Теневое правительство просуществовало тогда недолго. Но Гойя пока еще располагал временем, чтобы выполнить неожиданный заказ, поступивший из академии, нарисовать портрет юного короля Фердинанда, призванного позже Наполеоном в Байонну, где они вместе с Карлом IV и его семьей узнали о том, что Бурбоны отказывают испанцам в праве наследования трона и коронуют брата Наполеона Жозефа. Отлучение от трона Фердинанда VII в народе было воспринято отрицательно. 2 мая 1808 года поднялась народная волна возмущения. Огромные толпы людей скопились возле королевского дворца, и французские солдаты из всех окон и аркад дворца начали беспрерывную стрельбу. Сотни людей погибли, а на следующий день тридцать плененных повстанцев были расстреляны. С каждым днем по всей Испании разгоралась безжалостная гражданская «война за освобождение». В течение шести лет она приносила населению страны смерть, разрушения, убытки от пожаров, насилие и голод.
В своих диптихах Гойя реалистично отразил кровавые события 2 мая и расстрел повстанцев в ночь на 3 мая. Существует легенда, что за ходом событий 2 мая Гойя следил из своего окна в Puerta del Sol и что 3 мая он с помощью полевого бинокля наблюдал за экзекуцией, а потом вместе с садовником отправился к месту казни и зарисовал лежащие в крови еще теплые тела. Подобные описания некоторых биографов не соответствуют действительности: 2 мая 1808 Гойя не был в Puerta del Sol и тем более ничего подобного не мог наблюдать из Quinta del Sordo, так как приобрел этот дом спустя 11 лет. На самом деле все выглядело следующим образом: он, как и многие мадридцы, в эти дни блуждал по улицам города и видел много зарезанных, изувеченных, расстрелянных людей. Как говорил английский гравер Томас Коул, художник мог теперь делать копии карандашом или кистью, извлекая из свой памяти сцены и происшествия 1808 года, которые Гойя нарисовал впервые спустя шесть лет. Триумф испанцев 1824 года Гойя увековечил в двух картинах. В них реалистично воплотились драматические события «2 мая на Pue del Sol». Он разумеется, знал о столкновении, происшедшем там между французами и мадридским населением. «Расстрел повстанцев 3 мая» стал драматическим дополнением к этому, и запечатлел в памяти контраст страха и упорства, отразившийся в центральной фигуре, осужденных на смерть повстанцев.
Принципиально новым в испанской войне за независимость стал фон гражданской войны, которая вскоре охватила всю страну. Вера в то, что идет борьба за правое дело, была в своей ярости безгранична. Церковь же в очередной раз, прикрываясь именем Христа, посылала верующих на смерть. Францисканец Лука Рафаэль хладнокровно хвалился тем, что «шестьсот французов своими руками уничтожили алтарь нашего господина, короля Фердинанда». К сожалению, обманутое население впервые в 1814 году увидело жалкий образ своего короля, который сразу же забыл об их крови.
И все-таки, как жил Гойя на протяжении этих шести бурных лет? Оправившись после своего поспешного путешествия в Сарагосу, где он осенью 1808 года впервые на короткое время оказался в осаде, он поспешил в Мадрид, где находился главный театр военных действий. Клич Дона Хосе Палафокса, который стал национальным героем, позвал Гойю в Сарагосу; как он сам пишет: «увидев руины города, стал изучать их, чтобы создать картины, прославляющие городских жителей, я не отрицаю громадного интереса, который во мне возник к славе моего отечества». Когда он позже написал под «Desatres de la guerra» слова: «Я это видел», то это по меньшей мере подкреплялось тем впечатлением, которое он получил от дымящихся руин и разрушений в родном городе, и болью, которую он испытывал от страданий членов его семьи. В те времена он познакомился со многими неизвестными героями войны, к которым причисляли и Марию Августину. Вместе с двумя другими женщинами, она в войне против французов, погибла с оружием в руках. После того, как он тщательно набросал все детали происшедшего в своем рисунке, чтобы поставить это бессмертное произведение в ряд творений «о славе своего отечества», он возвратился в Мадрид. Там он охотно примкнул к тридцати тысячам других с тем, чтобы присягнуть новому королю Жозефу, брату Наполеона, в «любви и верности».
