. В продолжение остального похода Суворов уговаривал его быть терпеливым; когда же стали на квартиры, тотчас написал из Кенигсберга к вдове в Берлин письмо почти в таких выражениях: "Любезнейшая маменька! Ваш маленький сынок у меня в безопасности. Если Вы захотите его оставить у меня, то ему ни в чем не будет недостатка. Я буду заботиться о нем, и он будет как мой собственный сын. Если же Вы захотите взять его обратно, то можете получить его здесь или написать мне, куда его Вам выслать. Я совершенно не виноват, что лихие казаки взяли его с собою"».
Фрау поспешила забрать сына. «Капитан Бланкенбург, — продолжает Зейме, — уверял меня, что он сам читал это письмо и что оно было написано совершенно в добродушном и несколько шутливом тоне будущего Суворова. Это был теперешний фельдмаршал, так как, сколько мне известно, в русской армии нет никакого другого Суворова. И такого человека клевета провозглашает варваром».
(Воспоминания Зейме вышли в свет вскоре после блестящей Польской кампании Суворова (1794), закончившего ее решительным ударом. Европейская пресса и особенно газеты Франции, еще не пришедшей в себя после кровавого якобинского террора, обвинили полководца и вообще русских в крайней жестокости. Мемуарист, лично познакомившийся с Суворовым в Варшаве, счел своим долгом опровергнуть клевету.)