Подобное решение давало ему возможность заниматься графикой и рисунком. Но в то же время он вынужден был создавать портреты сильных мира сего. Так появилось на свет величественное полотно, изображавшее Карла IV и королеву Марию Луизу, которых Гойя наряду с портретом «Махи» рисовал вторично, но на этот раз в поместье на лошадях. Карл IV был так очарован Гойей, что дал ему поручение нарисовать семейный портрет. На групповом портрете «Карл IV со своей семьей» представители королевского дома изображались с почти оскорбительной правдивостью и без каких-либо скидок. Это было выдающимся произведением 1800 года, в котором Гойя проявил себя как мастер портрета. Как гениальный режиссер комедии, действие которой разворачивалось в королевстве, он смог увидеть, как заметил Гассье, «фальшивое величие застывших фигур в вибрирующей массе света и теней», их лица в убедительной пустоте королевского существования, Гойя беспощадно разоблачал династическую ограниченность королевского бытия и виртуозно избрал внешний блеск. На этот раз они стали наивными жертвами великого портретиста, единодушно хвалили его и безгранично удивлялись. Считают, что нарисованные им в этот год портреты графини Чинчон, супруги Годоя, равно как и портрет самого Годоя, который оброс анекдотичными деталями, связанными с войной в Португалии, стали высшей точкой его официальной карьеры и одновременно завершением его 25-летней службы у испанского короля, выплачивавшего ему до самой смерти денежное содержание.
Неизвестно, что было причиной того, что Гойя с 1800 года не получал больше ни одного заказа из резиденции короля. Возможно, такому повороту событий послужили его личные контакты. С давних пор он близко общался со своим покровителем и другом Ховельяносом, что уже могло вызвать подозрение, потому что с 1801 года он находился под стражей и в 1808 году в Мальорке накануне войны был сожжен. Тень на художника могли бросить таинственные обстоятельства смерти герцогини Альба, так как всем было известно, что она была близка с Гойей. 23 июля 1803 года она в возрасте 40 лет неожиданно скончалась, поползли слухи о том, что она была отравлена. Эти предположения распространяли представители высших кругов двора. Однако факты, известные каждому, а именно то, что королева периодически провоцировала соперницу, должны были убедить окружение, что Годой, любовник королевы, пытался обольстить герцогиню, в чем она обвинила военного министра незадолго до своей смерти. Военный министр дал возмущенной королеве совет, что «герцогиню Альба и всех ее сторонников надо собрать в одну большую яму и похоронить всех вместе». Подозрения усилились, когда король отдал приказ, и именно Годою, о проведении строгого расследования истинных причин внезапной смерти герцогини. Сомнения короля в безупречности двора, очевидно, были рассеяны, но тем не менее некоторые люди из ближайшего окружения герцогини обвинили в ее смерти врача, которого посадили в темницу.
Но как все обстояло на самом деле? Разумеется, не подлежит сомнению тот факт, что Гойя из высшего общества исчез. Однако прежде чем он окончательно расстался с Годоем, который был его формальным покровителем, художник нарисовал, может быть, даже по поручению, еще две знаменитые картины одетой и обнаженной Махи. В свое время предпринимались упорные попытки связать изображенную модель на картине с герцогиней Альба, но сегодня точно не ясно, кто из мадридок послужил Гойе моделью. Вероятней всего, обнаженная и обворожительно прикрытая Маха очень сильно волновала тогдашние умы, потому что Гойя со времен Веласкеса, нарисовавшего свою «Венеру в зеркале», стал первым художником, который рискнул изобразить по желанию Годоя обнаженное тело женщины. Годой питал страсть к роскошной груди, стройной талии и пышным бедрам. Изображение женской натуры являлось в то время опасным занятием, потому что художника, нарисовавшего обнаженную женщину, могли посадить в тюрьму, описать его имущество и отправить в ссылку.
Годы начала войны за независимость прошли для Гойи очень спокойно. Очевидно, что он принял решение не участвовать ни прямым ни косвенным образом в интригах двора и верил в ее близкий конец. Это резко контрастировало с девяностыми годами, которые в его жизни были заполнены страстью и горечью. Буря в сердце, кажется, уступила место радостному спокойствию.