В связи с этим возникает вопрос: примыкал ли Гойя к какой-нибудь партии во время этих кровавых событий, продолжавшихся в течение шести лет? На этот вопрос следует ответить отрицательно. Гойя, как и многие его друзья и сограждане, стал «пленником, который запутался в сети противоречий и внутренних разобщенностей». Противоречивость и непостоянство были присущи его характеру, его убеждения много раз менялись. Он, наверняка, не был революционером и даже республиканцем, которые хотели ускорить падение монархии в Испании. Наоборот, он свободно чувствовал себя в обществе дворян и был связан лично с королями Карлом III, Карлом IV и Фердинандом VII, был готов услужить «князю мира» Годою и брату Наполеона королю Жозефу. Но все-таки он знал, что такое нужда, и был возмущен бедственным положением народных масс, считая виновными в нем дворянство и церковь. Добрая половина его произведений посвящена богатым и представляет собой сувенир на память, зато другая половина являлась криком правосудия в пользу бедных и громким протестом против нечеловеческих преступлений инквизиции и войны. Он был, если так можно сказать, «лояльным патриотом в своих портретах, католиком в картинах и бунтовщиком в своих рисунках и гравюрах, где выразил свирепую ненависть к несправедливости, мракобесию, безумию и жестокости».
Таким образом, в Гойе уживались две разные и трудно примиримые души: с одной стороны, он был убежденным либералом (в том же смысле, что и Ховельянос), который стремился к социальным реформам и поэтому должен был быть ориентирован на Францию, на ее просветительскую миссию, выступая против цензуры, угнетения и тирании. С другой — он был пламенным патриотом, который поклялся отомстить французам за захватническую войну и жестокое угнетение испанского народа. Эти антагонистические тенденции могли контролироваться в нем только одним свойством, которое он выработал, пройдя школу жизни среди интриг, коррупции и тайных заговоров, осуществляемых в борьбе за власть при королевском дворе, а именно — осторожностью. В 1808–1824 годах он постиг науку лавирования настолько хорошо, что не понес никакого ущерба. Он до самого конца жизни оставался первым художником двора и хладнокровно официально работал при правительстве Жозефа Бонапарта, равно как и при следующем короле Фердинанде VII. Исполнение портретов французских генералов или испанских министров франкофилов, награжденных Жозефом Бонапартом Королевским Орденом Испании, не ограничивалось все-таки рисованием героев Сарагосы, генерала Палафокса или лорда Веллингтона, освободителя Мадрида от французской оккупации.
После окончания войны за независимость Гойя объявил о желании «увековечить великие дела и значительнейшие героические события нашего победоносного выступления против тирании Европы», но сутью этих творческих намерений, связанных с исполнением официальных изображений, было сохранение должности «первого художника короля» и сопровождавших ее привилегий. То, что он в действительности думал, заключено в его Desastres de la Guerra и многих других рисунках, выполненных в то время. Реалистическими изображениями он клеймил позором жестокость французских войск, ответственных за бойню, с яростной патриотической ненавистью бичевал «ограниченных и ненужных монахов, которые парализовали страну и жили, как паразиты». Мысль о том, что испанский трон захватили чужаки, ранила его так же глубоко, как и ненависть к жестокому и злому абсолютизму Фердинанда VII, который похоронил все надежды испанского народа. Истинное господство страха началось через два года после решающей победы Веллингтона, благодаря которой Фердинанд вернулся на трон. Объявил «чистки» и систематически преследовал либеральных реформаторов, которых обозначил как «предателей». По сегодняшним оценкам около двенадцати тысяч человек были осуждены к пожизненной ссылке по подозрению в проявлении симпатий к французам. Целью многочисленных декретов, которые он издавал, было одно — восстановить католический инквизиционный трибунал в его старой и преступной форме. С подписанием конституции 1812 года у испанского народа после ужасных лет войны появилась надежда на социальный мир, справедливость и свободу, но победа реакционных сил принесла Испании окончательное порабощение.
В то время, когда испанский народ вел беспощадную борьбу против французских поработителей, Гойя не мог оставаться в стороне несмотря на то, что он симпатизировал умеренной политике Жозефа Бонапарта. Он, как и его либеральные друзья, ожидал проведения дальнейших реформ и упразднения ненавистной инквизиции. Первые два года оккупации Гойя был удовлетворен положением дел и молча подчинялся новому режиму. Однако чем больше разрасталась партизанская война, чем ярче разгоралось пламя патриотизма, тем сильнее у него было желание изготовить серию гравюр о «роковых последствиях кровавой войны против Бонапарта в Испании». Начиная с 1810 года, появилось в общей сложности 85 гравюр, которые он не рискнул опубликовать при жизни, и только в 1863 году окольными путями до нас дошли все Desastres de la Guerra, или «Ужасы войны». Это было яркое, потрясающее и мощное разоблачение убийственного массового ослепления войной. И хотя создание гравюр растянулось на многие годы, в них во всех деталях запечатлены воспоминания Гойи об ужасах войны, которые он пережил. Разумеется, в первую очередь его ненависть была направлена против французских солдат, но он всегда оставался объективным, поэтому в некоторых его изображениях беспощадно разоблачались ужасающие эксцессы, связанные с его соотечественниками. Desastres de la Guerra была реалистичным взглядом на смерть людей, чувствующих упоение кровью и не останавливающихся ни перед каким ужасом и жестокостью.