Арестованных студентов в полицейских участках и тюрьмах продержали три дня, а затем предложили немедленно покинуть столицу. Этому распоряжению последовали не все арестованные, и тогда их перевели в пересыльную тюрьму для отправки этапным порядком в различные места для принудительного поселения. С. В. Лебедев, следуя своим демократическим убеждениям, оказался среди активных участников студенческого движения 1899 года. Он был исключен из университета, и хотя студенчеству удалось добиться возвращения в университеты большинства участников студенческих волнений, С. В. Лебедеву в обратном приеме было решительно отказано.
Товарищ С. В. Лебедева по лаборатории А. Е. Фаворского Адольф Сивицкий сообщал в письме своему учителю:
«Считаю необходимым известить Вас, что случилось со мной. 31 марта я был арестован в числе 500 других товарищей, собравшихся перед университетом. Нас продержали до поздней ночи в манеже, а затем развезли по различным полицейским участкам, а 1 апреля объявили нам, что мы все должны выехать из Петербурга на места постоянного жительства, или будем высланы этапным порядком. Большинство у нас решило не сдаваться и ехать «по этапу»… Из работавших у Вас такой же участи подверглись Попов, Жолонтковский, Лебедев, Шапошников».
Будучи выслан из Петербурга, Сергей Васильевич отправился в село Рядки, в низовье реки Сясь. Там жил брат его матери, инженер водных путей Владимир Клементьевич Чехович, работавший на обводном канале Ладожского озера. Здесь в кругу родных он прожил до осени.
Молодость брала свое. Пошатнувшееся было здоровье восстановилось. Лишенный возможности заниматься своим любимым делом — экспериментальной работой в области химии, — Сергей Лебедев посвящал вынужденный досуг спорту, который очень любил.
Однажды он вышел под парусом в Ладожское озеро. Тихое и безобидное в ясную погоду, Ладожское озеро коварно и опасно в ненастье. Недаром Петр Великий, чтобы обезопасить прохождение этим водным путем караванов судов, распорядился построить обводной канал. Когда Сергей отошел довольно далеко от берега озера, внезапно налетел шквал, и ветер все дальше и дальше относил его лодку в глубь озера. По счастью, на берегу было замечено его бедственное положение. Помощь подоспела вовремя…
На суше Сергей не слезал с седла. Он словно чувствовал, что скоро закончится нежданное приволье и любимый спорт будет навсегда вытеснен из его жизни научными занятиями и деловыми заботами.
Несмотря на то, что после окончания студенческих волнений вопрос о восстановлении С. В. Лебедева и его товарищей в конце концов был решен положительно, в 1899 году ему закончить университет не удалось — кончилась отсрочка от призыва на военную службу. В сентябре 1899 года по очередному призыву С. В. Лебедев был направлен рядовым на правах вольноопределяющегося в Финляндский полк, где и проходил военную службу до сентября 1900 года. Только после этого ему был присвоен первый офицерский чин прапорщика. Хотя положение вольноопределяющегося и предусматривало право жить на свои средства вне казарм, а Лебедеву это было необходимо для окончания университета, но командование полка придирчиво относилось к нему и к остальным его товарищам по университету, проходившим военную службу в том же полку, опасаясь «крамолы».
Финляндский полк был расквартирован в Петербурге, на Васильевском острове, а летом выезжал в Старый Петергоф.
Выбрав путь безупречного выполнения воинских обязанностей, Сергей Васильевич получил от своего непосредственного начальника неофициальное разрешение отлучаться в свободное время из полка для подготовки и сдачи государственных экзаменов и окончания дипломной работы. Нелегко ему далась военная служба! Приходилось напряженно работать и в самом полку. Усталый от дневных занятий военной подготовкой, он по ночам готовился к окончанию университета. Только исключительная работоспособность, свойственная Сергею Васильевичу, его целеустремленность и сила воли помогли ему достичь заветной цели. В 1900 году он блестяще защитил диплом и окончил университет с отличием.
В 1900 году в журнале Русского физико-химического общества была опубликована его первая статья, явившаяся результатом исследований, проведенных им при выполнении дипломной работы, и предварительное сообщение, еще в 1899 году доложенное от его имени А. Е. Фаворским на заседании Русского физико-химического общества.
В России появился новый молодой ученый.
От мыловаренного завода до рельсовой стали. Золотая медаль. Путешествие по Италии. Ново-Александрия: встреча с А. Е. Арбузовым. На крутом переломе судьбы. Анна Петровна Остроумова-Лебедева. «Работа, работа, работа…». Что такое полимеры? Неудача за неудачей. Родной дом «химической дружины». Новые поиски.
Миновало тяжкое для свободолюбивого юноши испытание армейской муштрой. Университет окончен. Первое научное исследование опубликовано в журнале Русского физико-химического общества, пользующегося широкой известностью у химиков всего мира. Еще бы! Ведь на его страницах на протяжении десятков лет появлялись замечательные исследования выдающихся русских химиков Менделеева, Бутлерова, Марковникова, Меншуткина, Коновалова, Фаворского и других. Казалось бы, молодому талантливому и уже зарекомендовавшему себя ученому, удостоенному при окончании университета диплома высшей степени, открыта прямая дорога в науку — дорога творческих дерзаний и успехов.
Однако на этом пути розы встречались значительно реже, пестрели тернии. Сергей Васильевич не был оставлен при университете, и, чтобы сохранить за собой право творческой работы, ему нужно было прежде еще обеспечить свое существование. В те годы занятия наукой отнюдь не влекли с собой безбедное житие. Скорее наоборот: за радость занятия наукой приходилось расплачиваться подчас весьма дорого, ценой здоровья, а то и самой жизни.
По окончании университета Лебедев некоторое время работал на мыловаренном заводе Жукова (ныне завод имени Л. Я. Карпова). Акционерное общество заводов А. М. Жукова, основанное в 1845 году, охватывало четыре производства: маслобойное, масло-очистительное, мыловаренное и нефтеперегонное. Глава акционерного общества был сам недюжинным химиком, и неудивительно, что фирма завела небольшие лаборатории на заводах; у нее имелась и центральная лаборатория, занимавшаяся вопросами, выходившими за рамки отдельных производств.
Мыловаренный завод, на котором довелось работать С. В. Лебедеву в 1900–1901 годах, выпускал в год около 500 тысяч пудов мыла. Точных сведений о характере работы, выполняемой Сергеем Васильевичем на этом заводе, не сохранилось. Но, видимо, ни материальная сторона работы, ни ее существо не удовлетворяли молодого ученого, и, когда ему в 1900 году представилась возможность устроиться в комиссии по исследованию рельсовой стали при Институте инженеров путей сообщения (ныне Ленинградский институт инженеров железнодорожного транспорта), он с радостью ухватился за это предложение. Ведь здесь он поступал под начало замечательного русского ученого — химика и металлурга Александра Александровича Байкова, с которым он на долгие годы сохранил добрые товарищеские и творческие отношения. А. А. Байков, начав работать в Институте инженеров путей сообщения в качестве ассистента, затем до 1902 года заведовал химической лабораторией.