В 1803 году он приобрел в свое пользование на неограниченное время государственный дом в центре Мадрида, в котором состоялось бракосочетание его сына Хавьера и Гмерсинды Гойкох. Но уже в 1806 году, в день рождения внука Гойи Мариано, супруги съехали с этой квартиры. Как известно, об отце Хавьера — Гойе практически не осталось воспоминаний, но о сыне художника их намного больше. Хавьер был тщеславным и эгоистичным человеком, которого преимущественно интересовало только то, чтобы как можно выгоднее продать картины отца, а затем, отдавая деньги в рост, увеличить вырученную сумму. Так он старался обеспечить себе приятную и беззаботную жизнь.
С точки зрения искусства, первые годы нового столетия для художника оказались странно пустыми, его работоспособность была парализована смертью герцогини, а творческий размах заторможен. Валлентин считает, что Гойя сам себя осудил на одиночество, которое сопровождалось сменой настроения от глубокой депрессии к частым вспышкам гнева, и бесцеремонным отношением к людям. В те времена на его долю выпало еще одна неудача, которую он в 1804 году потерпел от ректората академии Сан-Фернандо. На автопортрете он изобразил измученное лицо мужчины с выражением «дикого высокомерия и скрываемой боли», а также желания обратить на себя внимание сильных мира.
Среди картин этого периода и выдающихся портретов особое место занимает серия работ малого формата. Речь идет о шести маленьких картинах, которые стали сенсационным событием для Испании. Они посвящены теме успешного задержания бандитов Эль Марагато с помощью брата Педро Сальдивиа 10 июня 1806 года. Гойя использовал этот случай для экспериментов по созданию нового стиля. Он пытался реалистически изображать жестокую действительность будней. С произведениями Гойи о кровавой гражданской войне против наполеоновской оккупации в живопись вошел новый реалистический стиль рисования.
Пятнадцать лет прошло со времени его тяжелой болезни, направившей его живопись на совершенно новый путь. За это время его жизнь принципиально изменилась. Произведения, появившиеся в этот период, поражают смелостью и модернизмом. Его прогрессивная техника рисования и способ изготовления гравюр предвосхитили в этой сфере почти все открытия девятнадцатого столетия и одновременно были связаны с академическим искусством. В течение десяти лет Гойя получал радость от спокойной и гармоничной жизни. Он фактически достиг всего того, о чем мечтал в юности: стал выдающимся художником и несмотря на свою глухоту вернулся в королевский дом и стал представителем высокого дворянства. И все же он не оставил своих решительных притязаний и постоянно работал, чтобы даже не вспоминать о бедности, с которой он познакомился в юности. Во время трагических событий гражданской войны он с неиссякаемой силой должен был «явить миру из пекла ужасающей войны в Европе, подобно фениксу, новое искусство для нового времени».
Ошибки и коррупция правительства Карла IV продолжительное время подталкивали Испанию к катастрофе, поэтому политические интриги и тщеславные планы Наполеона, имевшего собственные интересы на Иберийском полуострове только ускорили процесс разрушения. Испанская война за независимость, которую принес 1808 год, отметила начало ужасающей бойни в Европе и умножила бесчисленные интриги, которые господствовали накануне 1808 года в политике испанского двора.
Прежде всего это относилось к Годою, который в 1795 году из-за заговора в Базеле получил звучный титул «князь мира», а также к королевской чете. Все они вместе получили прозвище «троица», которая добилась того, что вступление французских войск в Испанию закончилось. Несмотря на то, что вся власть практически была сосредоточена в руках Годоя, Наполеон, питая глубокое презрение к любовнику королевы, предпочел избавиться от нерешительного и ненадежного партнера. Он принял решение покончить с португальской аферой; оккупировав и разделив страну, он вступил на территорию испанского государства. Как свидетельствовал генерал Мюрат, испанское население бурно приветствовало французские войска: «Мы очень долго шли, а жители испанской провинции стояли, словно живая стена. Радость, которую они нам показывали, граничила с опьянением. Никогда народ не был столь несчастлив из-за ошибок в государственном управлении и никогда столь достойно не переносил это несчастье». Эта неописуемая радость связывалась, с одной стороны, с ожидавшимся устранением ненавистного «князя мира», а с другой — с реабилитацией принца Фердинанда, которого Годой оговорил и, запланировав государственный переворот, арестовал. С помощью короля и королевы он пытался изменить право наследования трона не в пользу Фердинанда. Это стало возможным из-за трусливого характера принца. Карл IV 9 марта 1808 года отлучил своего сына от престола. И только когда Мюрат вошел в Мадрид, принц Фердинанд вышел из тени своего существования и стал королем Фердинандом VII, которого народ приветствовал с ликованием. Годой, ускользнув от расправы, искал новое поле деятельности.